克拉科夫給19歲的哥白尼留下了深刻印象。雖然哥白尼的故鄉托倫也是全國最好的城市之一，但和波蘭首都克拉科夫相比，還是略遜一籌。當時克拉科夫不僅是全國的政治、經濟中心，也是全國文化、科學和社交活動中心。走在大街上，可以聽到五花八門的語言，也時常能碰到從托倫來做生意的熟人。克拉科夫學院以其崇高的聲望招徠各地青年，大學生又為城市本身增添了不少光彩。這所高等學府在哥白尼就學時正處於興旺時期，哥白尼在這裏度過了四年大學生活。在克拉科夫，他接觸到許多深受國內外敬重的學者，無數外國人來到這裏，帶來外部世界的信息。
克拉科夫學院後來改名為雅蓋隆大學，在哥白尼時期已經聞名遐邇。它是在國王卡齊米日·維爾基的努力下於1364年創辦的。為了能繼布拉格大學之後在克拉科夫創辦中歐的第二所大學，波蘭國王通過很長時間的努力，首先征得教皇烏爾本五世的同意。波蘭國王為能衝破前幾任教皇的反對而征得教皇同意，就意味該大學的畢業文憑會被所有基督教國家承認，而該校畢業生就有權利到任何地方任教。有了自己的大學，不僅給國家統治者的臉上增添了光彩，也為城市增加了收入，更為國家培養了人才。當時波蘭正需要知識和人才，尤其需要能在外國不友好勢力麵前維護國家利益的法學家，同時也特別需要受過教育的行政管理人員。這所大學不隻是為本國服務，也對所有外國開放。在這裏讀書的外國學生，主要來自尚未開辦大學的國家，最多的是匈牙利人和西裏西亞人，也有很多德國人和捷克人。
哥白尼進入克拉科夫學院人文學係讀書的時候，正值人文主義者對這所大學影響最盛時期的尾聲。從1491至1494年，哥白尼親身經曆了人文主義者和其政敵之間，以及近代世界觀、科學觀、社會秩序觀的代表和中世紀衛道士之間的尖銳思想鬥爭。反對激進人文主義的是以紅衣主教弗裏德裏克·雅蓋隆奇克為首的主教團。這位紅衣主教原是國王卡齊米日·雅蓋隆奇克的兒子，曾經是哥白尼舅舅爭取瓦爾米亞主教教職的競爭對手。紅衣主教本人努力學習了人文主義，他作為克拉科夫主教對克拉科夫學院的科學發展等問題有著很大發言權，但他對此卻漠不關心，他期望人文主義能夠為教會服務。
哥白尼進入克拉科夫學院時期，大學生都住校，在教授的嚴格監督下，在學生宿舍裏過著像修道院似的生活。貴族的子弟可以在城裏單獨租房居住，但必須有某位教授或學士負責加以監督。在哥白尼學習時期，由於學生越來越多，監督製度已經不那麼嚴格了，也沒有足夠的教授和學士去看管那麼多的學生了，所以隻是偶爾進行一次檢查。哥白尼雖然有條件租賃私人住宅，但他卻住在“耶路撒冷”學生宿舍裏。大學檔案館裏保存下來的哥白尼的天文學手稿，有一部分就是在“耶路撒冷”學生宿舍裏寫成的。這棟學生宿舍位於學院大樓附近，大樓裏安裝有天文儀器，在去意大利求學之前，哥白尼已經學會了使用這些儀器。
哥白尼是來自波蘭各地和其他歐洲國家約兩千名大學生中的一員。僅這些大學生就使約有兩萬人口的克拉科夫城幾乎到處都能聽到五花八門的語言和語調，這使城市顯得更加熱鬧和混亂。新入學的學生一般都需要高年級學生和學習輔導員的支持、指導和幫助。為此，大學建議新入學的學生在辦理注冊登記之後，要馬上找一位優秀學生負責幫助自己，特別是輔導自己的學習。同高年級同學建立關係，進入他們的天地，那可不是一件容易的事。新同學入學後首先遇到的是高年級學生私底下針對他們的“洗禮”活動。這種所謂“大學洗禮”或稱“造就大學生”活動，對新生來說要大吃苦頭，而對高年級學生和旁觀者來說，則是一種樂趣。新生被戲謔地稱為乳臭小兒或黃口雛鳥，被認為是無知、尚未調教過的人，必須學習良好的大學禮儀。這種為新生“清除乳臭”的活動，就是所謂的“洗禮”，它往往是在新生入學的路上進行的。站在路上迎接新生的是一些穿著奇裝異服的大學生，他們首先向來者發起進攻，不止一次地痛打他，然後再將他拉到一家飯館讓他請客。這種儀式有時也在學生宿舍進行，盡管學校當局曾嚴令禁止。