1496年，哥白尼遠赴意大利的博洛尼亞大學學習法律。派哥白尼到博洛尼亞學習法律，這在很大程度上是由瓦爾米亞主教的個人需要所決定的。舅舅指望對外甥的智力投資將來會得到加倍的回報——他指望外甥能成為忠實於他本人的、具有最高學識的顧問、法律學家和律師。
這是哥白尼初次到意大利，但他事先對這個人文主義的發源地已經有了很多了解。由於舅舅和梵蒂岡以及意大利很多人文主義者有著頻繁的往來，所以哥白尼在舅舅那聽到很多有關意大利的情況。
意大利在15～16世紀成為重要科學和文化中心並不是偶然的。在此之前，許多意大利城市，特別是佛羅倫薩和威尼斯的經濟發展，已經達到相當高的水平。從古羅馬帝國衰落之日起，意大利就分裂成許多小國，往往一座城市就是一個國家。隨著國家的繁榮昌盛，人們的懷古之情油然而生，普遍懷念強大的羅馬帝國統治世界的日子。懷古者掀起了一個學習古典作品的熱潮，對古老建築的遺址也產生了興趣，並且開始廣泛收集被人們遺忘的古典藝術品。這就是文藝複興運動的開始，它首先在佛羅倫薩興起。
受人文主義影響，科學也發生了根本變化。中世紀的神學已不再是科學的歸宿和知識的核心。學者們擯棄了許多中世紀的觀點，開始借助於理智和經驗從事科學研究工作。正是這種對待科學的態度使人們有了很多發現，尤其是在自然科學和數學領域。促進科學發展的不僅僅是實驗和探索工作，研究和重溫古典作家和學者的著作，也起著巨大推動作用。文藝複興時期，人們常常在那些被遺忘的作品中找到有助於他們加強自己信念或能為他們指明進一步探索之路的觀點。人文主義學者就這樣接過古代樸素的科學思想，加以發展，再通過實踐加以驗證，去偽存真，對寶貴的古代發明加以利用。哥白尼正是這樣一位將實踐經驗和博覽古典文學作品結合起來的學者。
哥白尼到意大利上大學是15世紀末的事，意大利當時湧現出一批最富有才華的人文主義者，他們是著名學者和藝術家。而15世紀末正是意大利不寧靜的時期，各城市之間和各大家族之間的紛爭導致了許多武裝衝突。
哥白尼並不是博洛尼亞的第一位波蘭留學生。波蘭人到那裏求學已經有三個多世紀的曆史了，哥白尼正是踏著同胞的足跡來這裏求學的。他的同時代人也有不少到這裏來留學的，他的舅舅烏卡什·瓦茲洛德就是在博洛尼亞獲得的博士學位。在哥白尼生活的時期，到意大利留學已成為波蘭很常見的現象。凡是物質條件允許的波蘭人，都爭相越過阿爾卑斯山到意大利求學深造，也有純粹出於好奇心而周遊世界的。當時能夠出國留學的，首先是有錢的貴族子弟和小市民子弟，當然，也少不了神職人員的孩子，還有個別得到富人資助的農民子弟。羅馬教堂裏有不少波蘭人，其中有波蘭國王派來控告十字騎士團的使者，也有波蘭主教團的代表。這些人回到波蘭時不僅為國內同胞帶去了廣泛的關於外部世界的信息；同時也帶去了新時代的精神，使許多同胞受人文主義感染，於是又有更多的人踏上這條往返之路。
哥白尼在博洛尼亞已經不用再從基礎專業即人文學係學起，因為他已經在克拉科夫學完了人文學專業。在哥白尼讀書期間，博洛尼亞大學的生活空前活躍，學術辯論十分盛行，而且時常伴有嬉笑、起哄和衝突發生。甚至在“德國同鄉會”內部也多次發生衝突。波蘭人、匈牙利人和勃艮第人結成聯盟反對德國人，而德國人則反對匈牙利人、西西裏人和倫巴第人。類似衝突在其他一些大學，其中包括克拉科夫學院，也都曾發生過。
哥白尼兄弟倆在博洛尼亞是能夠過世俗生活的，並可以參加當時非常時髦的交際活動。他們雖然是神甫，但除了學習知識外，卻沒有任何宗教義務。他們盡情地享受了博洛尼亞世俗生活的樂趣。當時他們都是世俗打扮，蓄著胡子，隻是在參加隆重的宗教儀式時，才穿上羅馬法學係的學生製服（深色的外袍和帽子）。生活過得很舒暢，有時甚至超出了他們的生活水平。弗龍堡大教堂教長兼聖徒首腦駐瓦爾米亞全權代表伯納德·斯庫爾泰蒂神甫在寄給哥白尼舅舅的一封信中寫道：“哥白尼兄弟倆都欠債”。雖然他們曾經從弗龍堡神甫會得到過一筆不小的款子，並且還從舅舅那裏拿到45馬克。當瓦爾米亞神甫會的秘書耶日·普蘭格途經博洛尼亞時，哥白尼兄弟倆都想辦法向他借錢。安傑伊甚至威脅說，如果實在沒有錢，他就采取為外國人服務的辦法掙錢。後來斯庫爾泰蒂從羅馬的一家銀行裏為他們借到了利息很高的100個杜卡特，但這筆錢也沒用多久。一個月後斯庫爾泰蒂在寄給哥白尼舅舅的一封信中寫道：“您的外甥們完全像普通大學生一樣，忍受著長期缺錢的痛苦。”哥白尼兄弟倆作為外國人在博洛尼亞是不能過分胡來的，因為市政當局對來自阿爾卑斯山以北地區的人會特別關注。