在陪同國王巡視王屬普魯士期間，哥白尼不得不在整頓普魯士的內部秩序上花費精力，主要是解決有關行政、司法和治安方麵的問題。瓦爾米亞主教對普魯士內政有著決定性的影響，而作為主教助手的哥白尼，也擁有很大發言權。1506年8月20日至9月25日，普魯士各界在馬爾堡舉行了一次重要的代表大會，以安傑伊·魯紮·博雷紹夫斯基為首的欽差大臣們參加了大會。哥白尼不僅參加了這次大會，還參加了大會的籌備工作。通過這次代表大會，還哥白尼不僅了解到該地區的各種關鍵問題，也了解到普魯士貴族、各城市以及神職人員之間的利害衝突。他親身感受到十字騎士團對瓦爾米亞懷有野心。他親眼看到，一方麵是各界之間在無休止地爭吵；另一方麵是狡詐的十字騎士團正伺機反撲，企圖再次奪回半個世紀前擺脫了他們統治的地區。
除了處理公事以外，哥白尼還要幫舅舅處理私事。他成功地調解了瓦爾米亞主教和格但斯克市民之間的衝突。這場衝突是因為一塊封地而引起的。這塊土地位於埃爾布隆格地區的維斯瓦河三角洲上，是一塊沉積土地，土質非常肥沃。1457年，波蘭國王卡齊米日·雅蓋隆奇克將這塊沃土當做抵押品租給了格但斯克市民。而1505年國王又把這塊土地贈給了瓦茲洛德主教，這就引起了矛盾。主教想用很少的代價把這塊土地贖買回來，而格但斯克市議會卻不想出賣這塊有利可圖的財產，於是矛盾就尖銳起來。一向容不得反對意見的瓦茲洛德主教為此大發雷霆，他把欽差大臣們找來，請他們幫忙，共同商討對策。為解決這個問題，還專門成立了一個委員會，哥白尼作為神甫會的代表參加了該委員會的工作。
之後，亞曆山大·雅蓋隆奇克國王的死，在普魯士和利茲巴克官府引起了不小的混亂。普魯士各界深感失去了一位可信賴的統治者，而對瓦爾米亞主教來說則失掉了一位從青年時代起就要好的朋友。無法預料新的王位繼承人會如何行事，是否會承認和讚成普魯士地區所享有的各種自由。1506年12月8日，齊格蒙特·斯塔雷被選為新國王。普魯士各界派往彼得庫夫的使團沒能趕上國王的選舉儀式，於是又前往克拉科夫，參加新國王的加冕儀式。這個使團由瓦爾米亞主教率領，在聖誕節前夕出席了在瓦維爾大教堂舉行的加冕儀式。哥白尼也跟隨舅舅參加了這次活動，如果不是作為瓦爾米亞神甫會代表的話，就是作為主教的隨行醫生。哥白尼和舅舅一道在克拉科夫逗留了兩個多月。從上大學以來，哥白尼已三次經曆並親眼目睹了國王的加冕活動。這次他順便遊覽了繁華的克拉科夫，訪問了大學，見到了大學時期的老朋友和熟人，也結識了新的朋友。
齊格蒙特·斯塔雷的登基，揭開了波蘭曆史的新篇章，這個時期國家出現了空前的昌盛局麵，經濟和文化呈現出一派繁華景象。卡齊米日·維爾基國王及其繼承者們所付出的努力在這個時期結出了豐碩的果實。齊格蒙特·斯塔雷是卡齊米日·雅盞隆奇克王子中最後一個登上波蘭王位的。無論是國王還是王後都酷愛藝術，因此人們把國王伉儷稱作“王位上的人文主義者”。
文藝複興時期的文化、科學和藝術在整個波蘭傳播開去，並且在一些傑出的藝術品、文學作品和典型建築中得到了充分體現，這些優秀作品至今令我們歎為觀止。在舅舅身邊工作，使哥白尼得到了不少從事行政工作的經驗，遇事能夠獨立提出自己的見解。哥白尼的工作深得弗龍堡神甫會的讚賞，神甫會讓他擔任了各種職務。作為神甫會的視察員，他曾負責財政監督工作，對神甫會的全部財產和各種財政事務進行監督。從1510年起，哥白尼擔任瓦爾米亞神甫會辦公廳主任的高級職務，還負責食品供應處工作。這時期，哥白尼曾常常奔波於利茲巴克-弗龍堡-奧爾什丁-馬爾堡這條線上。
哥白尼所做的旨在保障普魯士內部安全的努力，主要是對付十分猖獗的強盜集團。然而，這些強盜集團是受十字騎士團支持的，這就造成了王屬普魯士和十字騎士團的緊張關係，矛盾日益尖銳。哥白尼還參與了波蘭鞏固國防的工作，當時波蘭正麵臨韃靼人入侵的威脅。在舉行加冕典禮期間，國王齊格蒙特·斯塔雷就曾要求普魯士各界出錢，以便加強波蘭的國防，抵禦外來侵略。國王說的外來侵略首先就是指韃靼人的進攻。在1507年6月初，普魯士各界在格魯瓊茲召開代表會議，會議通過了有關為共和國繳納國防稅的決議，但收稅工作卻進行得非常緩慢。為此，1507年9月1日在埃爾布隆格又舉行了新的代表會議，再次討論了稅收問題和內部安全問題。哥白尼和舅舅，以及弗龍堡的神甫安傑伊·克萊茨一起參加了埃爾布隆格會議。馬爾堡執政官安布羅斯·帕姆波夫斯基在會上向普魯士各位議員提出，必須改進國防稅的收繳工作。關於內政問題，討論得最多的是如何與得到鄰國——騎士團普魯士支持和縱容的強盜集團進行鬥爭的問題。瓦爾米亞主教特別強烈地譴責了強盜及其披著教士外衣、帶著黑十字的庇護者們。根據瓦茲洛德主教的建議，代表會議通過了致騎士團騎士和騎士團國家兩座最大城市——克魯萊維茨和巴爾什托什采的幾封信，信中呼籲他們不要援助強盜。哥白尼從這裏又一次看到，不斷傷害波蘭的騎士團的存在對他的國家構成了怎樣巨大的危險。