波蘭和十字騎士團的關係日趨惡化，瓦爾米亞則從中嚐到了特殊的苦頭。十字騎士團的襲擊活動越來越頻繁，他們所到之處，不放過任何人和目標，連教堂也成為他們的搶劫對象。應瓦爾米亞主教和神甫會的請求，國王齊格蒙特·斯塔雷派來40名騎兵。起初，國王曾試圖勸說自己的外甥——敵視波蘭的十字騎士團大首領阿爾布雷希特放棄戰爭冒險活動；但當他意識到會談不會有多大結果時，便開始了備戰。
法比安主教懼怕戰爭，他做了一係列努力，竭力避免戰爭和衝突。他不但向克魯萊維茨派遣了使臣，甚至還親自去和大首領會談。他警告大首領說，波蘭不會允許騎士團剝奪它的財產和自由占領王屬普魯士。主教懂得，一旦發生戰爭，瓦爾米亞將會成為戰場，那勢必給主教和神甫會的財產帶來不可估量的損失。最後，主教隻能把全部希望寄托在波蘭國王的強大實力上，指望他能在盡可能短的時間內解決騎士團問題，並使騎士團永遠不敢再有攫取王屬普魯士，特別是攫取瓦爾米亞的野心，因為主教和弗龍堡神甫們的財產都在瓦爾米亞。
十字騎士團的緊張備戰活動迫使波蘭開始征討不安分附屬國的戰爭行動，雖然它遠未做好戰爭準備。1519年12月11日，波蘭議會同普魯士各界代表大會在托倫舉行聯席會議。會上一致通過決議，對十字騎士團采取戰爭行動。12月底，波蘭部隊從托倫出發，向十字騎士團控製的普魯士進軍，迅速占領了位於瑪祖爾地區和維斯瓦河流域的幾個較小的邊境城鎮，並繼續向克魯萊維茨方向挺進。阿爾布雷希特早已把自己的武裝力量集中在同瓦爾米亞交界的北部邊界上，在1520年新年他跨過邊界線進軍到布拉涅沃城下，並宣稱他是來向波蘭國王進貢的。這時他還不知道波蘭已開始了戰爭準備。當十字騎士們來到城下時，正值淩晨，濃霧妨礙了布拉涅夫塔樓的視線，另外，這座塔樓當時也沒有人守衛。同騎士團友好的布拉涅沃市長菲利普·特施內爾為騎士團的軍隊打開城門。十字騎士們毫不費勁地占領了布拉涅沃城堡。弗龍堡距離布拉涅沃僅有10公裏，弗龍堡的神甫們聽到這個消息後無不大驚失色。大首領則竭力向主教解釋，說他是受教皇委托來占領布拉涅沃的，旨在保護主教區免遭波蘭軍隊的搶劫。
主教和神甫會麵對這樣的巨大威脅，立即展開了一場外交活動。1920年1月4日，從弗龍堡派出的兩位神甫作為使節去會見阿爾布雷希特。這兩位代表，一位是從前的神甫會成員、副主教揚·斯庫爾泰蒂，他對大首領周圍的人特別熟悉；另一位就是尼古拉·哥白尼。兩位使臣的任務是對騎士團向沒有武裝的瓦爾米亞采取戰爭行動表示震驚，並建議大首領與波蘭國王開始和談。主教請阿爾布雷希特為哥白尼發放安全通行證，讓哥白尼能在弗龍堡和奧爾什丁之間自由通行，以便使他能夠充當住在利茲巴克官邸的主教和弗龍堡神甫會之間的聯係人。為了能在大首領和主教之間做中介人，斯庫爾泰蒂也得到了一張安全通行證。盡管得到了安全通行證，但哥白尼此後再也沒到布拉涅沃去。十字騎士團還沒等收到神甫會的回音，就對弗龍堡發起了武裝進攻。神甫們都紛紛離開弗龍堡，逃到沒有戰爭危險的地方去。
神甫會成員中隻剩下尼古拉·哥白尼一人還留在孤獨的弗龍堡。沒有大炮，十字騎士團無法越過大教堂的圍牆，於是他們就縱火焚毀城市和圍牆外麵的神甫住宅。盡管哥白尼頂住了十字騎士團對弗龍堡發動的攻擊，但因為他的家已被焚毀，不得不離開這裏。1520年1月23日，哥白尼前往奧爾什丁，在奧爾什丁一直停留到1521年6月。