1531年以後，哥白尼逐漸減少了從事多年的公共服務工作，開始投入較多的時間從事自己所喜愛的科學活動。哥白尼雖然屬於神甫會中年事最高的長者和任職時間最長的人，但仍然隻是一位普通神甫。青年時代熟悉的人大多已經離職，接替他們的是比哥白尼整整晚一輩的青年人。哥白尼跟他們沒有太多的共同語言，因為這些年輕人的生活閱曆和知識都無法和哥白尼相比。青年人以十分崇敬的目光看待哥白尼，把他看成一位智慧老人，但在路上相遇卻對他多加以回避。在他的老朋友中隻剩下了從前的一位同學——蒂德曼·吉斯。另外一些擔任了重要教會職務的人，早已把與哥白尼相識之事忘得幹幹淨淨，用冷漠的、甚至有時是不友好的態度對待他。哥白尼沒有多少朋友，甚至能與自己一道分享天才發現的熟人也很少。
在意大利以北的一些國家裏，在當時一個旨在改革宗教的思想運動正在興起，後來發展到反對教會、教皇及其整個統治係統。這場宗教改革運動是和德國威丁堡教授馬丁·路德的名字聯係在一起的。馬丁·路德是16世紀宗教改革的介導者。他強烈譴責教會從事的贖罪券交易，否定主教會議的絕對正確和教皇的權威，要求取消宗教等級製度。他把福音書看做是信仰的唯一基礎，他摒棄了許多宗教儀式，取消了對聖人的崇拜和修道院的宣誓活動。他要求神職人員完全貧窮，剝奪教會占有的財產。路德學說的擁護者被稱為新教徒。不久，德國新教徒與羅馬天主教徒之間開始了一場宗教爭鬥，羅馬天主教徒以皇帝卡羅爾五世為首。德國貧民把改善命運的希望寄托在宗教改革上，德國農民奮起投入了反對封建主和封建社會剝削的鬥爭。明策爾成為農民起義領袖，他宣布了人人平等的原則。他的擁護者被稱為反洗禮教派信徒，他們實行兩次洗禮，因為他們認為嬰兒時的洗禮是無效的。路德宗教改革的影響遍及所有西歐和北歐國家。
在法國和瑞士，約翰·加爾文掀起了另外一種宗教改革運動，他像路德一樣摒棄了教會學說，把聖經看做是信仰的基礎。加爾文不承認多數宗教儀式，在取消宗教儀式方麵比路德走得還遠，他把音樂和繪畫從教堂中排除出去，禮拜活動也隻局限於布道、合唱和接受聖餐。加爾文的改革思想首先席卷法國、荷蘭、英國、蘇格蘭和瑞士的一部分，匈牙利和波蘭也出現了加爾文派的擁護者。在波蘭讚成加爾文思想的主要是渴望實行改革的波蘭小地區的貴族。在立陶宛也出現了加爾文思想的擁護者。在波蘭又從加爾文思想派生出一個叫做波蘭兄弟會的激進派別，他們的口號是人人平等，他們要求改善農民的命運。
宗教改革運動在波蘭遇到了適宜的氣候。當時正值波蘭著手進行諸多改革的時期，貴族正在為爭奪國家領導權而鬥爭。成立擺脫教皇控製的民族教會的思想，贏得了許多擁護者。同歐洲重要宗教改革家提出的主張無關，波蘭一些思想家提出了自己的改革建議。
齊格蒙特·斯塔雷國王試圖反對宗教改革運動，為此他發布了一係列布告和禁令。在當時貴族和神職人員之間經常因為什一稅和教會審判權等問題發生衝突，正是這種衝突為宗教改革運動開辟了道路。
路德改革思想很快席卷了波蘭，並在騎士團普魯士紮根。在王屬普魯士，其中包括哥白尼的永久逗留地——瓦爾米亞，改革思想也得到了迅速傳播。宗教改革運動對瓦爾米亞神甫會構成威脅，因為這種運動將會抹殺它存在的意義。為此，與這種改革運動的鬥爭要比同一種新的宗教鬥爭還重要。哥白尼對這些神學辯論不感興趣，他也沒有譴責宗教改革者。哥白尼懂得，如果他譴責宗教改革者，那將會是非常不道德的，因為他自己所從事的研究工作也正是反對正統教會思想的。他對社會改革的興趣主要是經濟性質的問題。他從來沒有像神甫會其他同事那樣厭惡路德的信徒，他的第一個學生就來自馬丁·路德身邊。
在市民階層看來，路德主義是一種廉價的宗教，並不要求人們為教會做出多少貢獻。封建地主和窮人都對路德主義寄予希望，希望能把教會的巨大財富分掉。正是基於這樣一種認識形成了有助於宗教改革思想傳播的條件，這一點哥白尼是十分清楚的。
布拉涅沃成為瓦爾米亞宗教改革運動的重要中心。該城市的老百姓和市議會發生了尖銳衝突，並多次發生騷亂。對各種改革思想，其中包括路德學說來說，這裏有良好的傳播基礎。國王齊格蒙特·斯塔雷對事態發展感到不安。國王擔心這場宗教改革運動不僅席卷整個瓦爾米亞，而且會席卷像格但斯克、托倫這樣的王屬普魯士的大城市。國王想不惜任何代價阻止這種情況發生，但實際上他隻是延緩了傳播過程，而並未真正遏製住它。