大難不死的海瑞，出獄之後在徐階等一些文臣的推舉下，改任為兵部武司主事。隆慶元年（1567年）初，擢尚書寶司（替皇帝保管玉璽的要職），稍後又調任大理寺寺丞（負責管理大案要案或平反冤獄的主要負責人）。
海瑞在任大理寺寺丞期間，接手了一件彈劾案，禦史齊康彈劾內閣首輔、大學士徐階，開列罪過如下：
其一，徐階為討好嘉靖皇帝，一味逢迎了嘉靖皇帝錯誤的行為，特別是皇上追求長生不死而作齋醮的時候，同奸臣嚴嵩一起寫青詞，阿諛諂媚，助長了歪風邪氣。
其二，身為內閣首輔，主持朝廷政務，沒有起到扶持朝政、發展生產、安民撫貧的作用，反而遷就皇上大興土木，建造廟宇、神壇，勞民傷財，財政浪費受損過大。
其三，徐階有兩個兒子，依仗權勢，在鄉裏橫行霸道，搶奪民田，這都與徐階的縱容有關。
海瑞認為：“徐階事奉先帝，沒能阻止先帝迷信神仙、大興土木，畏懼退縮而保全官位，的確也是有的。然而自他主政以來，為國事憂慮而勤勞，氣量大能夠寬容人。而齊康作為禦史卻當鷹犬，攻擊陷害好人，其罪又超過了高拱。”
高拱，官居吏部尚書，文淵閣大學士銜，兼太子太傅（太子的老師）。嘉靖皇帝病重臥床時，他沒盡守候之責；也沒有勸阻皇帝尋道求仙的錯誤之舉。隆慶元年，徐階、高拱、郭樸三人組成內閣，徐階為內閣首輔。不久，因政見不一，高拱、郭樸兩人聯合，指使他人上疏彈劾徐階。
公允地講，海瑞對徐階的評價是客觀、公正的。論年齡，徐階比海瑞大一旬；論資曆，徐階官居首輔，進士出身，大學士，是明代改革家張居正的恩師；論恩情，徐階不僅是海瑞的救命恩人，而且是保舉海瑞升官的帶頭人。可是，海瑞卻出於公心，不徇私情，對徐階的是非功過進行了令人折服的分析。
禦史齊康的上疏，確實與高拱等人的唆使有關。不明真象的明穆宗閱後，難作決斷。後經查實，徐階的兩個兒子搶奪民田等橫行確有其事，不過已隔數年，況且徐階也曾對兩個兒子進行了訓斥。後來，經大理寺、吏部的查證，禦史齊康的上疏乃是為高拱攻擊徐階而張目，禦史齊康遂被貶官。
從隆慶元年（1567年）的冬季到隆慶三年（1569年）的夏天之間，海瑞曆官兩京通政使司左、右通政。遂後，又升任都察院右僉都禦史，總理糧儲提督軍務，兼巡撫應天等十府，治所在蘇州。
海瑞的威望震撼朝野，每當他到某一省城或某一州、府、巡視的消息傳出來，當地的貪官汙吏、驕奢淫逸之徒都十分害怕。有的自知難逃其咎，便主動提出辭職棄官而去；有的奔往遠方的親友處暫避風險；有的收斂往日作威作福的官架子；有權勢的大戶人家的大門本來是赤紅色的，現在聽說海瑞要來了，趕緊把赤紅色的大門漆成黑色；有一個監督江南織造的宦官，立即減少了抬轎和侍從的人役，即把出入乘八抬大轎改成四個肩輿。
海瑞在江蘇實地考察，發現往日物產豐盈的魚米之鄉，如今卻魚不多、米糧不足，曆史名城蘇州也沒有新氣象。這一年又發生了水災，滔滔的洪水把蘇、鬆、常、杭、嘉、湖六府沿太湖的田地衝毀，衝塌了許多房屋和少數的橋梁，百姓流離失所，苦不堪言。
海瑞麵對如此艱難困境，銳意興革，重整田地，建設家園，上疏朝廷請求立即浚通吳淞江和白茆河的河、江出入口，引水流入海，旱澇有備，讓百姓受益，讓朝廷安心。
治理水患與救災撫貧必須結合起來。海瑞趕赴蘇州時，由於大水肆虐，不少河道幾乎被洪水漫到橋麵上，他乘坐的官船到了關帝廟已無法前進。海瑞下船改乘便轎，傍晚才進到蘇州城裏。海瑞吩咐早已等候接他的文武官員趕快回到各自府縣去，救災撫民，並嚴令今後不許擺隊迎來送往。
海瑞早在京城時就耳聞龍宗武、張頂棣有治洪理水的才幹，便請他倆來商議治水防澇的規劃。
龍宗武是蘇州府推官，張頂棣是上海縣知縣。他倆在此次洪水泛濫之前，多次向上司提出建議，無奈各級官員均不理睬，因此心中鬱悶，才幹也無處施展。現在看到海瑞是憂國愛民的大清官，果然名不虛傳，內心無限喜悅，便把多年的願望、治水的方案都說給海瑞聽。海瑞聽後興奮地表示，“一定要根治水患，既要有信心，又要有良策。你們倆位人熟地悉，治水防澇方案成竹在胸，看來此次治理水患必能成功”。海瑞向他倆推薦《三吳水利錄》一書（水利專家歸有先著），借鑒三吳治水的經驗，首要清理和疏通太湖入海河道。最後，商量確定動員人力、物力、財力，全麵開通蘇州河。
疏通河道，抗災救民，都離不開財政支付與經費來源。海瑞提出“統籌集結”的方略，即中央朝廷撥款、地方籌資、節省額外開銷、以工貸賑等辦法。其中節省額外開銷，指的是裁減來來往往各級官員的供應與宴請招待（含贈金送銀或地方土特產）等方麵的費用。