皇帝名號製度以及五德終始學說，賦予皇帝以“天下之事大小皆決於上”的生殺予奪大權。然而，皇帝為行使這一權力，還有賴於一整套從中央到地方的嚴密政權機構和官僚製度，有賴於上下有序的承傳製度。
大秦帝國的國家最高權力機關是“朝廷”，“朝”是指宮內皇帝朝見百官、商議並決定國家大事的朝堂，廷是指宮外國家各職能部門的辦事機關，亦稱外廷。朝廷的首腦是皇帝，他淩駕於法律之上，享有至高無上的權力，對國家一切事務擁有最後決定權，此之謂“天下之事大小皆決於上”。
直接隸屬於皇帝之下的中央政府（即所謂“外廷”），是國家最高的行政機關，其最高長官有丞相、太尉、禦史大夫。
丞相：秦設置左右二丞相，“掌丞天子，助理萬機”，為文官之長，是中央政府中的最高行政長官，在皇帝的直接領導下，負責處理國家日常的一切行政事務。丞相為“金印紫綬”。秦統一六國後，原廷尉李斯被任命為帝國丞相。
太尉：“掌武事”、“主五兵”，為武官之長，是中央政府中的最高軍事長官，在皇帝的直接領導下，負責處理國家日常的一切軍事事務，戰時擁有領兵作戰的權力，但沒有調兵權；軍隊的調動權由皇帝一人擁有。太尉為“金印紫綬”。
禦史大夫：主管監察百官，“掌副丞相”，又“掌圖籍秘書”，相當於秘書長的職務，又負責監察百官，往往比丞相、太尉擁有更大的實權。禦史大夫為“銀印青綬”。
丞相、太尉、禦史大夫作為皇帝在處理國家行政、軍事、監察及文秘三方麵事務的助手，以中央政府中上述三方麵事務的最高長官的身份，直接對皇帝負責，位在皇帝一人之下，居百官之上，合稱“三公”。
“三公”之下設有“九卿”（其數目不止於九），掌管中央政府中的不同職能部門，分管全國的不同行政事務，分別受丞相、太尉、禦史大夫的領導，並直接聽命於皇帝。秦帝國中央政府的各職能部門有：
奉常：“掌宗廟禮儀”，主管宗廟、陵墓以及思想、文化方麵的事務和活動。其屬官有丞。
郎中令：“掌宮殿掖門戶”，負責保衛皇帝和上傳下達，“主管內諸官”，其屬官有大夫（“大夫掌論議”）、郎（“郎掌門戶，出充車騎”）、謁者（“謁者掌賓讚受事”）。郎中令以皇帝警衛和機要秘書的身份，與皇帝關係親近。在九卿之中，郎中令擁有較重的實權。
衛尉：“掌宮門衛屯兵”，即掌管皇宮的警衛部隊，其屬官有丞。
太仆：掌管皇室車馬，其屬官有丞。
廷尉：“掌刑辟”，是國家司法機關的長官，其屬官有正、左右監。
典客：“掌諸義蠻夷”，主管秦王朝管轄下的少數民族事務，其屬官有丞。
宗正：“掌親屬”，主管皇帝宗室親屬事務，其屬官有丞。
治粟內史：“掌穀貨”，主管全國經濟和財政收入，其屬官有兩丞。
少府：“掌山海池澤之稅”，以供皇室之用，其屬官有六丞。