公元1368年朱元璋在南京稱帝，立國號為大明，建元洪武，冊立馬秀英為皇後。
朱元璋自從當上了皇帝，脾氣變得越來越大，動不動就要殺人。馬皇後對丈夫很不放心，她經常勸說朱元璋遇事要冷靜，不要輕易處罰部下。性情多疑的明太祖，之所以在打下江山後還能任用賢臣，不能不說與馬皇後的勸導有關。
宋濂是當時的大儒，還做過太子朱標的教師。後來由於牽連到胡惟庸案中，朱元璋要處死宋濂。朱標一聽非常難過，就跑到父親麵前給老師求情。朱元璋很不高興，臉色一沉說：“等你將來當皇帝再赦免他吧！”朱標見求情不準，又覺得愧對老師，竟去投水自殺。幸虧被一個老太監及時發現，這才保住了一條性命。
晚飯的時候，朱元璋和馬皇後同桌進餐。馬皇後臉色抑鬱，滿臉愁容，朱元璋關心地問她是否身體欠安。馬皇後輕輕搖了搖頭，歎了口氣說：“老百姓家請個教師，還要讓兒子一輩子尊敬他，更何況我們帝王之家呀？而你卻無緣無故地要殺宋濂！我們沒有按照教師的禮節來對待他，我感到心裏非常難過，因此，這飯也吃不下去。”朱元璋也放下了筷子，沉思了半天，覺得自己這樣做確實對不住那些為自己效力的忠臣們。第二天便赦免了宋濂的死罪。
攻下元都北京後，朱元璋的部下搜羅來元宮中大批的珍寶玩物，運到應天府獻給朱元璋。從一個不名一文的窮小子變成了富擁天下的皇帝，朱元璋難免有點膨脹，就喜滋滋地叫來馬皇後一同玩賞。誰知馬皇後見了，卻不屑一顧地說：“元朝就是因為有了這些而不能保住國家，陛下不是自有寶物，要這些做什麼呢？”朱元璋聞言一怔，喃喃道：“朕知皇後說的是以賢士為寶物啊！”
馬秀英不但勸導丈夫以德治國，自己也以賢德勤治後宮。馬秀英喜讀古代史書，也常用古訓來教導別人，她認為宋朝多賢後，因此命女史官摘錄她們的言行家法，用來傳示後宮眾嬪妃。有人說：“宋朝的皇後也太過於仁厚了！”馬秀英正色道：“過於仁厚，不比刻薄好嗎？”眾人無話可說。
每日早朝議事，若事情較多就常常要延續至晌午，這時奏事官吏按慣例就在殿廷上用午餐。一天，馬秀英命宦官取來奏事官吏午餐的菜肴品嚐，她覺得味道欠佳，隨即向朱元璋建議：“人主奉宜薄，而養賢宜厚，否則怎能籠絡賢德之士！”朱元璋也覺得很對，就下令管理膳食的光祿寺卿改善官員們午餐的質量。事雖不大，卻使官員們十分感激。
一次，朱元璋巡視太學回宮後，馬皇後關切地問：“太學有多少生徒？”明太祖說有數千。馬皇後又問道：“人才可謂眾多，可他們有朝廷供給食用，而他們的妻子兒女誰來供養呢？”太學生是朝廷培養的一批有才之士，他們在太學中學習期間，一應生活用度均由朝廷供給，但沒有另外的俸銀，他們的家人由誰供養，這問題過去倒是沒有哪個朝廷顧及過。經由馬皇後一提起，也引起了朱元璋的重視，於是詔令特設“紅板倉”，貯積糧食，賜給太學生家屬，太學生從此無後顧之憂，一心治學，成為日後的棟梁之材。
明太祖數次提議賜予馬皇後族人以高官厚祿，馬皇後總是堅決謝絕，她說：“外戚幹政，易亂朝綱，官職恩賜外家，實非遵法！”因此，明朝外戚雖然也享受高爵厚賜，但一般不授以高職，嚴禁幹預政事，這規矩就是馬皇後定下來的。鑒於漢、唐兩代的禍亂，多由宦官參政而引起，馬皇後以史為鑒，在這方麵給明太祖出了主意。因此，明朝嚴格規定，內臣不得兼任外臣文武官職，不得著外臣冠服，不得與外廷諸司有文書往來，並在宮門前豎下鐵牌，上寫著：“內臣不得幹預政事，犯者斬！”如此一來，杜絕了宦官亂政之弊。