新朝廷將軍政徹底分開了，雖然兵部仍舊是文官管理，但負責的基本是事務，而真正練兵、行軍打仗，全都要靠武官了。八旗體製既然廢除，那麼等於清國軍製需要重新製定，綠營什麼的也沒有存在的必要了。
同樣仿照一部分大唐體製，清朝的軍事製度也進行了大改革。首先，清軍在編製上進行改造，五人一伍，十人一什，這種基層建製沒有變化，不過伍長從屬於什長，實際上什長就相當於班長了。往上基本上為三三製，三個什為一排，三個排加連部組成連，連為百人規模。三個連組成一個營，三個營組成一個標，標為千人左右的規模，比大唐步兵團要小一半。然後三標為一協，三協為一鎮，也就是師級部隊，規模萬人左右，極為標準的三三製。
不過在軍官稱為上，還是保留了大批原先清軍的稱號。連長被稱為連總，營長被稱為營總，標長官為標統，協長官為協統，鎮長官則仍舊是總兵。
戰時可能會將若幹鎮的部隊組成一個軍，軍的規模不定，依需求而變化，最高長官為都統。
清軍也開始使用軍銜製，一開始朝廷官員們和永琰還想搞些大清特色，不過由於未來這支清軍肯定在某些程度上會與唐軍存在合作，所以白南直接否了他們提議，用全球通用的將校尉的三級體製框住了新軍。從少尉排總、中尉連總、上尉營總，到少校標統、中校協統、上校總兵。都統為少將，中將為方麵軍總司令，上將則為戰區總司令、軍種司令、總參謀長等。
後麵這些將軍自然一時還用不上，因為實質上現在朝廷直屬之下，是沒有清軍的。
大唐的團長是上校銜，手下才一千五百人，而清軍的總兵手下一萬人，也同為上校銜。這個怎麼看都是有問題的，不過裏麵卻充滿了唐人的考慮，不提清軍的鎮戰術單位其實跟唐軍的團級部隊差不多，而未來如果真的有聯合的作戰，白南是希望以大唐的上校團長，製清軍的上校總兵的，所以職銜上必須跟唐軍軍官平級或者矮一級。
這裏就不得不提一支特別的部隊了，那就是以綠營降兵和直隸良家子弟組成的武衛軍了。在先前的戰爭中，唐軍消滅了十餘萬八旗和綠營，其中一部分綠營已經接受改造和改編，進入武衛軍，而另一部分沒有接受改編的，則連同自己的家人，也就是軍戶，準備移民到大唐本土了。這些綠營軍戶總數在五萬人左右，攜家帶口，基本屬於半強迫遷移的，不過情緒大體還都比較穩定，因為軍戶都得到了一筆安家費和一些食物供給，也拿到了一些地契。不過綠營軍戶的授田要略少於自願移民，一人八畝，這個也是為了進行區分。
五萬軍戶的遷移，是國內的強烈要求，勞動力的短缺使得國內要求白南想辦法，將一切可能遷移的移民送往國內，白南就順手將那些不積極加入武衛軍的軍戶一並遷移過去了。直隸本地也有一些人想要出洋，不過相對較少，比起廣東客家人，北方人相對來說更傳統保守，不過人口基數在這裏，也是比較可觀的人口了。
武衛軍一共編製了三萬人出頭，正巧是三個師。在其定位上，最終白南確立了一個原則，那就是，武衛軍名義上受大清朝廷和大唐的雙重領導，但實際上由大唐方麵負責其訓練、指揮，軍費等各項開支由大唐支付。這樣一來，武衛軍嘴裏喊著要為大清效忠，但實際上是吃唐人的糧，事到臨頭聽誰的，不言自明了。
而且，現在武衛軍全體上下，一條辮子也沒了，永琰和新朝廷對於這支號稱是大清第一支新軍的力量，絕對沒有幾分真實的信任。不過武衛軍此時仍在訓練之中，遠總指估計至少還需要二到三個月的時間，武衛軍才會擁有初步地戰鬥力。
此時也不得不提一個問題，白南勾畫的未來大清新軍，絕對不是一支近代化的軍隊，武衛軍這個偽軍且不提，絕大部分的清軍，仍舊會是一支以冷兵器為主的部隊。可能白南會“善心大發”，給一鎮的清軍配備大約500到1000支SC-2火槍，甚至會有SC1776型線膛火炮18門，但是本質上它不會是全火器化的部隊，而是冷熱兵器結合的特殊部隊。
白南不會傻到給自己找麻煩，他如果用SC-2火槍和SC1776火炮將清軍裝備成一支全火器化的近代軍隊，就算其戰鬥力有限，那麼對於唐軍來說，再也不可能出現京師事變那樣，唐軍一動而清軍兵敗如山倒的局麵了。