在這場對廓爾喀戰爭中，武毅軍在一定程度上是代表了大唐的利益的。對大唐共和國來說，這場戰爭有利於穩定大唐在南亞的地位，同時獲得更佳地與英國殖民地對峙的地位。而現在大唐已經確保了自己的利益，西裏古裏走廊等地區，已經被武毅軍控製了，隨後大和兵團又屯駐了進來，進行控製。
那麼在這場戰爭裏，清國又有如何的利益呢？首先就是確保西藏不失，自元朝以來，西藏便是服從於中央政權的地區，與宗藩還完全不同，特別是在清朝，對於蒙藏回等地區，控製力也十分強，所以是不容有失的。另一方麵，九年前京師事變之後，這大清國一直都處於一種軍事不自信的狀態中，以廓爾喀試刀有助於恢複自信，同時還能打出大清聲威。
但相對實質性的好處，嘉慶以及他的朝廷實際上都沒有太明確的認識。其實嘉慶本人就想通過這一仗來實現自己的武功，對於國家有什麼真正好處，不在他的考慮範圍內。而這個問題福康安卻考慮過了。如果說讓廓爾喀納貢稱臣的話，現在廓爾喀求和就應該答應了。這樣麵子有了，而且不會耗費太多。至少相對不會耗費太多。
但嘉慶已有滅掉廓爾喀的心思，如果繼續出兵，進入廓爾喀境內，消滅廓爾喀沙阿王朝，清軍顯然會有更大的消耗以及損失。更加麻煩的就是，一場滅國戰爭可能激起當地人強烈的反抗。另外要占據廓爾喀，必然要在當地建立有效的統治，是采用之前新疆的模式，還是效仿內地，都是問題，畢竟清人在廓爾喀幾乎沒有任何影響力。隻要部隊一撤走，這裏說不定立馬就要生變，那麼部隊不撤走，在此保留軍隊顯然就需要投入大量的錢糧。
所有這些問題，福康安一想就是非常頭疼，於是他向嘉慶上書，並且暫緩了攻勢，希望嘉慶帝能夠接受一場議和，結束這場戰爭。可是嘉慶的心氣十分的高，他反而斥責了福康安，說武毅軍已經在另一側整裝待發，數萬大清將士枕戈待旦，福康安臨陣狐疑犯了兵家大忌。嘉慶說福康安的考慮他已經知道了，這一仗的目標是將廓爾喀真正打怕，他還堅持認為廓爾喀經小挫就求和，是緩兵之計，沒有被打服，隻有真正打到陽布（加德滿都），給他們造成重創，廓爾喀才會在心底裏服氣，以後效忠大清。
這個觀點也有一定道理，當然嘉慶是皇上，大清朝的體製歸根到底還是君主製，福康安的傳統思想也使得他不能脫離嘉慶而單獨行事。不過嘉慶的調門已經放低了一些，目的是給廓爾喀重創，這樣一來就好辦了一些。至少大清不必在戰後收拾這樣的一個爛攤子，而且現在福康安也確實擁有比較好的條件，手中兵強馬壯，而且喜馬拉雅山的南麓還有武毅軍在策應配合。
接下來，福康安派嚴廷良先後收複了定結和定日，廓爾喀軍兵力不多，隻有數百，麵對清軍多麵圍攻，隻是進行了象征性地抵抗就撤退了，並沒有像傳說中那樣血戰到底。十月六日，福康安領兵行至宗喀以南的轄布基，進攻擦木山隘（今吉隆縣宗喀鎮南）。是日夜，清軍乘雨分兵五路，福康安居中，哲森保等由東西兩山夾擊廓軍營寨，莫爾根保繞到營後偷襲。初七日黎明之時，清兵攻克擦木山梁上的兩座廓軍石碉樓，斬殺二百餘人。八日，清軍進至瑪噶爾轄爾甲，擊潰由濟嚨前來迎戰的廓軍。斬殺六百四十餘人，俘虜二百餘人。十二日，成德、岱森保等部收複聶拉木以南要隘木薩橋。至此，清軍掃清擦木至濟嚨段邊境。