集會之後，各人緊鑼密鼓著手準備，高杉晉作在下關很快就招募了七百餘人，組成了奇兵隊，當通過西鄉幫忙從國外購進了一批洋槍進行裝備後，這支日本曆史上第一個新式軍隊就形成了一定的戰鬥力。
當然，僅靠這些是遠遠不夠的，德川幕府能統治日本幾百年，其勢力之龐大，根基之牢固，根本就不是輕易能夠撼動的。在一切都未準備妥當的情況下，高杉晉作等人隻能暫時等待時機，聯絡有誌之士，做好推翻幕府的準備。
現在，關鍵還是要取得天皇的詔書，獲得大義上的支持和名份。為此，大久保利通與宮廷大臣岩倉具視頻繁接觸，試圖達到這個目的。
可是，就如同他們所判斷的一般，孝明天皇根本就沒有倒幕的念頭，對他們倒幕尊王的建議非但沒有任何興趣，而且當岩倉具視為他詳細剖析當前局勢，指出倒幕對皇室的絕大好處時，向來害怕幕府借此對付自己的孝明天皇頓時一臉惶惶，當即就把岩倉具視狠狠訓斥一頓，讓他立即打消這種不切實際的念頭，並表明，如果倒幕派真的要針對幕府行動的話，作為天皇絕對不會有任何支持行為，甚至還會站在幕府一邊，親自下詔全日本，要求各地大名配合幕府，共同討伐“叛逆”。
孝明天皇的如此態度，讓倒幕派徹底死了心。有這種天皇在，要想取得皇室在倒幕立場的支持是絕對不可能了。就這樣，岩倉具視表麵上對孝明天皇唯唯諾諾，口口聲聲做了保證，但背地裏卻加緊與大久保利通商議。
幾日後，皇太子睦仁私下與岩倉具視在宮中密談良久，當岩倉具視走出宮中，在宮門外回首向天皇居所回往一眼，神情變得無比堅毅。
一向身體不錯的孝明天皇突然得了重病，請來禦醫診斷後，得出的結論居然是可怕的天花。這消息，讓皇宮中人心惶惶，個個自危。岩倉具視作為宮廷大臣，立即下令對孝明天皇居所進行封鎖隔離，並關照禦醫盡心症治，努力挽回天皇的生命。可惜的是，幾日後，孝明天皇病情絲毫不見好轉，而且日漸加重。隻僅僅半個月不到的時間，年輕的孝明天皇就一命嗚呼，撒手離去。
孝明天皇一死，讓許多人在暗中拍手慶幸，作為皇太子的睦仁理所當然繼天皇之位，年號明治。明治天皇少有大誌，從不甘心做幕府的傀儡，即位當日就以口頭上答應岩倉具視等人，私下表明支持倒幕派的立場。這事件的發生後，從而更加快了倒幕維新運動的進程，使得維持幾百年的德川幕府終於快走到了曆史的盡頭。
一年後，倒幕派經過精心策劃完全掌握了薩摩、長州、安藝三藩藩權。之後，薩摩、長州、安藝三藩討幕派在京都聚集，召開了秘密會議。正式通過岩倉具視上折明治天皇，準備發動宮廷政變，把德川將軍趕下台去。
“岩倉大人，天皇陛下怎麼說？”
倒幕派眾人聚集在岩倉具視府邸等候消息，直到天黑之後，一早就入宮的岩倉具視才回到府中。等候多時的倒幕派眾人按捺不住，一起湧上前來，急急問道。
“諸君！天皇陛下答應了！” 岩倉具視神情激動，從懷中取出一份詔書。
大久保利通等人連忙接過密詔，欣喜若狂，趕緊打開細細觀看，隻見上麵寫著：“不討此賊，何以上謝光帝之神，下報萬民之深仇！”
“天皇萬歲！天皇英明！”眾人一同高聲大呼，有了這份詔書，推翻德川幕府是名正言順，出師有名了。
緊接著，沒過幾天，他們正式著手倒幕對策，提出由三藩兵出三路攻打幕府控製要地，再由京都發動政變，一舉從德川幕府手中奪過權利。
可就在這時候，聽聞風聲的德川慶喜突然主動聲明辭去將軍職務，還政給天皇，讓所有人大為驚訝。
難道德川將軍眼見倒幕勢力龐大，又有明治天皇的支持，知道自己大勢已去，這才做出如此明智決定麼？可事實並不如此，原來，德川慶喜聽到風聲，覺著形勢對己不利，決定先發製人，主動辭職，以免與改革派正麵衝突。實施以退為進，暗中調兵遣將的緩兵之計。
大家連夜討論一番後，一致同意還是以武力解決問題，並給德川慶喜一個措手不及。於是，他們調兵遣將，很快把自己的部隊調集到京都附近，準備發動宮廷政變。
十日後，西南各諸侯率兵包圍皇宮，以奇兵隊為主力，迅速解除德川幕府駐後宮警衛隊的武裝。一舉攻入皇宮，請出了年少的明治天皇。