學生自治的興起，還受到梁啟超大力倡導的民權觀念和盛行一時的地方自治思潮的刺激影響。民權在梁啟超那裏是一種不徹底的有限民主觀念，它沒有根本否定皇權，但強調天賦人權及其須經啟迪培養才能實現的必要性。地方自治在某種程度上成為民權主張的社會實踐與體現，盡管在大小社會犬牙交錯關係的影響下，呈現出複雜的社會內容，並帶有割據勢力抬頭的趨向，本質上無疑是對集權專製的製度化否定。
立憲運動的興起和政體形式的調整，使清朝專製統治發生鬆動，紳商組建社團的合法權益至少在紙麵上得到承認，各種民間社團因此層出不窮。這些組織的存在與活動，提高增強了它們所代表的各種社會群體集團的地位與作用。受此影響，學生愈發不滿於自己公民權利的被剝奪，更加感到合群組織的必要。他們不僅以社會未來主人翁自命，而且要求享有現實的國民權利。北京、浙江、江蘇等地出現了由學生主辦、“以提倡學生自治為宗旨”《各省報界彙誌》，《東方雜誌》第4年。第7期，1907年。9月2日。的報刊雜誌，學生自治團體也不斷湧現，使學界潛在的民主趨向逐漸公開化。
早在1904年。製定的《各學堂管理通則》中，清政府就明令嚴禁學生立會結社，或參與黨會，學生自治團體從一開始便處於非法狀態。因此，思想轉化為行動，需要經過血與火的洗禮。學生自治團體正是在學潮風雲激蕩中迸發出第一聲驚啼。它們有的誕生於山雨欲來風滿樓的臨戰前夕。上海徐彙公學、山東測繪學堂和濰縣自治研究所校方動輒體罰，學生開始敢怒不敢言，繼而以此“為各學堂所無，頗以為辱”，於是結團抗爭，“嚴行自治”，表示：“如再被夏楚，即一律退學”《學堂以夏楚示威》，《武學》第1期，1908年。6月28日。在一定程度上克服了散漫軟弱，鬥爭性大為增強。有的出現於兩軍對壘的刀光劍影之中。北京高等實業學生罷課後，每天聚集禮堂演說，一些骨幹分子為堅持鬥爭，發起名為“研究會”的自治團體，發布會章，設立報告員、糾察員、幹事員、書記員等，廣泛發動同學入會，“一堂之內，嚴防密探，儼成敵國”《學部奏議複翰林院編修陳驤條陳學務折》，《東方雜誌》第5年。第1期，1908年。2月26日。。安慶陸小學生在鬥爭處於僵持狀態時實行自治，由各班推舉幹練同學組成臨時守衛隊，“照察一切出入人等，夜間不時梭巡，以嚴大政”《陸軍小學之風潮》，《民立報》1911年。5月1日。。長春中學堂學生在學校與地方當局雙重高壓下鬥爭陷入危境之際，乘民眾聲援之勢，成立自治會，“會中立有編輯、評議部，約期會議”《長春學生痛哭記》，《民立報》1911年。7月1日。決心抗爭到底，部分抑製了青年。學生狂熱—彷徨—失望的動搖性通病。更多的自治團體則是鬥爭勝利的成果。學潮迫使當局妥協後，學生們除了提出各種善後條件外，還普遍著重要求自治權利。湖北方言、八旗師範、安徽、陝西高等學堂退學勝利後，不僅要求撤換肇事教職員，不準介入衝突的監學日後插手學生事務，取消對學生的處罰，而且提出：“改良教授管理法”，“與學生以自治之權”，“開除學生須下各學生議詢謀僉同”《方言學堂大風潮》，《大公報》1905年。7月9日。“以後學堂監督必由教育總會及學生公舉。又堂內大小各事（關於學生各事）必經教育總會及學生認可，方準施行，監督不得獨斷”大無畏：《陝西高等學堂之紀事及評論》，《夏聲》第6號，1908年。7月25日。。他們希望通過自治使學堂擺脫專製統治的直接控製，成為自由小世界。
愛國救亡是促成學生自治的又一動因。清王朝腐敗貧弱，無力禦侮，必須發動和依靠民眾來救亡圖存。但民眾缺乏民主素質，散漫無序，難以擔此重任。因此必須用自治方式使之聯合，逐步養成和完善國民素質，形成民間政治實體。學生自治便是國民自主的先導與表率。京師法律學堂集會成立自治團體時，學生們紛紛演說，闡述自治原因及其與救亡的關係，指出：“法律有關於收回領事裁判權之重大問題，故不可不先注重自治之要點。”《法律學員大開自治會》，《盛京時報》1906年。12月25日。視學生自治為民族獨立、主權恢複的前提起點。在抵製美貨、收回利權運動中成立的學生愛國團體，已帶有自治性質，有一些還固定為自治團體。