區域性聯合的自治團體也相繼出現。1905年。成立了揚州學生自治會、廣東全省學界公會、山西全省學會；1906年。成立了湖南全省學生自治會、蕪湖皖南學會、浙江全省學會；1907年。吉林法政館學生發起組織吉林全省學會，陝西三原宏道學堂與西安學界聯合成立國民自治會；1911年。黑龍江成立學界聯合會，雲南學生則以三迤總會名義展開活動。這些組織多以“聯絡群情，交換知識為宗旨”《吉省學會之阻力》，《盛京時報》1907年。12月24日。。江蘇、河南、四川、江西、直隸等省的學生救亡團體也起到合群自治的作用。還有一些省份則在1905年。以前已經產生省級學生自治團體，如福建的學生自治會。
在區域聯合的基礎上，出現了成立全國性學生組織的嚐試，把鄒容1903年。提出的建立全國學生同盟會的構想付諸實施。1905年。上海成立了以國內外高等學生為對象的環球中國學生會，以“助中國進步”、“聯絡環球中國學生情誼”、“交通社會，互相扶助”為宗旨，“無論已畢業未畢業在本國在外國，曾進高等學堂以上者為合格”，計劃設總會於上海，“其他無論何處，凡有中國學生者可立分會”《環球中國學生會章程》，《大公報》1905年。8月23日。。
由於高等學生數量不多，該組織的活動與影響受到局限；況且國內就學與國外留學、在校與畢業相混合，不完全反映國內在校學生的動向。1908年。上海學界“以各省人士來學海上者頗有蒸蒸日上之勢，惟風習不齊，學派殊別，不有機關以為之彙，何以融結國團，交換知識。爰發起二十二省學生總會。已刊布簡章，簽注名冊，由各校分布。”《各省教育彙誌》，《東方雜誌》第5年。第6期，1908年。7月23日。該會得到陳佩忍、於右任等人的支持，“以破除省界，融結各校團體，以為他日敷設國會之權輿”為宗旨，提倡“尚公德”，“惜名譽”，“重實踐”《各省留滬學生總會第一次簡章》，《近代中國教育史料》第4冊，第169頁。該簡章原刊於《江寧學務》，署期為1906年。疑誤。準備開展辦報宣傳、社會調查、讚助自治、研究法政、傳播西學、興辦實業、聯絡學界、發揚國粹、促進女學、推動教育、挽救路礦等一係列活動。但該會隻是旅滬各省學生的聯合體，而且雖有詳細計劃，此後卻不見活動蹤影。
到1911年。4月，終於出現了全國性的“中國學界聯合會”，以“聯合全國學界，實踐救亡責任”為宗旨，計劃“首具規模於上海，依次擴充於各行省，每省複設本會之支會數所”《學界聯合會出現》，《民立報》1911年。4月20日。。國會請願風潮中，天津也曾組織“在津全國學界國會請願同誌會”。南北兩大學生團體的成立，反映出學生群體獨立意識和社會地位的增強提高，表達了學界聯合的共同心願，推動和加強了全國學界的團結。在此影響下，改良學塾也組成大型團體。1911年。25所學塾的758名學生“以時事多艱，凡為國民者當力圖振作，共謀自強”，在上海首次召開學藝聯合會，《學藝聯合會誌盛》，《民立報》1911年。9月13日。奏響了學界同盟的副旋。
學生們在自治活動中表現出高漲的熱情。京師法律學生在鬆筠庵討論自治規則，赴會者近200人，陸軍部附讀生也致函讚同。大型團體活動時，學生更形踴躍，人數動逾千百。早在1906年。《新民叢報》就敏感地指出：“中國近來之團體思想發達極矣，其學界中為尤甚。”《論主張競爭者當知法製》，《新民叢報》第72期。學生民主熱忱的普遍高漲和學界自治團體的迅速發展，對統治者構成嚴重威脅。按照清政府製定的章程，學生不得以任何形式集會結社。經過鬥爭取得自治權利並建立組織，不僅是對專製權威的蔑視，而且具有某種合法性，造成統治秩序的紊亂。因此，各級官吏千方百計地阻撓破壞，必欲去之而後快。陝西的宏道、師範、奉天的錦州中學堂學生組織自治會，被當局認為是“為抵抗教員與管理員而設”《宏道高等學堂之風潮》，《夏聲》第4號。遭到開除斥革。浙江法政學生要求組織同學會，提學使聲稱：“法政科目繁多，時間短促，學生於聽講後稍有餘暇，正宜溫習功課，終日伏案不遑，更何有從容開會之時。若再編輯調置，分其心力，則正課必多荒廢”，因而批複道：“不必特設專會，致滋紛擾。”《不準組織同學研究會》，《大公報》1908年。12月19日。南京東台學生乘星期日在雞鳴寺舉行同鄉會，地方督撫雖明知“但為聯絡鄉情起見，既未開會演說，更無跡涉悖逆之舉”，亦予查禁，理由是：“結會本幹例禁，當此事雜言龐，人心不靖之際，難保無匪徒誘惑，誤入歧趨。”又借口會中有常捐特別捐、會員名譽讚成員等名目，荒謬地推論道：“論其心則無他，推其極即為斂費結黨之漸。”遂以“學界中人不得借切磋學業互換知識為言，設立學會，聚眾演說，致長囂淩而為厲階”《劄飭嚴禁學界立會》，《盛京時報》1907年。7月26日。為口實，把它打入冷宮。吉林學生倡設全省學會，也被當局指為“非真為求學起見，不過預備同盟罷課，要挾長官”，借口“結黨立會，國有禁令”，牌示禁止。《吉省學會之阻力》，《盛京時報》1907年。12月24日。當局甚至對各學堂校友會“皆極力反對，運動使之解散而後快”《吉省學界之前途》，《盛京時報》1909年。1月19日。。陝西蒲城縣令更因學生自治於己不利，派兵捆捉拷打，釀成血案。