民眾任何改變無組織散漫狀態的努力，都意味著專製權威的淪落喪失。而學生自治的威脅更具有雙重性，一方麵，自治聯合的學生爭得小塊自由天地，受到製度化民主的加速陶冶感化，反專製情緒更為熾烈，容易走向反清革命。另一方麵，學生從中學習到管理自我和社會的技能，成為地方自治的先導，並對民眾理解接受民主原則和製度起到表率作用。維新派倡導民權，但對皇權的敬畏使之不能脫離臣民姿態。革命黨鼓吹國民意識，而公開活動限於海外，且隻有思想影響，缺少實體示範。學生自治雖然是民主製的初級形態，卻使近代中國的民主化進程由宣傳、運動進入實行，由理論演變為製度。他們在封建城堡中公然樹起一麵民主大旗，現身說法，使缺少民主傳統，又沒有感性認識的國人親眼目睹、親身體驗到實實在在的民主製雛形，彌補了中國沒有民間民主社團以及由此形成的社會製衡機製的缺陷。盡管程度、影響仍然有限，但潛力強勁，將全麵推進民主化由低級走向高級。所以，統治者不得不拚死抵拒學生自治。
麵對高壓，學生們堅定地捍衛和爭取自己已得應有的權利。有的打擊群體中的敗類，浙江法政學生在大庭廣眾下揭露痛斥個別破壞團體的學奸，使其無地自容。紹興府中學堂學生嚴懲蠱惑人心，瓦解校友會，使“此番團結力不能如前此之固”《府學生蠻法三千》，《民立報》1910年。11月18日。從而導致鬥爭失利的變節分子。有的逆流而進，愈挫愈奮。吉林組織學會事一度受阻於當道，學生們“加意運動，期於必達目的”。不到一個月，即擬就章程，擇期開會。《吉省學會又將成立》，《盛京時報》1909年。1月29日。陝西學生發動全省總罷課，向破壞自治的官吏發起強大攻勢。學生為自治而戰的鬥爭加劇了統治秩序的紊亂失範。清政府明令禁止的學生自治團體廣泛持久地公開半公開存在發展，既表明政府機器已不能對社會各層麵實施有效控製，又反映出統治集團內部態度分歧，有人容忍，有人同情，有人大打出手，有人但求自保，有人畏之如虎，也有人掉以輕心。清政府陷入被迫變革與變革結果否定其存在價值的兩難境地，這為力量有限的學生的自治活動留下發展間隙。
當然，這時的學生自治尚未彙成全國統一行動，相繼出現的各省學界團體缺乏穩定持久性，往往是一省剛剛建成，他省已形渙散。全國學界大聯合的藍圖也隻是組建起中樞機構，尚未來得及爭取各省的實際加盟（與五四時期不同，中樞機構並非建立在各省學界聯合的基礎上）。由於力量分散，容易被各個擊破。1905—1906年。間，湖南學生自治運動頗具聲勢，在禹之漠等人的發動、組織和領導下，通過抵製美貨、收回利權，為陳天華、姚宏業舉行公葬，打擊學務總辦俞浩慶等一係列重大活動，顯示了力量，使官府和地方頑固勢力受到強烈震撼。但是，這時其他各省學生自治活動尚未進入高潮，而學生又缺乏更為廣闊的群眾基礎與後盾，加之策略上操之過急，禹之漠被捕後，雖然成立了學生自治會繼續鬥爭，終究孤掌難鳴，回天無力，在當道孤立分化和嚴厲鎮壓下被迫轉入低潮。湖南學界因此元氣大傷，長期沉寂，直到1911年。才開始恢複原有聲勢。
國會請願中異軍突起