替代選擇多樣性。由於MOC中MUC和MEC計算的困難，有些學者試圖利用替代的方法間接測算，它本身也帶來了許多問題，如給定的MUC依賴於計劃建設的水源工程，如果沒有續建水源工程，MUC將無法定義。計劃建設的水源工程存在多種選擇，MUC將出現多級值，如果僅以某一工程為參考顯然是不完善的等。
③缺乏可比性。由於不同地區MUC、MEC采用不同的計算方法，使得MOC缺乏可比性，難以進行時空分析和從宏觀上把握水資源價格變化。
④沒有考慮資源的質。水資源價格不僅與量有關，更重要的是與水質有關。忽略了水質，隻從量的方麵考察水資源價格是片麵的，這是MOC最大的缺陷之一。
3.平均成本定價法
平均成本定價法，又稱成本核算法，或成本加利潤法，是一種最常見的壟斷部門的定價方法，其定價的基礎是平均成本的估計數，目的是為了彌補運行費用而提供足夠的收入，價格計算中所包含的利潤率一般取社會平均利潤率，但對服務要求不足，同時為滿足將來的資本需求，又預備了折舊。此法對成本的估計基於曆史的供水成本，取決於決策者對曆史資料的決策。但由於成本數據是曆史資料，不能確切反映現在和將來市場價值的變化，要采用諸如曆史成本法、重置成本法、現行市場法、收益現值法、物價指數進行評估。
考慮到供水部門屬於國民經濟基礎產業和競爭性、風險性小的特點，國務院1985年頒布的《水利工程水費核定、計收和管理辦法》規定，水費標準應在核算供水成本的基礎上，根據國家產業政策利水資源狀況，對各類用水分別核定。並提出：
成本是價格的最低界限，規定商品價格不得低於成本，這是為了最大限度地保證水利工程經營單位的基本運行能力，而且必須正確地核算成本。
把部門平均成本作為製定價格的依據。製定價格應以工程正式投入生產後的正常成本為依據，而且應以計劃成本為依據。若調整現行價格，則必須以報告成本為依據。該規定還指出區別個別成本和社會成本，提出了按照部門平均成本對全國主要產品規定統一價格的設想。但按照部門平均成本對全國水資源統一定價是不現實的，也不可能，而且按照部門平均成本定價是低效率的。
③邊際成本和水價的關係。決定商品價格的是邊際成本而非平均成本，但確定邊際成本有困難，所以一般都采用社會平均成本加值的辦法來確定價格，用平均成本定價有利於鼓勵先進和鞭策落後。
④對於水價中的資金盈利率問題，主要取決於某一地區的資金的平均資本盈利。由於社會經濟發展水平的差異，不同地區的資金盈利水平不同。在我國，經濟發達地區和沿海地區的投資回報率較高，而內地經濟相對較落後地區的資金回報率較低。因此，如果按全國一刀切來處理水價的盈利率問題，將會導致經濟發達地區（即需水強度較高的地區）削弱對供水工程投資的積極性，加劇水資源的供需矛盾。因此，對於我國的水價盈利率問題，因根據我國不同地區的實際情況，按不同供水對象分別對待。
4.邊際成本定價法
邊際成本定價是目前最推崇的辦法。邊際成本指增加單位水量所引起總供水成本的增加量。邊際成本一般分為兩類，即短期邊際成本和長期邊際成本。短期邊際成本假定現存資金成本的機會成本是零，長期邊際成本考慮資金將來的邊際成本和其他擴容及維護擴容運行的投入。計算長期邊際成本需要了解全部未來項目的年投資增加量和管網投資、年增加的運行和維持費用、年增加的消耗和成本、年增加的供水量，然後對增加的成本和利潤折舊：選擇的折舊率是資本的邊際成本。若把折舊的增加成本總和除以增加的可供水量，就得到供水單位增加水量的平均增加成本。平均增加成本是長期邊際成本的近似值。若水價為平均增加成本，擴容的全部成本將回收。長期邊際成本關注將來擴容增加的成本，相對於其他定價方法，提供了一個更為確切的未來資本需要的估計。由於在計算平均增加成本和長期邊際成本中，折舊將來的成本和利潤起著十分重要的作用，若用平均增加成本製定水價，管理者可能獲得足夠的收入去擴容和促進持續發展。由於考慮了資金、勞動力和其他投入的機會成本，長期邊際成本定價將推進資源的高效分配，同時由於用戶將調整他們的水消費量至水的邊際成本等於邊際效用點。但由於低收入者可能支付不起長期邊際成本的價格，此方法在政治或社會方麵可能不容易接受。即長期邊際成本定價方法最有效，但不公平。在現有條件下，隨著水資源開發利用程度的提高，帶來的環境影響越來越嚴重，資源開發利用的邊際環境成本將持續上升。