據專家引述的有關曆史文獻記載，1685年，倉央嘉措在家鄉長到兩歲的時候，第巴桑結嘉措秘密派曲吉卡熱巴·多倫多吉、多巴·索朗查巴二人，授給前世殊勝尊者（指五世達賴）的佛珠等日常用具，下令籌措隨從、馬騾等事，秘密尋覓靈童。這一秘密使命，對外宣諭是為了藏區幸福而去朝聖。後來，為了不致引發懷疑，第巴還特意指示秘密小組增加了一項更為貼近的名義：尋找另外兩位活佛的轉世靈童。
這一年的6月5日（藏曆，下同），曲吉卡熱巴·多倫多吉等人從拉薩出發，開始秘密尋覓第五世達賴喇嘛的轉世靈童。
當尋訪小組把倉央嘉措降生時的種種靈異征兆上報之後，第巴桑結嘉措立即下令封鎖消息，並要求進一步秘密查證。尋訪小組通過問卜，決定將靈童一家先從烏金淩遷至沒人認識他們的夏沃，並按照程序進行核實。
幼小的倉央嘉措被迎至夏沃後，第巴桑結嘉措派人攜帶五世達賴的遺物和印有吉祥太陽標誌的哈達、磚茶、一匹象征成就諸事的綠色綢緞等物前往夏沃，對外則稱是為了保護另一位活佛轉世的靈童。
有不少專家認為，倉央嘉措被選定為達賴喇嘛，固然與他出生時的種種奇異現象有關；同時，也與西藏地方政府重視和加強對門隅這一重要邊境地區管理的需要不無關係。六世達賴喇嘛在門隅的秘密尋訪和對倉央嘉措的認定，在客觀上也加強了西藏地方政府對門隅的統治。
專家認為，門隅地處邊疆，又是通往印度阿薩姆平原和連接不丹的傳統商道，位置十分重要。正因為如此，五世達賴以及第巴桑結嘉措不斷頒布法令、封文，派遣官吏，加強對門隅的統治。六世達賴喇嘛出於門隅，至少在客觀上使後來的西藏地方政權不能不重視門隅，因門隅是六世達賴喇嘛的故鄉。
根據第巴桑結嘉措在其所著《金穗》一書中的記載，倉央嘉措出生時的種種奇異傳到他耳邊後，他曾多次秘密問卜，結果都是吉兆。於是他即指示對外以另外一個活佛轉世靈童的名義把倉央嘉措迎請到外地，並在這一過程中“盡可能靈活機智、保守秘密”。
沒想到，當時的官員曲解了桑結嘉措的意思，他們將倉央嘉措及其父母接走後，長期嚴密軟禁起來。由此，有專家認為，倉央嘉措自小就生活在嚴厲的管束之下，經受孤獨和枯燥的學經生活，這為他日後青年時期的反叛埋下了伏筆。
12月11日，護送人員抵達夏沃後，向靈童的父親轉獻諭旨和靈物。據稱靈童看到五世達賴的遺物說：“這是我的印章，你們得福啦！”大家都十分驚異。除了桑結嘉措等人的回憶錄，有一本《不盡智慧所指經藏》中的描寫更是靈異：他（倉央嘉措）能回憶起前世的住地在什麼地方、是什麼名字，種姓、家族、顏色、相貌，等等。他一開始說話就講：“我不是小人物，而是三界的怙主，殊勝尊者阿旺羅桑嘉措，我是從拉薩布達拉來，所以要盡快回去了，久已把第巴和眾多僧侶拋棄了，也應去見見了。”