1703年，因為一起突發事件，倉央嘉措和第巴之間的裂隙進一步加大。原來，第巴等人認為倉央嘉措身邊的男仆拉旺攛掇倉央嘉措遊戲作樂，所以與鍾錦丹津鄂木布、阿旺那木準、多羅鼐、噶濟納巴、特依本等人商議，欲殺拉旺。有一天，倉央嘉措帶著六七個隨從出行，突然遭到十餘人襲擊，他身邊受寵的隨從塔爾占鼐被砍死，屍骨被扔到路邊，拉旺肩部受傷。受到驚嚇的倉央嘉措立即趕到第巴家，指責第巴策劃了這一行動，否則沒有人敢如此大膽，令第巴查出嫌犯。第巴雖然答應了，但事後告知達賴喇嘛，嫌犯未能查出。
當時著名的寧瑪派喇嘛久美多吉的弟子在《聖僧自傳遺事熾熱太陽》中記載：“那時很多藏蒙僧眾對六世達賴喇嘛之所為進行各種邪視誹謗。第司仁波切（第巴）一方麵囑托寺院的軌範師和執事等人，指示他們為了不再出現對聖尊行為的邪視現象，要在法會和經堂對眾僧教誡一天。另一方麵認為，是仲科塔爾傑乃（拉旺）將聖尊帶壞，如將此人除掉，則會有利。於是第司便準備派人在聖尊去宮後射箭回來時，將塔爾傑乃在半路殺掉。其日，恰巧達賴之衣給了塔爾傑乃穿，塔爾傑乃之衣又穿給了仆人，所以錯將仆人殺死。知道殺錯後，另一人又補刺塔爾傑乃一刀，但未被殺死，隻是受傷倒地。於是傳言四起……之後聖尊對出現如此嚴重的亂子，特別是對第司的做法非常不滿。”
據有關文獻引述當時在拉薩的清朝使者薦良的奏折：“達賴喇嘛查此案數月，才破獲，將鍾錦丹津鄂木布等五人交付拉藏處死。因此五人俱與第巴親昵，故第巴懇求免其身命，拉藏不肯，殺之。從此結仇，用藥毒害拉藏……”可見，這一突發事件不僅導致倉央嘉措與第巴直接交惡，而且還令第巴和拉藏汗的矛盾激化。
拉藏汗與第巴矛盾不可調和的另外一個佐證，是此時出現並廣泛流傳的有關拉藏汗已拘捕第巴的謠傳。1704年5月，從拉薩回來的青海貝勒戴青和碩齊在奏折中說：“我五月十一日到達，拘捕第巴之說是假，他還正常管理事務……”這封奏折的一個關鍵信息在於其中提到的有關倉央嘉措的印象。他說：“看達賴喇嘛轉世，行止如凡人，和拉藏一起經常放鳥槍、射箭。”
拉藏是協助五世達賴喇嘛統一西藏建立地方政權的蒙古和碩特部固始汗的重孫。他是一位有野心有計謀的蒙古汗，同第巴桑結嘉措可謂棋逢對手。過去一般認為，第巴和拉藏汗的矛盾由來已久。可是，根據有關專家搜集的拉藏汗、五世班禪、六世達賴喇嘛、青海王紮西巴圖魯、清朝使者薦良等人的奏疏、書信、奏折等曆史文獻，實際上，拉藏到西藏之初，與第巴和六世達賴喇嘛的關係十分融洽。
繼汗位之前，拉藏生活在位於青海的遊牧地，並未與西藏第巴勢力直接對立。據史料記載，第巴桑結嘉措還曾於1701年將達賴喇嘛賞的百餘戶朗生（農奴）分給拉藏。康熙四十一年（1702年），被六世達賴喇嘛倉央嘉措拒絕受比丘戒一事所困擾的第巴為了說服六世達賴，專門邀請拉藏赴拉薩協助勸說。次年，正是在六世達賴喇嘛和第巴的支持下，在前任蒙古汗去世、汗位空懸兩年之後，拉藏才得以繼位。當時，清廷派駐西寧喇嘛商南多爾濟曾奏呈說，達賴汗之位，本來是要讓他的長子丹津旺紮勒繼承的，但是長子有病，不明事理，“故令其弟拉藏繼位”。
有專家認為，拉藏與其兄旺紮勒不同，一直遊牧在青海，與西藏政教界人士沒有深交，當然也不會積怨，這應該是達賴喇嘛和第巴選擇拉藏為汗的主要原因。拉藏即位之後，第巴桑結嘉措也以年老為名隱退，其位交給兒子繼承。不過，西藏地方政府的大權，實際上還是大半控製在他的手裏。