一、傳說中的醫學始祖
中醫藥學的知識和理論的起源，可以推到我國有文字記載的曆史以前，這集中反映在傳說時代的神農、伏羲和黃帝的傳說中。
神農嚐百草
傳說神農是最早的醫藥祖先。他通過品嚐各種藥草，辨識了這些藥草的性味及毒性，並將這些醫藥學的知識教給先民。傳說神農最後嚐到一種有劇毒的“斷腸草”（或說是嚐到了一種百足蟲，這種蟲到了肚子裏以後，一足化一蟲），無藥可解而死。在神農這位遠古英雄的傳說中，我們感受到了我國遠古先民在發現和積累醫藥學知識漫長曆程中的艱險。
今太原神釜岡中，還存有據說是神農嚐藥時用過的鼎；在成陽山中，有傳說中神農辨百藥的遺跡，名叫“神農原”，又叫藥草山，山上的紫陽觀是傳說中神農辨藥的地方。
伏羲嚐草製砭
伏羲是傳說中針灸學的創始者，《帝王世紀》中說伏羲“嚐味百藥而製九針，以拯火枉”。這裏所說的是“針”，就是用石製成的砭，實際也就是遠古先民發明的外治法中的一種。伏羲又是八卦的發明者，所謂“伏羲畫八卦，所以六氣、六腑、五髒、五行、陰陽、四時、水火、升降，得以有象。百病之理，得以類推”。
黃帝論醫
傳說黃帝曾與岐伯、伯高、少俞等大臣，“內考五髒六腑，外綜經絡、血氣、色候，參之天地，驗之人物，本之性命，究神極變”產生了“針道”。又與鬼臾區討論脈理，於是有了《黃帝內經》及《黃帝八十一難經》等醫學經典。《黃帝內經》涉及的中醫學問題有：（1）自然氣候變化和人體的關係；（2）陰陽五行學說；（3）髒腑生理病理；（4）經絡學說；（5）精、神、氣、血、津液；（6）診法；（7）治則；（8）針法。《黃帝內經》、《黃帝八十一難經》等醫典雖可能是假托黃帝所作，但也反映出中醫學起源的久遠。
二、“古者巫彭初作醫”
《山海經》中記載，巫鹹、巫即、巫盼、巫彭、巫真、巫禮、巫謝、巫羅、巫姑、巫抵等十巫在靈山上升降自如地采藥，並握有可死而複還的“不死之藥”。《世本》中說巫鹹是堯帝的醫生，醫術深不可測，甚至可以“祝樹樹枯、祝鳥鳥墜”。其他著名的巫醫還有僦季貸、雷公、桐君、鬼臾區、少俞、伯高等，他們中有的曾與黃帝坐而論醫。
從這些記載來看，遠古時期的中醫學知識不僅有了相當的規模，而且是巫和醫並存的。從原始信仰時代的生活實際來說，醫學必須借助巫術這一母體才得以逐漸發展起來。巫術中包含有醫術，有些巫師就起著後世醫生的作用。這些巫師在行使“醫生”職責時，采用的是巫術與醫術並舉的手段。
原始巫術療法主要有：咒語、附錄、厭殃法、厭勝法等。傳說俞跗治病，不用湯藥，而用樹枝紮成人腦的形狀、用芒草作為人的軀體，“吹竅定腦，死者複蘇。”或是用石針調理精氣進行導引，按摩肢體疏通血脈，在患處用藥物熱敷，一解開衣服就能見到病的症候，按照五髒的經穴部位，或用刀割開皮膚、剖解肌肉、使血脈運行暢通，或連接斷絕的筋絡，或按治腦髓，或拉動按治內膜，或洗滌腸胃、衝洗五髒，以修養精氣、變換形體。《說苑》中記載，苗父治病，隻要用蘆葦幹紮一張平席、用稻草紮一條狗，然後麵向北麵祈禱，十句以後，前來求治的病人，不管是攙扶而來的，還是用車推來的，都立即康複如初。
除了巫術治療以外，巫醫也“具百藥以備疾災，畜五味以備百草”，並好用“毒藥”治病。
三、巫與醫的分離、醫療分科的開始
春秋時期，醫與巫開始分離巫與醫分離的情況在《左傳》中有明確的記載。說晉國國君得了病，夢見一個披著長發的厲鬼在追他。夢醒以後即召見桑田巫問夢，桑田巫所說與晉侯的夢一無二致，並奉告晉侯不要吃新收的麥子。晉侯聽了半信半疑，又向秦國國君求醫，秦伯派醫爰前往治療。醫爰沒到之前，晉侯又作了個夢。夢見他體內的病是兩個小人。一個說：“秦國的醫爰是位名醫，恐怕我們要吃虧，如何才能逃走呢”一個卻說：“我們在心髒隔膜之上，心尖脂肪之下，醫爰拿我們怎麼辦”醫爰細察了病情以後果然說：“國君的病在心髒隔膜之上、心尖脂肪之下，既不可直攻，藥力又達不到，沒法治療。”不久，晉侯就因吃用新麥做的食物而猝死。這則醫學故事就是成語“病入膏肓”的來由。
醫療分科和醫事考評製度
春秋時期不僅有了專職醫生，還有醫療分科和醫事考評製度。《周禮》中記載，當時的醫生已分為食醫、疾醫、瘍醫、獸醫等。專門治療王和卿大夫疾病的醫官稱作“醫師”，他同時也是主管醫療行政事務的醫官，要負責考評各科醫生的治績，並據此製定他們的食祿。
中醫理論的發端
春秋時期，人們對病因病理已有了一定的認識。病因認識方麵如子產認為，疾病是“出入飲食哀樂之事”，晏嬰認為是“縱欲厭私”的結果，管仲則認為是因為“守其本”。中醫臨床六氣致病的學說已漸露端倪。如秦國良醫醫和在為晉平公診療後說：“天有六氣，降生五味，發為十色，征為五聲。淫生六疾。六氣曰：陰、陽、風、雨、晦、明也。分為四時，序為五節，過則為災。陰淫寒疾，陽淫熱疾，風淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾。”指出晉平公的病是貪戀女色過度，而導致神誌惑亂。表明這時的醫家已經開始擺脫巫醫的鬼神致病理論，提出了自己的病因學說，走上了獨立發展的道路。醫和以上所講的這段話，反映了春秋時期的中醫學理論的大概：（1）以四時、五節、六氣等氣候變化為主要病因的概念已經形成；（2）陰淫寒疾，陰淫熱疾的病變學說已經基本形成；（3）五味、五聲、五色的概念具備了後世診斷及藥理學說的雛形；（4）陰陽、五行學說及天人相應的思想也已初步形成。五行配五髒，即肝屬木、心屬火、脾屬土、肺屬金、腎屬水，它們的運行“終而複始，如環無端”。
四、“四大醫籍”
戰國秦漢時期，中醫藥的理論和方法已基本形成，這主要體現在這一時期中醫藥學的四部主要經典中，這四部醫藥學經典是：《黃帝內經》、《難經》、《神農本草經》和《傷寒雜病論》。《黃帝內經》和《難經》主要是闡發中醫學的醫理，《神農本草經》載錄了中藥的藥物性味功用，《傷寒雜病論》則論述了內傷外感各症的辯證施治及處方和用藥。
《黃帝內經》托名黃帝所著，實際是自春秋、戰國開始，一直到秦、漢，由許多醫書彙集，不斷增補而成。包括《素問》和《靈樞》兩部分，計十八卷、一百六十二篇，內容非常廣泛，包括人體解剖學（肌肉、髒腑、血脈、筋骨等）、生理學（六經分布及氣血、血液循環、消化機能、脈搏、人體器官的功能等）、病理學、診斷學（望、聞、問、切等）、治療學（汗、吐、補、瀉、針砭、灸、按摩、導引等）等，不僅集中反映了這一時期的醫學成就，而且確立了中國醫學的獨特理論，為中醫學的發展起了奠基和導向的作用。
《難經》全稱《黃帝八十一難經》，原題秦越人（扁鵲）著，實際成書於秦漢時期。全書以設難答疑的形式，解釋經脈、髒腑、疾病、穴道及針法等八十一個難題。推演《內經》的微言奧義，剖析疑義，係統論述了奇經八脈的循行和功能，提出了與《內經》不同的三焦、命門學說，首創獨取寸口和分寸、關尺的三部搭脈法。
《神農本草經》托名神農所著，實際是秦漢醫學家總結戰國及以前許多民間醫學家的用藥經驗，不斷抄錄、增補而成。《神農本草經》分序例和正文兩部分，序例是藥物學總論，根據藥物的效能和使用目的劃分藥物的品類，論述藥物的味氣、配伍宜忌、劑型與加工。正文部分是按照藥物的品類進行說明，包括藥名、生長環境、性味、主治功效，以主治功效為主。《神農本草經》記載了三百六十五種藥物，其中二百多味藥的療效已得到證實。
《傷寒雜病論》為漢末醫學家張仲景所著。是我國曆史上第一部理論與實踐並重，集理、法、方、藥為一體的臨床醫學專著。幾經散失，曆經整理、編輯、傳抄，形成《傷寒論》和《金匱要略》兩部書。《傷寒論》論述了外感熱病的症候，分別闡述了辨脈、審證、論治、立方、用藥的原則；《金匱要略》論述了病因、病機、診斷、治療、預防、護理的原則與方法。兩書共立方三百七十五首，藥味精練、配伍嚴密、主治明確、療效確鑿，被後世譽為“經方”。
以《黃帝內經》為首的四大經典，基本確立了中醫藥學的理論體係。這一理論體係的前提是整體觀念、恒動觀念和辨證論治觀念。整體觀念主要有兩層含義：人是一個有機的整體；人與自然相統一。體現到病理上則是：髒腑各器官有與自然相一致的生克關係；可以通過髒與腑的表裏關係彼此波及。體現在治療上，不僅可以頭痛醫頭、腳痛醫腳，而且可以上病治下、左病治右、外病治內。恒動觀念是將宇宙萬物的運動變化與人體的生理、心理狀態結合起來，認識健康與疾病的發展與變化規律。辨證觀念是對症狀和體征進行由表及裏、由此及彼、去粗取精、去偽存真的綜合分析，把握疾病的本質。四大經典標誌著中醫學理論的形成。這一醫學理論的主要學說包括：
1.將陰陽五行學說與醫學結合起來，提煉成中醫學的指導思想並貫穿到中醫藥學的各個方麵。闡明了人體的生理、病理現象，疾病的性質，診斷和治療應遵循的一般規律。如病理方麵的髒腑相克學說：心病能夠傳肺（火克金），肺病能夠傳肝（金克木），肝病能夠傳脾（木克土），脾病能夠傳腎（土克水），腎病能夠傳心（水克火）。
2.五運六氣說：以陰陽五行學說為核心，以天人相應的整體觀念為基礎，探討了天時氣象變化對人體生理病理所產生的影響，要求人們協調陰陽、飲食有節、起居有常、恬淡虛無、精神內守，以趨利避害、防病養生。
3.髒腑學說：研究人體各個髒腑、組織器官的生理功能、病理變化，以及它與外界環境相互聯係的學說。是指導中醫臨床各種辯證論治的理論基礎。
4.經絡學說：研究人體經絡係統生理功能、病理變化及其與髒腑關係的學說。它闡明人體生理、病理現象，在診斷、治療等方麵具有重要的指導作用。
5.論病學說：闡明疾病發生、發展機理的學說，即中醫病理學。具體包括邪正理論、病因、病機、疾病傳變、病症五個方麵。提出了“正氣存內，邪不可幹”的邪正理論；總結出六淫、七情、飲食、勞傷四大病因；提出了“病機十九條”指導臨床實踐；從陰陽、內外、寒熱、虛實四組關係歸納了疾病的傳變；側重對二百多種病症進行了全麵、具體的論述，為中醫臨床各科的發展奠定了基礎。
6.診斷與辨證：是診斷疾病的基本方法，即以“四診”（望、聞、問、切）為基本的診察方法，以“八綱”（陰、陽、表、裏、虛、實、寒、熱）作為辨證的綱領，結合“髒腑辨證”、“病因辨證”、“氣血辨證”等作為判定疾病原因、部位和性質的主要方法，從而為治療提供依據。
7.治則與治法：提出了治未病、治病求本、標本論治、調整陰陽、扶正祛邪、補虛瀉實等一整套治療原則。治法包括內治外治、正治反治。在內治法中，常用的有“八法”（汗、吐、下、和、溫、清、消、補），以及祛濕、化痰、活血化瘀諸法；外治法則有針灸、按摩、導引、熏熨、外敷、蒸浴、放血等。
8.方藥學說：提出了“四氣五味”為代表的藥性理論和“君臣佐使”的組方原則，成為中醫藥學說的基本內容。
五、醫經和經方
王叔和與中醫脈學王叔和名熙、字叔和，山東高平（今微山縣西北）人，生卒年代是東漢建寧三年至魏正元二年（公元170—255年），曾作過魏太醫令。王叔和對中醫學的貢獻，首先是著述《脈經》，發明了脈學。在他以前，許多著名的醫學家都精通脈學，但其理論、經驗都是師徒秘密傳授的。論述脈經的醫書雖也有一些流傳出來，但隻是一鱗半爪，“遺文遠旨，代寡能用”，診斷時很難把握。王叔和早年行醫時，就非常重視切脈及對脈學的記錄、分析，總結出了許多經驗。以後作了太醫令，就更注重對脈學的研究。在“博經好方，精於脈理”的基礎上，總結秦漢魏以來的脈學成就，依據《難經》、《內徑》和張仲景的《傷寒雜病論》等醫學典籍中的脈學部分，整理、編輯、補充，著成《脈經》十卷，計九十八篇，十萬一千多字。
王叔和在書中把脈象定為浮、芤、洪、滑、數、促、弦、緊、沉、伏、草、實、微、嗇、細、軟、弱、緩、虛、散、遲、結、代、動等二十四種，概括了人體血液循環、生理、病理所具有的各種脈象，使醫家切脈時易於區分、辨別。並對某些危難症候經常出現的“怪脈”和“敗脈”也作了整理。王叔和繼承了前代的診脈方法，認為寸、關、尺三部脈與髒腑經絡的相應關係是：左寸心小腸右寸肺大腸左關肝膽右關脾胃左尺腎膀胱右尺腎三焦王叔和認為，自然季節的變化與人體脈象有不可分割的關係。還提出了不同的體質、婦女、小孩的脈象都各有不同的特點。在《脈經》中，王叔和並未將脈學的功效絕對化。他認為，區分和掌握各種脈象，是切脈的關鍵，而正確的診斷，又是治療的基礎。所以，他把切脈、診斷、治療有機地結合了起來，糾正了過去脈學神秘化的傾向，使脈學成為中醫診斷疾病內在變化的科學。
《脈經》在眾多的脈學著作中，巍然獨存於後世，大凡以後曆代脈學診之書都祖繩於此書。張仲景的《傷寒雜病論》是一部醫方名著，為後世尊為醫方之祖。但這一巨著到西晉不過數十年，就在戰亂中散失不全了。王叔和依據殘著加以編輯、整理、補充，使之得以保留下來，到宋代，經其他醫學家整理成《傷寒論》和《金匱要略》，對中醫學的發展產生了重大的影響。後世醫學家評價說張仲景的《傷寒雜病論》“得顯用於世，而不墮於地者，叔和之力也”，“不有叔和，焉有仲景”，可謂在理。皇甫謐與中醫針灸學皇甫謐，字士安，號玄晏先生，安定朝那（今甘肅平涼西北）人，生於東漢建安二十年，卒於西晉太康三年（公元215—282年）。他是一位大器晚成的醫學家。他的主要成就是係統地總結了西晉以前曆代針灸學的經驗，撰寫了我國醫學史上的第一部針灸專著《黃帝三部針灸甲乙經》。
皇甫謐是東漢太尉皇甫嵩的曾孫，但到他時，家道已落。皇甫謐父母早亡，過繼在叔父家。年屆二十歲的時候，還不喜歡讀書，終日在鄉間遊蕩，無所事事。有人以為他癡呆。一天，皇甫謐興衝衝地將他在野外采到的瓜果獻給他叔母。叔母難過地說：“你已經是二十來歲的人了，既不讀書上進，又不務正業，獻這些野果並不能寬慰叔母。唉！你這樣魯鈍，難道是我教育不善嗎你可要知道，要你修身篤學，將來是你自己得益，對於我有什麼好處呢”說著就掉下淚來。皇甫謐頓然醒悟。從此發奮讀書。他博學古代典籍和諸子百家的著作，有時到農田去幹活時都帶上書，終於學有所成。官府數次征召他做官，都被他借故推辭了。皇甫謐四十二歲這年，忽然得了“風痹病”，半身不遂，耳也聾了。經過百天左右的治療，才有所好轉。自此，皇甫謐便開始鑽研醫學，並特別注重結合自己的病情，進行針灸學的研究，終於大器晚成，成為一代中醫針灸學大師。
皇甫謐根據《素問》、《靈樞》（即《針經》）和《明堂孔穴針灸治要》，結合自己的經驗纂集成《黃帝三部針灸甲乙經》。全書計十二卷，凡古代生理、病理、診斷、治療等學，都包含在內。書中對人體所有的穴位，按頭、麵、四肢、胸、背等解剖部位，作了較科學的分類和介紹，補充了前人醫書中沒有記載或沒有名稱的穴位，對每個穴位的治療作用、禁忌症、施針方法等都作了詳細的介紹。皇甫謐根據病理說明不同的疾病應使用不同的針器，九種熱病不宜采用針刺療法；還指出，四時氣候有不同的變化，針刺的深淺也應有區別。他對穴位的排列采取分部以線、補瀉迎隨的手法，發揮了古代針灸術。《黃帝三部針灸甲乙經》第一次比較全麵和係統地總結了古代針灸學理論和經驗，對我國針灸學的發展起了重要的承前啟後的作用。唐宋時期的中央醫學機構，都以此經作為針灸學的教材。此後曆代針灸名著大都以此書為藍本，《黃帝三部針灸甲乙經》可說是中醫針灸學之祖。
六、山林醫家與門閥醫家
山林醫家魏晉南北朝，由於割據戰爭，世事混亂，許多人便歸隱山林，道佛學說盛行一時，玄禪學說深入中醫理論，產生了中醫史的特殊醫派——山林醫家，主要又分為道、釋兩支。
（1）道門醫家葛洪和陶弘景道門醫家以葛洪、陶弘景為代表，兩人深受道家天師道派的影響。葛洪重燒煉，也信符篆；陶弘景研究符篆和丹鼎。六朝是中醫學的興盛時期，葛洪與陶弘景實為這一時代的中堅。葛洪，晉代丹陽句容（今洪蘇句容吳陶）人，具體生卒年代不詳（約在公元280—346年）。他學問淵博，在江南一代極為有名。因他既以儒學知名，又崇尚道術，尤其愛好古代神仙導引之術，所以能精通醫術以養生濟世。他對醫學上的貢獻，一是對傳染病的認識，二是他以煉丹開中醫製藥化學的先聲。葛洪的著述很多，醫學方麵主要以《〈金匱〉藥方》、《玉函煎方》和《肘後備急方》三部最為著名。