但隨著李登輝權位的日益穩固，以及他對國際形勢、大陸形勢和兩岸關係形勢的誤判，在台海問題上，李登輝逐漸背離了他的初衷，先後提出“一國兩府”、“兩個對等的政治實體”、“階段性‘兩個中國’”、“七塊論”、“兩國論”、“特殊的國與國關係論”，直接導致兩岸關係的倒退，引發包括兩岸在內的國際社會的廣泛不安。
1991年8月，李登輝在《中國時報》舉辦的“中華民國與國際新秩序”研討會上致詞時提出：“兩岸統一需要一個漫長的過程，從德國統一的過程看，雙方首先經由交流互動，在人民之間建立了某種程度的共識，並且在國際上形成了對等的政治實體。……對等的政治實體架構必須先確立” 。
1993年11月21日，李登輝授意“經濟部長”江丙坤在亞太經合組織西雅圖會議期間，就一個中國問題發表談話：“中國隻有一個，地理文化上台灣是屬於中國。在統一的條件未成熟前，我們將以務實的態度，采取以一個中國為指向的階段性兩個中國政策，台灣與中華人民共和國是兩個主權互不隸屬的國家”。
1994年李登輝與日本作家司馬遼太郎交談時，毫不隱晦地表示要建立“台灣人的國家”。
1995年5月6日，李登輝會見日本記者時說：“我們願意與中共進行政府對政府的對話……我們願意談判，但是不能由兩個政黨進行談判，因為國家的統一不僅僅涉及兩個組織，一個國家、兩個政府，這是現實。”
1995年6月9日，由於美國向李登輝發放了入境簽證，李登輝在母校康奈爾大學的“歐林講座”發表題為《民之所欲，長在我心》的講演，一字不提一個中國，卻多次使用“中華民國在台灣”和“在台灣的中華民國”的說法。
1997年2月22日，在李登輝授意下，台灣當局發布《透視“一個中國”問題》，提出與其說“一個中國”，不如說“一個分治的中國”（one divided China）。
1999年5月20日，李登輝推出《台灣的主張》一書，他用煽動的語氣寫道：“最理想的狀況，是大陸擺脫大中華主義的束縛，讓文化與發展程度各不相同的地區享有充分的自主權，如台灣、西藏、新疆、蒙古、東北等，大約分成七個區域。”這就是所謂“七塊論”。
1999年7月9日，李登輝接受“德國之聲”電台專訪時表示：“1991年修憲以來，已將兩岸關係定位在國家與國家，至少是特殊的國與國的關係……北京政府將台灣視為‘叛離的一省’，這完全昧於曆史與法律上的事實。”
三、陳水扁時代
2000年3月18日，台灣地區舉行領導人選舉。民進黨的陳水扁、呂秀蓮以39.3％的得票率險勝，國民黨在台灣50多年的統治宣告結束。陳水扁上台後，頑固堅持“台獨”立場，一步步從“九二共識”、“一個中國”原則上後退，終於露出“台獨”麵目。
2000年5月20日，陳水扁在就職儀式中提出“不會宣布獨立，不會更改國號，不會推動‘兩國論’入憲，不會推動改變現狀的統獨公投，也沒有廢除國統綱領和國統會的問題”（四不一沒有），同時托人帶話給美國，表示自己不會做“麻煩製造者”。但是2000年6月，陳水扁就說“九二共識”是沒有共識的“共識”；7月，再將“九二共識”歪曲為“九二精神”。
2002年1月10日，陳水扁與美智庫會談時稱，“在台灣的中華民國是一個主權獨立的國家，不是任何國家的一部分……中華民國存在是一個事實”。
2002年8月3日，陳水扁向台獨組織“世台會”發表電視講話時稱，“台灣主權獨立”絕對不能被剝奪和限製。“台灣是我們的國家，我們的國家不能被欺負、矮化、被邊緣化及地方化，台灣不是別人的一部分；不是別人的地方政府、別人的一個省，台灣也不能成為第二個香港、澳門，因為台灣是一個主權獨立的國家，簡言之，台灣跟對岸中國一邊一國，要分清楚。”這就是陳水扁拋出的“一邊一國論”。
在此次電視講話中，陳水扁還第一次明確提出“公投論”，叫囂“公民投票改變台灣現狀”。“中國一直不放棄對台灣使用武力，在國際上打壓台灣，這對台灣人民的感情有很大傷害，中國說的所謂‘一個中國原則’或‘一國兩製’就是對台灣現狀的改變，我們不可能接受，因為台灣的未來，台灣的現狀是否要改變，不是任何一個國家、任何一個政府、任何一個政黨、任何個人可以替我們決定，隻有二千三百萬偉大的台灣人民，才有權利對台灣的前途、台灣的命運和現狀來做決定。而有需要的時候要如何決定？就是我們長期追求的理想和目標；也是大家共同的理念——公民投票，公民投票是基本人權，也是二千三百萬人民的基本人權，不能被剝奪和限製的，個人要誠懇地呼籲和鼓舞大家，要認真思考公民投票立法的重要性和迫切性。”