抗戰以前，美國所辦教會大學獲得了進一步的發展。在20年代，學生人數繼續擴大，1920年至1925年五年間教會大學人數翻了一番；到1925年，教會大學的學生數接近3500名。20年代以前，美國所辦教會學校大多照搬美國模式，如洛克菲勒財團所辦的協和醫學院被稱為“一個美國的移植”。進入20年代，由於中國國內的壓力，教會學校不得不做出反應，在適應中國民族文化傳統和國情方麵進行了調整。教會學校適應中國國情的中國化與世俗化方向的轉變，是與“非基督教運動”和“收回教育權運動”緊密聯係的。
20年代初，教會學校傳教辦學宗旨和美國式教育移植受到了來自中國方麵的批判和衝擊。
由於五四運動的影響，國內反對教會教育的運動從1924年起發展為轟動一時的收回教育權運動。這一運動是由1923年3月美國人組織的“世界基督教學生同盟”要在清華學校召開第十一次大會的事件引起的。它直接導致了各地的“非基督教同盟運動”，運動得到了有關政黨和進步人士的聲援和支持，並逐步發展為收回教育權運動。1925年的五卅運動喚醒了中國人民的愛國熱情，加速了收回教育權的進展。上海聖約翰大學學生全體退學，以抗議美籍校長毀辱中國國旗的行徑，並另組光華大學，同年11月，北京臨時政府教育部公布法令，規定凡外國人捐資設立各級學校，得依照教育部規定，向教育行政官廳請求認可；並對其校長身份、董事會組成、辦學宗旨、課程設置等作廠一些規定。收回教育權運動隨著北伐戰爭的勝利進軍而日益高漲，1927年1月美國所辦的嶺南大學率先由中國人收回辦理，一些教會學校相繼收回自辦，或者改組校董會，選任中國人當校長。在這種背景下，教會學校隻好紛紛讓步，逐漸注重中文，並許諾“將學校逐漸交還中國人管理”。1927年國民黨政府成立後，教會學校開始逐漸向政府注冊，然而，這是一個艱難而漫長的過程。因為南京政府教育機關和．注冊條件常處於變動之中，同時美國一些教會仍不願接受這些規定。收回教育權運動在南京政府成立後受到壓製，迅速衰退下去，因而教會學校教育權的收回是不徹底的。但是，即便如此，從名義上講，學校不能再把宗教宣傳當作辦學的目的之一，教育成了學校的主要目的。盧茲認為，在中國教會學校的曆史上，20世紀20年代結束了一個時代，教會學校不再是外國人管理的宣傳外國教義的學校了。30年代初期，教會學校不得不重新確定目標，即如何適應中國國情，從以往的重文科傾向轉變到注重專業教育和職業教育，重視社會服務和為農村發展作貢獻等。燕京大學在同社會結合方麵被認為是最成功的，在校長司徒雷登“國際化”
原則的倡導下，課程內容注重中西文化的融合，重視研究中國現實問題，在教育管理和教學上實行各國聯合等。用司徒雷登自己的話說“我要使燕京大學在氣氛和影響上徹底地基督化，而同時又要甚至不使人們看出它是傳教運動的一部分”。由此可見，教會學校的辦學宗旨並沒有本質的變化。
教育權是一個國家主權的重要組成部分。任何一個主權國家都不允許外國人在境內辦理與本國教育宗旨相背的學校，這是世界通例。美國在中國所辦的教會學校意圖是明顯的，主要是服從政治上的目的，而不是如他們自己所鼓吹的“是使中華民族強大的源泉之一”。收回教育主權運動反映丁中國在中美高等教育交流乃至文化教育交流中自覺意識的增強，對美方的目的及交流中的風險有所意識。