種子的結構通常可以分為三層，最外麵的一層是對種子起保護作用的種皮；中間兩層是儲藏能量物質的胚乳，最裏麵一層則是可以發芽長大的胚。不過，有些植物成熟的種子隻有種皮和胚兩部分。
種皮
種皮是指包裹在種子周圍的皮，由珠被發育而來，不僅具有保護胚與胚乳的功能，而且在種子萌發時可以起到吸收水分的作用。裸子植物的種皮由三層組成，外層和內層為肉質層，中層為石質層。
薄厚各不同
有些種子的種皮厚而堅硬，如鬆子、棉花子和西瓜子等。有些種子的種皮卻十分薄，如花生仁外麵的紅色種皮、葵花子種仁外的白色薄膜，它們的保護作用並不大。
胚乳
胚乳是單倍體的雌配子體，一般比較發達，多儲藏澱粉、蛋白質以及脂肪，它的主要功能是為胚提供營養。胚乳通常為淡黃色，少數為白色，銀杏成熟的種子中胚乳呈綠色。
種皮與果皮重合
禾穀類作物種子的種皮常和果皮重合在一起，共同發揮著保護胚和胚乳的作用。種子成熟時，雖然構成種皮的細胞一般都已經死亡，但是仍然含有不同的色素，所以種子會呈現出不同的顏色。