崇禎十二年（1639）二月，清親王多爾袞率軍飽掠後，從山東北返至天津衛，渡運河東歸。三月初九，清軍從青山口出關，退回遼東。是役，清軍入關達半年，深入二千裏，攻占一府、三州、五十五縣，二關；殺明總督二、守備以上將吏百餘人；俘獲人口二十六萬餘、黃金兩千餘兩、白銀四十七萬餘兩。中原人民所遭受的苦難和財產損失無可計量。
如果孫大爺不回北京，損失將更大。
曆史上，清軍俘獲人口四十六萬餘、黃金四千餘兩、白銀九十七萬餘兩。
京畿殘破。清軍退去後，朝廷沒有馬上組織重建，而是搞起了批鬥會。各方角色紛紛登場，互相攻擊，互相批鬥，搞得不亦樂乎。
其中以孫承宗被批鬥的最厲害。
反倒是屢次犯錯的楊嗣昌，因為被免職在家，沒有成為主攻目標。
頂不住壓力的孫大爺提出辭職，這招以退為進，自古以來都是保命良方。朱由檢親自召見孫大爺，表達了善意的安慰。
大意是說：“孫老師，你繼續背黑鍋，不要退縮，一定要堅持住。放心，有我在後麵挺你。”
孫大爺表示感動，在一片罵聲中，開始為挽救大明王朝努力。
孫大爺最先恢複了邊境的防禦，並加固了牆子嶺、青山口防線。然後遣散來自各地的援軍，各歸所部，特別是四川、湖廣、浙江的援軍。現在大明王朝有三個敵人，遼東的韃子、陝西的農民軍、福建的哈大全。
如果隻有一個敵人，大明都擺平。可是一次冒出來二個敵人，大明朝就死定了。
為此孫大爺提出一個建設性意見。“拉住哈大全，防住滿清，剿滅農民軍。”
朱由檢聽後深有感悟，馬上就同意了孫大爺的建議。並封了孫大爺有史以來最大的官：十省督師。
把大明半壁江山交給了孫大爺。
除了朱由檢，就數孫大爺的官最大。
孫大爺上台後召集了三個人，其中有二個猛人，一個名嘴。
這兩個猛人是洪承疇和祖大壽。祖大壽主管遼東，洪承疇主管陝西。
至於名嘴熊文燦，是專門用來穩住哈大全的。熊文燦真的很能講，曾經說動哈大全的部將紀大海，迫使哈大全痛下殺手。
雖然熊文燦被哈大全關著，孫大爺相信，隻有朝廷的任命到馬尾，哈大全一定會放人。
果然，任命熊文燦為浙江巡撫的任命一到，哈大全就把熊文燦放了。同時走的還有錢謙益，他被掉回北京，給孫大爺打下手。
熊文燦帶著家眷，學生逃到浙江。命暫時保住了，這時他收到一封孫大爺的信。上麵寫了兩個字：“求賊。”
熊文燦仰天歎息道：“我熊文燦一生的清名，就這樣毀了。”
熊文燦在浙江就呆了半個月，又屁顛屁顛的跑回馬尾。他臉上少了大義凜然，多了幾分的謙卑，多了十二分的獻媚。
轉變之快，讓江南學子大罵熊文燦是：“閩孫。”就是哈大全的孫子。
熊文燦聽到此話，慘笑說：“各人榮辱與國家大義相比微不足道。希望我今天所做的，百年之後會被世人理解。”