中心具有不同於其他創業中心的特色。一是機製靈活，采用“政府主導、社會參與、市場化運作、企業化管理”的運作模式，自主經營，自負贏虧。進行必要的成本核算和交納相應的稅收。二是模式新穎，建立了多種運行模式：中心一部為自主開發建設，盤活了閑置5年的國有資產；中心二部是與國有企業南京萬裏集團聯合創辦，解決了國企300個下崗職工的生活補助費；中心三部為吸引民營資本，與實力強勁的江蘇華博實業集團有限公司合作創辦，強化了中心的孵化功能；中心四部為推動地方產業結構調整和走專業孵化器道路，吸取前三個分部的建設經驗，自主建立了軟件專業孵化器，實現了科技孵化器由綜合型向專業化方向發展。三是服務理念創新，用人性化的服務、保姆式的攙扶，為企業提供政策、管理、法律、工商、稅務、環保、消防、財務、融資、人事、市場推廣和培訓等“一站式”服務，同時還定期組織專家為企業提供企業謀劃、發展思路、市場營銷、創業谘詢等一係列深層次的服務，並積聚了風險投資、產業投資、人事代理、管理谘詢等一批社會化科技中介機構，為企業的發展注入了“倍增劑”。四是專業特色明顯，中心集聚了50%的電子信息（軟件）技術開發、生產與銷售的企業，已逐步培育成為我區新型的支柱產業。五是考核體係健全，自2002年起科技局成為區政府中唯一列入經濟考核的機關部門，中心的發展進入區政府發展國民經濟的考核體係，如每年培養科技創新創業人才、孵化成功的企業和項目、培育新的經濟增長點、申請專利、申報高新技術企業等指標作為奮鬥目標任務加以考核，中心為本區經濟發展做出了直接的貢獻，也在區級科技管理工作中獨樹一幟，樹立了自己的形象，爭得了自己的地位。
5.科學規範管理，保證中心高質量運行。
中心作為地方創新科技與經濟發展體係的一個重要組織部分，在發展過程中不斷推進管理科學化、規範化，促進區域高新技術產業健康、快速發展。中心創辦四年來，先後製定下發了《關於印發雨花台區科技創業中心內部機構設置及工作職能的通知》、《雨花台區科技創業中心管理人員崗位責任製度》、《雨花台區科技創業中心入孵企業管理辦法》、《雨花台區科技創業中心財務規章製度》、《關於雨花台區科技創業貸款擔保基金管理的實施意見》等政策性文件，使中心始終保持高質量運行。中心下設科技招商部、綜合服務部、物業管理部。科技招商部負責引進企業、項目、智力、資金，接受創業人員對創業企業、政策等方麵的谘詢；綜合服務部負責為入孵企業做好工商注冊、稅務辦理、科技項目申報、勞動用工、人才培訓、人事代理等全方位的服務工作；物業管理部負責對入孵企業的保安、消防、供電、供水、通訊等的管理和服務。此外，中心還聘請了常年財務顧問和法律顧問，為入孵企業提供財務、資本運作和法律服務，中心管理團隊的服務水平不斷提高。
中心自行研究開發了管理軟件，建立了數據庫，定期進行統計彙總，並根據相關數據認真做好分析研究。自2002年開始，每年都嚴格按照國家科技部、省科技廳、市科技局的要求，全麵、準確地做好中心各項相關統計數據的上報工作。
三、雨花台區科技創業中心“十一五”發展目標及規劃
“十一五”是雨花台區加快“富民強區”、實現“兩個率先”、構建“和諧雨花”的關鍵時期，未來五年雨花台區科技創新創業的發展對提高本地區的自主創新能力，建設生態型現代化工業新城區，提高全區人民的科學素養，都具有重要的現實意義。雨花台區科技創業中心在各級領導的指導、關心和支持下，將以發展的目光、創新的姿態、務實的作風，進一步解放思想，堅持科技創新和技術進步，充分調動和釋放科技人才的潛能，不斷發揮自身優勢，瞄準國際、國內人才項目資源，建立一體化的創新服務體係，使服務水平更上一層樓。“十一五”期間中心的發展目標和規劃主要有：
1.搭建新的創業平台，做大做強創業中心，建成“國家級”創業中心
到“十一五”期末，孵化場地麵積達到10萬平方米，入孵企業增至300家，入孵企業的注冊資金5億元，總投資規模20億元，實現稅收1億元。
2.建成以軟件基地為中心的國家級信息（軟件）專業孵化園區
在寧南鐵心橋地區以及開發區，建立以航母軟件企業及其分公司為龍頭，中小企業與其配套、活躍並存的基礎設施先進、服務水平上乘、創新環境一流的國家級信息（軟件）產業基地。2010年，信息產業的銷售收入達到600億元，占全區GDP的35%，其中軟件及係統集成銷售收入250億元以上，軟件產品出口2.5億美元，軟件從業人員4萬人，軟件企業數150家以上，其中投資超億元企業15家以上，經認定的軟件產品500個。