對作物養分管理還包括大部分與土壤管理有關的活動，如保持性耕作、土壤理化性狀調節、土壤生物管理等。這些管理，雖然不能直接地供給作物有效養分，但能明顯地降低土壤侵蝕，改善土壤結構與作物生理性狀，從而促進作物對養分有效吸收和利用。特別是土壤生物管理，其對於作物攝取養分管理開始注意有機肥同無機肥的配合使用，意識到單純地使用有機肥或無機肥都不能保持農業持續發展。持續農業並不排斥化肥使用，重要的是如何合理、有效地應用化肥，通過改良作物性狀，使作物充分、有效地吸收其養分。
三、提高肥料利用率和利用效率
化肥的施用是農作物增產的主要技術措施。以美國為代表的發達國家都曾經曆過一個由提高化肥利用率多施化肥到提高化肥利用率少施化肥的轉變過程。目前提高化肥利用率主要有以下幾種途徑：①改進化肥製造、加工工藝，向濃縮化、複合化、液體化和緩效控釋方向發展，開發新型化肥品種，淘汰相形見絀的舊品種。②改進施肥技術、方法和機具，大力推廣測土配方施肥技術和方法。③利用生物技術開發新型有機肥料、微生物肥料，使有機肥料生產工業化、產品係列化、投入商品化和廢物資源化等。
微生物肥料是一種以微生物生命活動作為特定肥料效應的生物製品，微生物肥料通常分為兩類：①狹義的微生物肥料，它是通過其中所含微生物的生命活動，增加植物元素營養的供應量，導致作物營養狀況的改善，進而提高產量。代表品種是根瘤菌肥。②廣義的微生物肥料，它的作用不僅限於提高植物的營養元素供應水平，還包括它們產生的植物激素對植物的刺激作用，促進植物對營養元素的吸收，或拒抗某些病原微生物的致病作用，減輕作物病蟲害導致產量增加等。
微生物肥料通常能夠發揮下列功效：①增加土壤肥力。②增加作物營養吸收能力。③增強作物抗逆能力，促進作物生長。
有害生物綜合治理（IPM）
有害生物綜合治理的研究是整個作物係統中在以生物群落為調節單元的基礎上，通過構建、協調各種保護措施，以此改善和增強有益生物的因子，製約有害的生物因子，恢複人工生態係統的良性循環，促使益、害生物種群達到某種生態平衡，從而可長期有效地抑製有害生物的暴發。其中，生物防治、抗生品種、作物布局、水肥管理及其他生態措施（伴生植物、環境改良）的手段與方法有利於緩解自然資源持續與外部能源投入之間的矛盾。因此，IPM的發展不僅僅是強調技術的組合與協調，而是要以維護資源的可持續性與再生性為前提，從以往強調“局部”技術的協調性轉移到強調“全局”資源的維護、持續與再生的相關技術綜合利用上來。因而，持續農業發展中的植物保護工作在以資源為主題的思想下，必須重申堅持“預防為主、綜合防治”的工作方針，重視和加強“以防為主”的病蟲草害的綜合治理技術的研究，在保障農業穩產高產的基礎上，達到減少農業能源投入、健康生產與資源持續的目的。
一、有害生物綜合治理的概念
在20世紀40年代末期，昆蟲學家就提出了常年監測害蟲種群、重視天敵作用、應用生態學原理進行化學防治和生物防治的綜合防治概念。其後，“綜合防治”的概念擴大到對所有害蟲的控製方法。1966年，FAO專家組提出了“有害生物綜合防治”的概念，對害蟲綜合防治下了一個定義：“害蟲綜合治理是一套害蟲治理係統，這個係統考慮到害蟲中的種群動態及其有關環境，利用所有適當的方法與技術以盡可能互相配合的方式，把害蟲種群控製在低於經濟危害的水平。”
在這個定義中，可以看到：這裏隻要求降低害蟲種群的數量，使其不造成危害，而不要求徹底消滅害蟲。害蟲的防治要根據害蟲種群的變動及其有關環境來開展的，這一點是在以前的害蟲防治中較少提到的。美國環境質量委員會1972年提出了“有害生物綜合治理”的概念與內容。1978年，RFsmith對害蟲綜合治理下了一個較詳盡的定義：“害蟲綜合治理乃是一個多學科、偏重於生態學的對害蟲種群的管理方法。它利用各種防治方法配合成為一個協調的害蟲管理係統，在它的實施中，害蟲治理乃是多戰術的戰略，但是在這些戰術中，要充分利用自然防治因素，而隻是在必需時，才用人工的方法防治害蟲”。
這一定義強調在任何情況下，防治策略都要使其所有的防治手段與環境中的自然調節因素或限製因素配合起來。