光武帝建武二年（丙戌，公元二六年）正月初一，發生日食。
劉恭知道赤眉必定失敗，就暗中教弟弟劉盆子歸還璽綬，練熟那些推辭謙讓的話。等到正旦大會，劉恭先開口說：“各位共同擁立我的弟弟為帝，功德實在深厚！隻是擁立了近一年時間，混亂日甚一日，確實不足以成事，擔心死去而無所裨益，希望退下來，成為庶人，再尋求賢才，請各位明察！”樊崇等謝罪說：“這都是我們的過失。”劉恭再次堅持請求退位。有人說：“這難道是式侯你的事嗎？”劉恭害怕，起身離去。
劉盆子終於行動了，他離開寶座，解下玉璽綬帶，叩頭說：“現在雖然立了皇帝，可是大家還像過去一樣做強盜，四方怨恨，不再信服向往我們，這全是因為立錯了皇帝的緣故。懇請各位將軍讓我退下，為聖賢讓路！如果一定要殺我來抵塞罪責，我也沒有理由可以逃離一死！”說完，痛哭流涕。樊崇等參加朝會的幾百人，聽到劉盆子的話，沒有不哀憐的，於是全都離開座位叩頭說：“臣等實在不像話，對不起陛下。從今往後，不敢再有放縱的行為！”大家一起把劉盆子抱上寶座，給他掛上玉璽綬帶。劉盆子大聲叫喊，但身不由己。
朝會完畢，將領們出宮，各自緊閉營門自守。三輔地區的人一致稱頌皇帝聖明，老百姓爭著返回長安，街市裏人群擁擠。可是，過了二十多天，官兵們又跑出營門，照舊大肆搶劫。
刁子都被他的部曲殺害，餘黨和其他義軍在檀鄉彙集，被稱為檀鄉賊，攻掠魏郡、清河。魏郡大吏李熊的弟弟李陸陰謀叛變，迎接檀鄉賊進城。有人把李陸的陰謀報告魏郡太守潁川人銚期。銚期召見並質問李熊，李熊磕頭承認，表示願意和老母親一起赴死。銚期說：“做官如果不像做賊那樣快樂，可以和老母親一塊兒去投奔李陸！”銚期派官吏把李熊母子送出城。李熊出城，找到李陸，帶他到鄴城（郡的治所）的西門，李陸不勝慚愧，自殺身亡，以向銚期謝罪。銚期歎息，按照禮節安葬李陸，並恢複李熊原來的官職，魏郡上下為此都敬服銚期。光武帝派吳漢率領王梁等九位將軍，在鄴城東麵的漳水河畔攻擊檀鄉賊，大敗對方，十多萬人全部歸降。光武帝又派王梁和大將軍杜茂率領軍隊安撫魏郡、清河、東郡，掃平各個自保的營寨堡壘，使這三郡平安清靜，各郡交界的道路暢通無阻。
光武帝把所有的功臣都封侯。梁侯鄧禹、廣平侯吳漢都享有四個縣的封地。博士丁恭發表意見說：“古時侯，分封諸侯不過方圓百裏。強幹弱枝，以此來把國家治理好。現在封四個縣，不合禮法和製度。”光武帝說：“古時候的亡國全是因為無道，從來役有聽說過因功臣封地多而亡國的。”陰鄉侯陰識，是貴人陰麗華的哥哥，因為戰功應當增加封地，他磕頭辭謝說：“天下剛剛安定，有戰功的將帥很多，臣作為後宮的親屬，仍然要增加封地，就無法麵對天下。這是因為皇親國戚受到封賞，全國百姓都評價他的功績。”光武帝聽從了。
光武帝讓將領們各自說出所希望得到的地方，大家全都羅列富庶的縣，隻有河南太守穎川人丁綝請求得到自己的故鄉，有人問他原因，他回答：“我的能力小，功勞又少，能夠封鄉亭侯就很不錯了！”光武帝依從他的意願，封他為新安鄉侯。
劉秀命郎中魏郡人馮勤主持分封諸侯事宜。馮勤估計每個人功勞的大小，分封國土的遠近，土地的肥沃貧瘠，使誰也不超越誰（不相逾越），沒有不滿足不服氣的。劉秀認為馮勤有才幹，將尚書事務都交給他總負責。以前的做法是，尚書郎的位置由尚書令史按年資依次遞補，此時開始用孝廉擔任尚書郎。
光武帝在洛陽建立高廟。每年四季，聯合祭祀高祖、文帝和武帝。在宗廟的右邊建立祭祀土地神和穀神的社稷壇，在城南建立祭祀天地眾神的神壇。
長安城中糧食耗盡，赤眉軍將搶劫來的金銀財寶裝上車，大舉縱火焚燒宮室和街巷，恣意燒殺擄掠，長安城中再也看不見行人。赤眉軍向西轉移，號稱百萬大軍。從南山起，搶掠所經過的城邑，隨後進入安定、北地。鄧禹率領軍隊向南到達長安，駐屯昆明池，拜祭高廟，收集前漢十一個皇帝的神位，送往洛陽。同時巡行陵園，安排官兵侍奉守護。