西晉永興元年(公元304年)至北魏統一期間，南至淮河，北至陰山，西至蔥嶺，東至黃海，相繼建立了16個割據政權，西晉永興年建立的成(氐)、漢(匈奴，後改稱前趙)，西晉亡後建立的後趙(羯)、前涼(漢)、前燕(鮮卑)、前秦(氐)、後秦(羌)、後燕(鮮卑)、西秦(鮮卑)、後涼(氐)、北涼(匈奴)、南涼(鮮卑)、南燕(鮮卑)、西涼(漢)、夏(匈奴)、北燕(漢)，史稱十六國時期。入主中原的5個主要部族即匈奴、羯、鮮卑、氐、羌，史稱五胡，總稱五胡十六國。
西晉時，羌族及雜胡居涇水及渭水下遊以北，氐族居渭水中遊兩岸及下遊南岸。匈奴族則居汾水中下遊，羯族居蜀漳河上遊。西晉的民族歧視及殘酷的壓迫和剝削引起反抗，公元294年匈奴郝散反，公元296年郝度元聯合羌、胡反，秦、雍二州氐、羌響應，推氐帥齊萬年為帝。起義聲勢浩大，曆時4年才被鎮壓。漢民大量流亡梁、益、荊、豫等州求活。晉惠帝末年，關隴連年戰亂，歲儉人饑，大批流徙入蜀，受當地官民壓迫，胡漢居民推氐人李特為首，起義反抗。李特子李雄率領流民攻占成都，稱王，國號大成。同年，劉淵也在左國城稱帝，國號漢，後攻陷洛陽、長安。劉聰死後爆發內亂，劉曜在長安自立，改國號為趙(史稱前趙)，而劉淵部將羯人石勒亦據中原東部自稱趙王(史稱後趙)。公元329年石勒滅前趙，北方基本統一，並且維持了31年。漢人冉閔滅石氏，建國冉魏。氐族酋長苻生崛起於關中，公元352年苻健稱帝，國號秦。鮮卑族慕容氏也乘亂自遼東進兵南下，自稱燕帝。北方形成(前)燕、(前)秦兩雄東西對峙的局麵。公元370年苻堅滅前燕，又滅河西漢人張氏的前涼，北方恢複統一。公元383年苻堅揮兵進攻東晉，淝水一戰秦軍大敗，北方又陷入四分五裂狀態。陸續出現的胡族國家有漢慕容氏所建的西燕、後燕、南燕；漢族馮氏所建的北燕；羌族姚氏據長安建立後秦；匈奴人赫連氏在陝北河套建夏國；涼州河西走廊一帶有氐族呂氏的後涼，鮮卑禿發氏的南涼，鮮卑乞伏氏的西秦，匈奴係盧水湖沮渠氏的北涼，漢人李嵩所建的西涼等。代北的鮮卑族拓跋氏於公元386年建立北魏。北魏先征服北燕，進入中原，繼又消滅北涼，結束五胡十六國的長期分裂，北方再次統一，進入北朝時期。
十六國時期雖處於分裂時期，但它開創了少數民族入主中原的先例，漢族門閥庶族統治的獨占被突破了。以少數民族與漢族寒門庶族聯合的統治，其中多數受過儒學熏陶，重用寒門庶族，恢複和發展農業生產，北方獲得短時間的安定。
9.南方門閥政治
公元316年，西晉滅亡。公元317年，琅琊王司馬睿在南渡過江的中原士族與江南士族的擁護下，在建康稱帝，國號仍為晉，司馬睿就是晉元帝，因其繼西晉之後偏安於江南，故史家稱之為東晉。東晉政權於公元420年滅亡，享國103年，曆4代11帝。
東晉的官員采用九品中正製來選舉，這是沿襲東漢鄉裏評議的傳統，在戰亂時期人士流移的條件下發展而來的。東漢時孝廉察舉是地方士人進入仕途的一條重要途徑，其依據是鄉裏評議。漢代已以九品之法來區分人物優劣。鄉裏評議掌握在清議名士手中，他們甚至幹預政府用人，互相交結。這些名士又往往是地方大族或受大族支配的人，他們交結在一起，任意臧否政治人物。東晉是門閥政治發展的鼎盛時期，皇權衰落。司馬睿稱帝有賴於南方官僚士族的擁戴，東晉政權建立之初，先後平息了王敦和蘇峻之亂，統治趨於穩定。門閥大族王、謝、庾、桓先後支配著王朝政局。
東晉雖然偏安於江南，但以王、謝、桓、庾四大家族為主的北伐，在東晉時曾進行過多次。公元313年，大將祖逖收複河北，後因受到朝廷的排斥，最終未能完成統一大業。桓溫的三次北伐很著名，但都未能鞏固北伐成果。公元383年，前秦南下，在宰相謝安的運籌下，謝石、謝玄率北府兵取得了淝水之戰的決定性勝利。之後收複了徐、兗、青、司、豫、梁六州，取得了東晉北伐曆史上的第一次重大勝利。北府兵將領劉裕起兵鎮壓農民軍，通過北伐樹立威望，最終取代東晉。
漢末魏初所抑製的是漸趨沒落的世家大族，為曹氏政權所不容。而新出門戶靠的便是九品中正製，其勢力飛速發展，重新成為統一中央政權的威脅。到東晉，皇權式微，門閥政治興盛起來。豪門大族十分重視威望，家學世代相襲，在地方上注重破私財，賑恤貧民，調解民間糾紛，領導農業生產，協助其他宗族與鄉黨得以獨立生存。由於東晉統治者偏安於江南，門閥大族致力於南方的莊園經營。