《蘇報》案發前，愛國學社社員曾有風聞。早先，清政府派江蘇候補道俞明震“檢查革命黨事”，俞明震思想開通，對倡言革命的知識分子不無同情。他一到上海，馬上去拜訪陳範，陳推說出門，不見。俞明震通過兒子俞大純約見了愛國學社教員、《蘇報》的重要撰稿人吳稚暉，透露了捕人的信號，吳稚暉出逃，《蘇報》主持人陳範去了日本，蔡元培也避往青島。當時章太炎如果想逃，機會也是有的，但他不逃，租界巡捕來時，他迎了上去，指著自己的鼻子說：“我是章太炎，要抓就抓我，別人都不在。”，隨即被捕入獄。
然而作為《蘇報》主筆的章士釗卻不在被捕名單之列，因此他也就沒有被拘捕。後來據章士釗自己在《蘇報案始末記敘》中解釋，他當時一個人掌理《蘇報》筆政，竟然逍遙法外，主要原因是俞明震的有意保護。他原來是南京陸師的學生，深受俞明震的賞識。雖然在1903年的學潮中，他帶30多名同學集體退學，進入上海愛國學社，還曾多次在報上抨擊俞明震，但俞明震讀了隻是置之一笑。拘捕名單上沒有章士釗的名字，顯然是俞明震有意安排的。
隨後不久，帝國主義悍然由租界會審公廨判決章太炎監禁三年，鄒容監禁兩年。陳仲彝、錢寶仁、程吉甫三人，因無關緊要，被關押四個月後即被釋放。
在入獄期間，章太炎和鄒容毫不畏懼，仍與革命派保持聯係，繼續堅持鬥爭。
《蘇報》案發後，《新聞報》刊載了《論革命黨》一文，誣蔑革命。章太炎在獄中看到後，立即作書痛加駁斥，指出蘇報案是“逆胡挑釁”、“盜憎主人”，認定對滿清政府隻能進行革命，“不能變法當革，能變法亦當革，不能救民當革，能救民亦當革”。自己入獄並非個人之不幸，而是“滿洲政府與漢種四萬萬人構成此大訟”，他堅信“天命方新，來不複遠，請看五十年後，銅像巍巍立於雲表者，為我為爾，坐以待之，無多聒聒可也。”這篇文章在《蘇報》刊載，文章發表後的第二天，《蘇報》就被查封了。
章太炎在獄中看到了《江蘇》雜誌刊載了自己的學生柳亞子的《鄭成功傳》，於是立即給予鼓勵。柳亞子在清光緒二十九年（1903年）加入中國教育會，不久到上海入愛國學社，開始革命生涯。他受教於蔡元培、章太炎，並與鄒容結為好友。蘇報案發生後，他退學回鄉。柳亞子曾為《江蘇》、《蘇報》、《醒獅》、《民籲日報》等革命報刊撰寫了大量宣傳民主民族革命的政論文章和詩詞。章太炎對柳亞子在教育會“愛國諸君，飄搖失所”的情況下，仍能盡力維護並堅持從事革命活動，也給予了肯定和高度的評價。
章太炎還為章士釗在日本出版的《孫逸仙》一書題詞，題詞中稱頌鄭成功、洪秀全，貶損清朝統治者為“索虜”。
1903年7月19日，參與唐才常主持的自立軍事件的沈藎被人告發，遭到清政府逮捕，7月31日在獄中被杖斃。8月2日，《大公報》發表了沈藎的絕命詞四首。消息傳到獄中，章太炎和鄒容無比憤慨，立即同聲譴責清政府的滔天罪行。章太炎寫為此賦詩一首：
不見沈生久，江湖知隱淪。
蕭蕭悲壯士，今在易京門。
魑魅羞爭焰，文章總斷魂。
中陰當待我，南北兒新墳。
此詩發表在8月14日的《國民日日報》。8月23日，上海各界在愚園舉行沈藎追悼會，章太炎以其如椽大筆寫下悲憤的祭文。同年，章士釗編寫的《沈藎》一書出版，章太炎再次提筆作序。
鄒容也寫出了題為《和西狩〈獄中聞沈禹希見殺〉》的詩句：
中原久陸沈，英雄出隱淪。
舉世呼不應，抉眼懸京門。
一瞑負多疚，長歌召國魂。
頭顱當自撫，認為墨新墳。
詩中的沈禹希即沈藎，西狩是章太炎的署名。全詩愛憎分明，從容慷慨。通過這首詩，鄒容表達了自己悼念烈士，痛恨清王朝的感情，表明了為革命犧牲的壯誌，呼喚人民繼續他們的革命事業。
當時改良派在知識分子中還有一定的市場，他們以維新變法“古有名訓”為名目壓製革命，章太炎在獄中援引古籍對改良派予以了痛斥，公開論戰。
章太炎與鄒容被捕後同囚於捕房，二人互相寫詩鼓勵，激勵鬥誌，共作絕命詞三首：
1
擊石何須博浪椎，