早在1873年，他就和森有禮、西周、加藤弘之等人組織明大社，以文明開化的啟蒙為己任。該社和次年出版的《明六雜誌》，在日本的啟蒙時代起了先驅者作用。福澤在這方麵確是具有旗手的作用。
作為一個思想家，福澤的態度是很明確的。他主張從思想入手以改革民心：“兵亂雖治，而人心騷動未止，……宜假此佳機，一掃舊習之惑溺，導以新製，改革民心”。他主張實利，反對空談。1869年，他在致鬆山棟庵的信中，就曾極力主張：“一身之獨立而有一家之獨立，有一家之獨立，才能使一國獨立，天下獨立。而其能致一身之獨立者，無他，唯先開其智識耳”。他還提出“爭利即爭理”的口號，主張限製漢字，把迂闊繁瑣的文體改為平易簡學而確實的文體，介紹和引進簿記製度，提倡“尚商立國”。他曾在其所辦的《時事新報》中大聲疾呼：“不要妨礙富豪們的進步”，“國家的富強，在於貿易的發達”。這和他早年在《明六雜誌》上反對外國人雜居時的論調“旅行者雜居，雖便於商業，但商業之權而操之在彼，則損亡之源也。”是一致的。他這種把日本引向資本主義社會的思想，在明治維新以後促使日本加速向資本主義推進過程中，起很大作用。福澤不僅在思想上提出這些主張，而且還腳踏實地地貫徹到行動中。慶應義塾就是在他這種思想指導下，由他親自經營管理而成了在日本現代培養出實業家最多的學府。
在政治上，福澤的自由主義思想，對日本明治維新以後自由民權運動的開展，也有一定影響。他提倡普及民智，人民有參政權，主張設立國會。在當時的具體情況下，福澤這種思想，不能不認為是比較先進的。當然，福澤作為資產階級思想家，在啟蒙時期，有他進步的一麵，也有反動的一麵。在福澤的思想中，存在著很深的弱肉強食的想法，這表現在以後他所發表的“脫亞論”中。
明治維新之後，日本發生很大變化，從封建社會進入資本主義社會，並逐步走上軍國主義道路。當它羽毛豐滿，武力稍強時，就企圖用軍事上的侵略，以增加其資本積累，加速其發展。侵略朝鮮和中國的行動，就是在這種指導思想下產生的。對於這些行動，當時日本有識人士中不乏起而反對的，特別是知識分子；可是作為文明開化啟蒙者之一的福澤諭吉，卻並不如此。在這一係列的侵略事件中，他始終是支持這些非正義行動的強硬論者。
1885年（日明治18年）福澤在《時事新報》上發表有名的“脫亞論”。他認為，中國和朝鮮，對日本來說，都是同處亞洲、東方的惡友，應該遠絕。他主張，日本的文明開化，要全部都向西洋學習，像中國和朝鮮那樣不知改進，依然迷戀於古風舊習的國家，必須加以拋棄，以免成為日本的負擔。甲午戰爭發生以後，他除捐出私財一萬元以充軍費之外，還逐日在他所辦的《時事新報》上發表社論，鼓勵士氣以支持這次非正義的侵略戰爭。中國戰敗之後，他在致山口廣江的信中說，“現在鄰邦中國和朝鮮，也包括到我文明圈之中，誠為畢生愉快之事，實出意外。”他認為中、朝的戰敗，是日本輸出“文明”的機會。因此，當他聽到台灣人民反抗日本侵略軍時，竟發出這樣的叫嚷：“殲滅一切醜類”，要沒收所有土地，把全島都收為國有領地，建立一個遠東的新興帝國。
福澤諭吉作為思想家有其兩麵性。他崇尚西洋文化，極力主張日本模仿、吸收其優點以加速日本的文明開化；但同時，由於他出生在封建社會，青年時代受到皇國史觀的國粹思想影響很深，加上資產階級思想中的侵略思想也給了他深刻印象。因此他在批判儒家思想尊攘的國家主義思想的時候，實際上又承受了其中最反動的部分。作為文明開化先驅者的福澤，同時又成為“脫亞論”的倡導者，從外表上看是很矛盾的，實質上其思想根源是一貫的。