浙江處決哥老會頭目黃發祥。黃發祥，綽號包老神仙，係湖南人，立會箭賢山，為哥老會中正龍頭名目，往來浙江省境內。本日夜，浙江省臬司許貞幹密飭省防統領李鶴皋，派新中軍右營補用參將吳忠選、管帶衛隊守備蕭心誠等，將黃發祥及其同夥朱雲標一並擒獲，並且搜出票布、偽諭、名戳等物。浙江巡撫任道熔奏請清廷予以立即正法，並捉拿其餘從。
兩江總督劉坤一在南京設立派辦處，籌劃一切新政事宜。
駐俄英國大使照會俄外交部，聲明英國不漠視足以變更或擾亂西藏現狀之事。
9月3日。直隸保定發生水災。據《申報》本日報道：近日，直隸省城保定霪雨連綿，山洪暴發，以致南關外天水橋及東關外一帶汪洋一片，行人均乘竹筏往來，附近各村幾乎都已化為澤國。
江西巡撫李興銳上奏清廷，認為為了安緝地方，調和民教關係，主張將江西鄱陽縣免予停止科舉考試。
9月4日。醇親王載灃赴德國“謝罪”。6月7日，清廷派醇親王載灃為欽差頭等專使大臣，為德使克林德被殺，前往德國謝罪。本日，德國皇帝威廉二世在波恩新建行宮內接見醇親王載灃，德國各王公大臣及柏林、波恩兩處統兵將領均陪同接見。載灃抵達後，向德國皇帝行三鞠躬禮，並遞交國書稱：“去年北方之亂係誤國諸庸臣釀成，實非中國大皇帝之意。然因此傷及貴國大臣，敝國大皇帝深抱不安。今幸和約將定，願此後益敦睦誼，永釋前嫌。”德國皇帝回答道：“中國去年北方之禍，朕亦深知非出貴國大皇帝之意。但此後貴國政府辦理交涉，務預按照公法，萬不可再縱容亂民釀成此等之事，方能兩國永堅和好，不致以玉帛易幹戈。若僅以此次貴大臣辱臨敝邦，為足釋從前嫌怨，恐亦貴國遭使之意也。”載灃恭敬地聆聽他的講話，會見完畢仍舊向他行三鞠躬禮，然後退出。10月30日，載灃回國抵達香港。11月3日，回到上海。
慈禧太後和光緒帝定於10月6日回京。原分駐太穀、祁縣、榆次三營和原駐紮韓信嶺三營暨翼親兵共2000人，於本日啟程，開赴潼關護駕。
9月5日。清廷令山東巡撫胡廷幹治理黃河水汛。
9月6日。奉天省奏請招墾錦州大淩河牧場，清廷同意由奉天將軍選派人員謹慎辦理。
9月7日。《辛醜條約）簽訂。由德、奧匈、比、西、法、英、意、美、日、荷、俄11國公使組成的外交團，在團長葛絡幹主持下，於上午11時在北京西班牙使館與中國全權大臣奕、李鴻章舉行會談，簽署和談最後議定書。1901年是夏曆辛醜年，最後議定書又稱《辛醜條約》。該條約共有12款19個附件，是一個嚴重的不平等條約，其主要內容如下：
“大德國欽差男爵克大臣被戕害一事，欽派醇親王載灃為頭等專使大臣，赴大德國大皇帝前，代表大清國大皇帝暨國家惋惜之意。”“大清國國家業已聲明，在遇害處所豎立銘誌之碑，與克大臣品位相配，列敘大清國大皇帝惋惜凶事之旨，書以拉丁、德、漢各文。”“懲辦傷害諸國國家及人民之首禍諸臣。”“上諭將諸國人民遇害被虐之城鎮，停止文武各等考試五年。”“因大日本國使館書記生杉山彬被害，大清國大皇帝從優榮之典，降旨簡派戶部侍郎那桐為專使大臣，赴大日本國大皇帝前，代表大清國大皇帝暨國家惋惜之意。”“大清國國家允定在於諸國被汙瀆及挖掘各墳塋，建立滌垢雪侮之碑，已與諸國全權大臣會同商定，其碑由各該國使館督建，並由中國國家付給估算各費銀兩。”“大清國國家允定不準將軍火暨專為製造軍火各種器料運入中國境內。”“大清國大皇帝允定，付諸國償款海關銀四百五十兆兩。”（甲）此四百五十兆按年息四厘，正本由中國分三十九年清還。……（丙）由中國國家將全數保票一紙，交付駐京諸國欽差領銜大臣手內。（戊）所定承擔保票之財源開列於後：一、新關番進款俟前已作為擔保之借款各本利付給之後剩者，又進門貨稅增至切實值百抽五，將所增之數加之，所有向例進口免稅各貨，除外國叫運來之米及各雜色糧麵，並金銀以及金銀各錢外，均應列入切實值百抽五貨內。二、所有常關各進款，在各通商口岸之常關均歸新關管理。三、所有鹽政各進項，除歸還前泰西借款一宗外，餘剩一並歸入。”“大清國國家允許各使館境界以為專與住用之外，並獨自使館管理，中國民人概不準在界內居住，亦可自行防守。中國國家應允諸國分應自主，常留兵隊分保使館。”“大清國國家應允將大沽炮台及有礙京師至海通道之各炮台，一律削平，現已設法照辦。”“中國國家應允由諸國分應主辦會同酌定數處，留兵駐守，以保京師至海通道無斷絕之虞。今諸國駐守之處，係黃村、廊坊、楊村、天津、軍糧城、塘沽、蘆台、唐山、灤州、昌黎、秦皇島、山海關。”“大清國國家允定兩年之久，在各府廳州縣將以後所屬之上諭頒行布告：一、上諭以永禁或設或入與諸國仇敵之會，違者皆斬。二、上諭一道，犯罪之人如何懲辦之處，均一一載明。三、上諭以諸國人民遇害被虐各城鎮，停止文武各等考試。四、上諭以各省督撫文武大吏暨有司各官，於所屬境內均有保平安之責。如複滋傷害諸國人民之事，或再有違約之行，必須立時彈壓懲辦，否則該管之員，即行革職，永不敘用，亦不得開脫別給獎敘。”“大清國國家允定將通商行船各條約內，諸國視為應行商改之處，及有關通商各項事宜，均行議商，以期妥善簡易。現按照第六款賠償事宜，約定中國國家應允襄辦改善北河、黃浦兩水路。”。《辛醜條約》是帝國主義用暴力強加在中國人民身上的沉重的殖民枷鎖，也是清王朝勾結外國反動勢力的賣身契。