2000年，新千年之始，墨西哥社會進入了一個曆史轉折的年代。經由薩帕塔人有力參與的政治鬥爭，7月的大選中，革命製度黨結束了它漫長的統治，反對黨之一：國家行動黨勝出，其候選人比森特·福克斯當選了墨西哥總統。正在墨西哥人慶祝民主進程勝利推進之時，薩帕塔人卻發出了一個驚人的挑戰信號。馬科斯通過因特網昭告墨西哥人民和新任政府，薩帕塔運動的23位司令及副司令馬科斯將於2001初帶麵具、不帶武器步出拉坎頓叢林，造訪全國各原住民社區，並樂意於與政府展開新一輪談判。這對沉浸在勝利之中的新政府無疑是晴天霹靂。曾在競選中聲稱“15分鍾內解決薩帕塔人問題”的福克斯總統全然亂了方寸，不知如何應對。
就在政府瞠目結舌之際，薩帕塔人第一次直接（而非通過同情者，因為此前馬科斯曾明言：他不可能直接使用因特網和電子郵件，因為那意味著衛星定位係統將在8分鍾內將炸彈擲在他頭上）使用因特網，並公開了電子郵件地址，逐日發表有關行程的諸種安排，並征詢將造訪的原住民社區的相關事宜。薩帕塔運動又一次躍上各大傳媒的頭題，整個墨西哥社會再一次屏住呼吸注視著薩帕塔人和馬科斯。當政府被迫做出回應之時，他們首先要求薩帕塔人摘去麵具，薩帕塔不屑一答。繼而政府提出在聖克利斯托瓦爾舉行談判，薩帕塔人回答：要麼在首都墨西哥城談，否則免開尊口。就在薩帕塔人設定的行程日期將近之時，政府倉惶之中做出反饋：歡迎薩帕塔人前來首都。這便是我在開篇處所提到的2001年著名的長征。歐洲傳媒稱：這和平抗爭之旅“將媲美於當年馬丁·路德·金的‘進軍華盛頓’”。2月25日薩帕塔人的車隊由聖克利斯托瓦爾出發，開始了他們造訪12州、最後抵達墨西哥城的旅途。
為此，埃萊娜·波尼亞托斯卡寫道：“薩帕塔遊擊隊的事業帶有一點瘋狂性，少許的瘋狂加上巨大的英勇；他們的瘋狂就像是二次大戰中騎馬衝向納粹坦克的波蘭人。薩帕塔遊擊隊考驗著我們的政治機構。他們不是來簽署和平的，而是來進行對話的，他們來傳播自己的聲音並聽取別人的聲音，來爭取別人的尊重並尊重別人。他們用自己的美麗的行動教育我們，決策應該來自底層，他們使我們顛倒了民主的觀念。也許，由於他們的出現，墨西哥能夠擺脫成為一個新自由主義國家的命運。
”58在3月11日，薩帕塔人在25萬人的歡呼和簇擁之下駛入了墨西哥城的索卡洛廣場。繼而女司令埃斯特進入國會，麵對全體議員發表了薩帕塔人的演說，而此時，馬科斯卻留在國會大廈之外，回答群眾和記者的提問。此番對話的結果，是政府許諾逐步從恰帕斯撤軍，分批釋放在押的薩帕塔民族解放軍成員，並提出了《聖安德烈斯協議》的修正案。但薩帕塔人一以貫之的要求是給予原住民區域自治的權力，並通過保護原住民文化的法律。在對話無法達成協議之時，3月23日，馬科斯宣布：薩帕塔人重返群山，繼續和平抵抗。這以後，薩帕塔人開始了他們又一輪的沉默。再後，是9.11對世界的震撼和改變。薩帕塔繼續他們的沉默。
2003年，薩帕塔人在兩年的沉默之後，采取了行動。再一次，他們在薩帕塔人社區奧萬提科召開了盛大的集會，宣布以“卡拉克（海螺）”取代“阿瓜斯卡連特斯”，在薩帕塔人社區首先實行自治製度，嚐試實踐一種另類的“善政”（good government）。但這一次，並未在墨西哥國內外引起熱烈的反響。再一次，在內外傳媒上諸種薩帕塔運動已然終結的、馬科斯將如何收場的議論重新浮現。更有傳言說，馬科斯已身患重病。
2004年，盡管自“長征”之後馬科斯始終不曾在公開場合出現，但他卻再度躍居傳媒頭版，
不過，此番卻像是十足的娛樂新聞。先是一貫支持薩帕塔運動的意大利國際米蘭足球隊向薩帕塔人捐贈了銷售紀念品所得的錢款（為了表示對薩帕塔運動的支持，國際米蘭隊曾舉行過頭戴滑雪帽的表演賽），馬科斯則身穿國際米蘭的4號球衣現身媒體，表示自己正是國際米蘭隊和薩內蒂的球迷。繼而馬科斯和薩內蒂通信，相約國際米蘭隊與薩帕塔足球隊將在墨西哥和意大利舉行友誼賽。而照片上，由原住民男女組成的混合隊卻多少有些“搞笑”的味道。日程開始不斷推進，預計在2005年舉行的球賽，定在墨西哥城墨西哥自治大學的運動場上舉行，馬科斯自薦為薩帕塔人球隊的教練和外聯。
更為驚人的是，2004年底，幾乎世界各大傳媒都報道了一則令人匪夷所思的消息：墨西哥頗富盛名的偵探小說、曆史小說作家、也是1997年全球五部最著名的切·格瓦拉傳之一《以切而著稱的格瓦拉》59的作者帕柯·伊格納西奧·泰博稱：他接到馬科斯的一封來信，信中邀請他共同撰寫一部偵探小說，兩人接力賽式寫作：馬科斯撰寫1、3、5、7章，泰博撰寫2、4、6、8章。一向支持薩帕塔運動、以狂放、激進而著稱的泰博稱，在片刻的猶豫之後，他立刻被這瘋狂大膽的提議所吸引，並接受了馬科斯的提議。在接受記者采訪時，泰博表示他對馬科斯的動機和未來小說的麵目一無所知，他隻是推想偵探小說原本是一種揭示社會問題、貼近底層生存的文類60。而馬科斯則一反他嘲弄知識產權的做法，宣稱此小說的寫作同時是為薩帕塔社區籌款，小說尚不存在，已高價出售了英文和意大利文的版權。這一次，墨西哥國內和歐美各傳媒的反應相當熱烈，但多少帶了幾分冷嘲的意味。