不同動物早期胚胎的相似，意味著它們有共同的祖先《物種起源》仍然是以 1842 年和1844年的《概要》中的基本思想為基礎的。而且書的總體結構幾乎也是一樣的，但全部材料則進行了徹底的加工。《概要》中有幾章在這裏作了進一步的發展，並且由於增加了一些新的材料而使內容更加豐富了，從另外幾章中選取了最有意義的材料，而其餘部分則省略了；還有幾章重新進行了修改。對原來的《概要》來說，有兩處較大的增補：一處是關於鴿子的起源；另一處是關於中間類型的性狀分歧和絕滅的原理。
達爾文始終也沒有忘記書的基本目的是要使讀者相信，各種類型的物種借助於自然選擇而進化的觀點比每個物種是由創造而產生的舊觀點優越。自然選擇理論是一種複雜的理論，它包括達爾文指出的幾個前提以及由此得出的幾個邏輯結論。每一個前提和結論，達爾文都必須非常嚴肅認真地加以論證，並用一些實例來證實。還必須對理論中的困難之處加以闡述和分析，駁倒對這一理論的一切異議或使人們對這些異議產生懷疑，也必須對這一理論的最重要的結論加以論證。所有這一切都要求對大量複雜的材料作出長篇論述，因為不這樣的話，讀者很容易被這樣的材料搞糊塗，很容易忘記某個例子在總概念中放在什麼地方，某個論斷在總概念中又起著什麼作用，總之，由於大量的細節，很容易使讀者感到疲倦，為了使讀者能夠比較容易地抓住本書的基本思路，達爾文在該書緒論中扼要地敘述了這一思路，並指出他是如何將該書劃分為若幹章的；每一章結束時他都對本章的內容寫出一個提要並重複其主要結論，全書結束時，他寫了個《複述和結論》，再一次闡述了人工選擇和自然選擇理論的基本原理，他還接連不斷地檢查了分散在全書各處的所有對理論的異議，並且再一次集中地審查了所有的論證，這些論證看來要比那些異議的說服力大得多，因此，讀者自然而然就能得出結論來，但這還是不夠的。
達爾文在每一提要的最後，幾乎在每一章的最後，都寫上一句精心編寫的結束語，在這句話裏他再一次對有關選擇和進化的思想加以強調。為了使讀者更加注意這些結尾部分，他常常在結尾處用大寫字母寫某個要素的名稱，如“變異”“選擇”等等。
生物突變這樣，很快就有許多讀者在一定的廣度和深度上承認了他的學說。於是就出現了一些全部接受達爾文理論的狂熱的崇拜者（如植物學家華生，他於1859年年底寫信給達爾文說：“您的主導思想，即‘自然選擇’，一定會被當作科學上的確定真理而為人們所接受。它有一切偉大的自然科學真理所具有的特征，變模糊為清晰，化複雜為簡單，並且在舊的知識上添加了很多新的東西。您是本世紀、甚至是一切世紀博物學中最偉大的革命者。”）。有一些人，他們歡欣鼓舞地對待這個理論的基本原理，但是認為其中某些具有次要意義的細節還存在著弱點。還有一些人，他們一方麵接受自然選擇理論，但同時又認為這個理論不能解釋人的精神能力是怎樣產生的，因此他們設想（例如華萊士），這些精神能力是由於超感覺的精神世界的幹預才發展起來的。很多人接受了自然選擇的意義，但他們對類型的可變性隻是部分地予以接受。一種人認為，可變的隻是物種，而屬是單獨形成的；另一種人則認為，可變的是物種、屬和科，而不是目和高級單位；第三種人認為一直到綱為止都存在著可變性；而第四種人則認為一直到門都是可變的。達爾文在一封信中寫道：“有趣的是，每一個人都想出一個意思，按照這個意思他已經不再同意我的理論了。”
敵視達爾文理論的讀者也增多了。有些人不同意達爾文的理論，但對作者的熱愛勞動、對作者真誠的意圖、對作者論述問題的嚴謹性卻給以應有的評價；有些人發現達爾文的方法本身存在著一些缺點，指出他的理論中有許多重要原理並不是從事實和觀察中直接得出的；最後，有些信仰宗教教義的人對達爾文的理論持堅決否定的態度。這裏也出現了在其他類似情況下所出現過的現象。牛頓發現萬有引力，受到了策布成茨的攻擊，說萬有引力“動搖了自然宗教的基礎，因而也動搖了神的啟示”。1859年年底，達爾文在寫給拉卜克的信中說：“當雷和閃電的發生第一次被證明是連續發生的原因的時候，那時關於每一個閃電並不是上帝親手發出來的這一思想，對某些人來說簡直是不能忍受的。”在這些雜亂無章的各種各樣的意見和流派中間不能不發生爭論。達爾文主義必須為自己爭得地位，而且首先要克服因循守舊的習慣，因為大多數人還相信動植物的物種是永恒不變的。於是捍衛達爾文主義的鬥爭開始了。