陳炯明的叛變，激起人民群眾和海外僑胞的義憤，紛紛通電聲討陳炯明，要求粵軍退出廣州，聲援孫中山討伐叛逆。陳炯明因有帝國主義的支持，軍事上占著優勢，加之陳炯明用重金收買海軍各艦，瓦解了擁護平叛的海軍，使孫中山指揮的海軍力量受到了嚴重損失。在陳炯明的多方活動下，廣東省議會和各團體舉行聯席會議，要求孫中山下野，迎接陳炯明回省。海軍總長湯廷光也要求海軍各艦勿向廣州開炮。湯廷光、葉舉、魏邦平三人以陸海軍聯合名義發出布告，籲請“孫公下野”。同時，襲擊長洲要塞，占領魚珠、中山炮台。孫中山隻得率永豐艦進入白鵝潭，與叛軍作戰。在四麵包圍之中，孫中山奮鬥不餒，等待北伐軍的回援，同時令海防司令陳策率部進攻江門，牽製叛軍。江西前線接到陳炯明叛亂的消息，立即由胡漢民召集緊急軍事會議，決定許崇智、李福林、黃大偉各部班師討伐，李烈鈞率贛軍留守贛南。陳炯明為阻擊北伐軍，令翁式亮率黃任寰師進駐韶關，同時密令北伐軍中粵軍第一師梁鴻楷率部倒戈回粵。許崇智等率部班師後，7月9日進攻韶關，與陳軍相持激戰。7月18日，北伐軍分兵攻占翁源，接著，全力進攻北江重鎮韶關。雙方拉鋸，戰況激烈。7月28日，陳軍翁式亮部在韶關受到打擊，退往馬壩。但在北伐軍向馬壩追擊時，粵軍第一師陳修爵因加入翁部作戰，使陳軍力量大增，北伐軍因長途跋涉，久戰疲乏，見到陳軍中出現粵軍的旗幟，內部也出現一些分化，加之餉彈供應不上，戰鬥力大為減弱，最後被陳軍擊敗，退往江西。但此時留守贛南的李烈鈞部也在北洋軍蔡成勳的進攻下失敗，許崇智等部隻得輾轉進入福建，朱培德、李烈鈞等部則退入湖南。孫中山在極其困難的情況下在永豐艦上與叛軍相持，表現了堅韌卓絕的革命精神。孫中山原待北伐軍班師後從水陸兩方麵夾攻廣州，恢複革命根據地。但北伐軍韶關失敗，收複廣州已經無望。8月9日，孫中山等接受沙麵英國領事的建議，離開軍艦，乘英國艦隻到香港，8月10日由香港乘船赴上海。孫中山到上海之後，發表宣言，自責任用非人，使北伐事業攻敗垂成，當引咎辭職，號召同誌繼續奮鬥，掃滅陳炯明叛軍，完成護法事業。8月15日，陳炯明回到廣州，次日複任廣東總司令，控製了廣東。
陳炯明叛變，是孫中山一生革命事業所遭受的最慘重的失敗，對他打擊極大。孫中山認為，曆次革命失敗，都是失敗於敵人，而這一次則敗於10餘年卵翼之陳炯明。他非常痛心，從而重新考慮中國革命的一些問題。就在他陷入極端困境的時候，得到了中國共產黨、蘇俄共產黨的幫助。孫中山重新振作起革命精神，堅持革命旗幟，從而走上了聯俄、聯共、扶助農工的革命道路，開始了他一生中的偉大轉變。
非基督教運動
1922年3月，世界基督教學生同盟擬於中國召開第十一次大會。消息傳出，在中國共產黨領導下，由社會主義青年團發起反對帝國主義利用基督教侵略中國的“非基督教運動”。社會主義青年團首先在上海組織了“非基督教學生同盟”，並在青年團機關報《先驅》上發表宣言和通電，揭露帝國主義利用基督教侵略中國的反動本質。接著，北京、廣州、湖南、湖北都出現了非基督教同盟組織，掀起了非基督教運動。
非基督教運動的爆發有著深刻的社會原因和曆史原因。早在19世紀40年代，帝國主義列強的炮艦打開了中國的大門，在經濟掠奪的同時，帝國主義還用傳播基督教、開辦醫院、學校等手段對中國人民進行精神上和文化上的滲透。因此，隨著帝國主義勢力在中國的擴張，基督教的勢力也迅速發展起來。據1923年中國基督教會年鑒報告：在全國1713個縣中，隻有126個縣尚未接受基督的“洗禮”，而90％以上的縣都有了基督教的旗幟。教會出版的書籍多至4400餘種。到1922年，美、英、法、意等國在北京設立的基督教、天主教的教會、教區、教堂已經逾百，附屬於這些教會的高等學校、中學、小學和幼兒園已達10個之多。有些學校並非教會所辦，如清華學校是用美國退還的部分庚子賠款辦的留美預備學校，但其教師和學校負責人也多有基督教徒。一些帝國主義的傳教士們，打著上帝的旗號，以武力為後盾，依恃“傳教自由”的特權，任意深入中國內地城鄉。所到之處，竭力販賣毒害中國人民的精神鴉片，還勾結官吏，結營教黨，為非作歹，直接參與了許多侵略中國、幹涉中國內政的活動。當時，北京各教會所屬區的政治、經濟和傳教的權力皆操在西洋教士手中，實際上成了不受中國政府控製的獨立王國。至於教會學校，更是把傳授帝國主義的侵略理論，培植帝國主義的侵略工具作為首要任務。為了強化學生的宗教意識，教會學校在學生的一切活動中都滲進宗教的內容。在課程安排上，聖經課和英文課是各教會學校的必修課，而其他課程則聽其自便。學校還禁止學生自由外出，禁止學生參加社會活動和愛國運動，違反者則受到記過、開除學籍、打手板、關暗房、禁止吃飯等處罰。因此，當時的教會學校多被人冠以“模範監獄”的稱號。