在軍事上，日偽軍還采取了對抗日聯軍第1路軍進行長期封鎖和分割包圍的辦法。他們別出心裁地組成了“出擊隊”、“遊擊隊”、“警防隊”、“挺進隊”。“特搜班”等對付抗聯的部隊專門在空軍飛機的配合下，采用“陸空呼應”戰術、“踩踏戰法”和狗蚊子戰術，到處搜尋抗聯部隊，一旦發現抗聯的蹤跡，就在飛機的引導下窮追不舍，對抗日聯軍進行分區圍攻。日偽軍為了追捕楊靖宇，還專門組成了“富森工作隊”、“程斌挺進隊”、“唐振東挺進隊”、“地方工作班”等４支部隊，富森工作隊由富森警備科長全麵指揮，督勵統轄程、唐挺進隊，這４支部隊呼應合作，實施特別工作。
在政治上，日偽軍繼續采取誘降政策，改變了過去處死抗聯戰俘的做法，千方百計地對其進行“宣撫”，招降納叛，動搖瓦解抗聯部隊的軍心，切斷人民群眾與抗日聯軍的聯係。除此之外，日偽軍對出入集團部落的人，進行指紋對證盤查，發現可疑跡象，就以“通匪”論處。
在經濟上，日偽軍繼續大搞“歸屯並戶”，實行更為嚴密的經濟封鎖。日軍要求在“集團部落之外絕無家屋，食宿之處所一律搗毀”，平時配給老百姓的糧食不超過３天，千方百計斷絕抗日聯軍的糧食和服裝來源。
在這種情況下，東南滿的抗日鬥爭形勢越來越嚴峻，抗聯戰士不得不進入深山密林之中，遊擊區縮小了，他們在極度艱難的處境下堅持抗日鬥爭。為了粉碎日偽軍新的“討伐”陰謀，１９３９年１０月１日至５日，楊靖宇、魏拯民等抗日聯軍將領來到樺甸縣頭道白河，召開中共南滿省委和第1路軍主要領導人會議。這次會議決定，為了保存實力，免遭日偽軍的殲滅性打擊，各部隊化整為零，編成小分隊分散遊擊。會後，楊靖宇率領警衛旅及第1方麵軍共８００多人，在樺甸縣夾皮溝、蒙江縣（今靖宇縣）甕圈、六條河沿和金川縣回頭溝等地積極活動，牽製日偽軍，使第1路軍其他部隊能夠順利轉移。
楊靖宇擔任第一路軍的總司令兼政治委員，和戰士一樣過著清苦的生活，戰場上和大家一起打仗，生活上從來不搞特殊化。反“討伐”鬥爭，由於日偽軍追蹤很緊，封鎖很嚴，楊靖宇經常餓著肚子打仗。部隊沒有糧食的時候，戰士們吃樹皮、草根，楊靖宇總司令也吃樹皮、草根。
一天，楊靖宇對幾名戰士說：今天我們改善一下生活，你們去牽幾匹馬來。注意，你們要牽馬屁股上烙了字的，那是敵人的馬，千萬不要牽老百姓的馬。
幾名戰士受領任務以後，當天夜裏就牽回來幾匹帶字的馬，殺了大家吃馬肉。那時候，由於部隊經常吃馬肉，有一些戰士拉肚子，楊靖宇總司令也發高燒了。事務長知道後，就用麵袋底的那點麵粉烙了兩張餅，讓警衛員送給楊靖宇。
楊靖宇間到餅的香味，笑了。他正要伸手，忽然轉過頭問警衛員：這餅是哪兒來的？
警衛員說：事務長烙的。
大家都有嗎？
警衛員支吾了好半天，說：就剩下這麼點兒麵了，照顧一下你的身體。
楊靖宇聽後，把餅一推，說：同誌，在困難的時候，最重要的是要想著大家，好好照顧同誌們，他們行軍打仗，流血負傷，太辛苦了。我不能和他們吃兩樣飯，你把餅送給傷病員。
傷病員聽說這是楊司令送來的餅，誰也不肯吃。楊靖宇讓警衛員把餅切成條，放到鍋裏煮了煮，讓大家都吃一點。
１２月２４日，抗聯指戰員在臨江縣板石溝與偽軍激戰後，警衛旅與第一路軍的部隊分開了。１２月底，警衛旅在蒙江縣的七號橋伏擊偽軍，把偽軍的二個連殲滅了。
１９４０年初，楊靖宇率領部隊回到了蒙江縣。為了籌措給養，警衛旅襲擊了龍泉鎮，龍泉鎮是日偽軍在蒙江縣的一個重要據點。這次戰鬥，雖然攻克了龍泉鎮，殲滅日偽軍近百人，繳獲了一些糧食和物資，但也暴露了部隊的行蹤。這以後，偽通化省警務廳長岸穀隆一郎親自坐鎮蒙江縣，調集了日軍大原、有馬、渡邊等部隊，偽軍步兵第三團和９個警察大隊，１個森林警察大隊，共４萬多人，組織多支“討伐”隊，跟蹤追擊，決心圍殲楊靖宇指揮的這支抗日聯軍部隊。