審訊中，中村等人氣焰囂張，狂妄聲稱自己是“大日本帝國陸軍大佐”，並企圖以不會中國話逃避間諜罪責。
井杉延太郎說：“我們都是軍人，中村是陸軍大佐，我是曹長（上士班長），現已退役，在紮晃采木公司工作。這次到中國，中村指派我作案內（助手）。這些地圖都是由中村自己掌握的，我不管。”
轉而訊問中村時，中村傲氣十足，閉口不言。
初次審問，關玉衡認為中村到東北的任務是提供日本參謀本部急需的入侵蒙古方案的報告，以及滿鐵拓殖會社需要他提供的情報。
鑒於長期以來在處理與日本在滿洲軍人關係上的被動局麵，為了慎重處理中村等人，５月２５日晚，關玉衡在團部大軍帳內召集各官佐開會，集思廣益，征詢對這一間諜案件的處理意見。
大家七嘴八舌，有的主張秘密處死，有的主張在路上將他們殺死。
會後對中村進行第三次審訊。中村蠻橫如故，竟耍起法西斯武士道的作風，同官兵格鬥，激起士兵怒火。關玉衡抽出戰刀，煞住了中村的威風。
當命令中村在口供記錄上簽字畫押時，中村撕毀口供，並同官兵扭打起來，被中國士兵用槍擊中頭部，暈倒在地。
在這種情況下，關玉衡采納了營長陸鴻勳的建議，命令第三連連長寧文龍和第四連連長王秉義，將中村等人押至後山偏僻處秘密槍決，並派團部中尉副官趙衡監督執行。除重要文件外，中村等四人的行李、馬匹一律焚毀滅跡。
７月份，日本方麵得到了中村等人被殺的消息。
本來，按照國際法準則，主權國家有權處死敵對國家的軍事間諜。中村等人構成軍事間諜罪的證據確鑿；況且東北地方當局有言在先，不準外國人進入屯墾區，中村等人罪有應得。
可是日本帝國主義卻無視這些事實，乘機掀起反華浪潮。
８月，日本向南京國民政府提出強烈抗議和無理要求。８月２０日，日本內閣召開會議，陸相南次郎威脅中國，要求中國政府作出保證，保證以後不再發生類似事件，否則的話，日本將不惜使用武力。
４天後，日本陸軍省在處理中村事件的決定中狂妄宣稱，如果中國否認殺害中村的事實，就將對東北洮南、索倫地區實施保護性占領。
日本政友會為擴大中村事件的宣傳，組織了以森格為首的“特別演說隊”，到日本六個大城市發表演講。
日本駐沈陽總領事林久治郎同東北軍參謀長交涉時，咬牙切齒地說：“誰殺的，就由誰償命。”土肥原公然要到興安區尋找中村的屍體，並揚言日方要帶關東步兵團到興安區進行武力搜查，由於中國駐軍嚴陣以待，土肥原心虛，隻得作罷。
９月１２日，林久治郎照會遼寧省主席臧式毅，要求東北當局正式謝罪，嚴懲責任者，賠償中村等人的生命和財產損失，並保證以後不再發生類似事件。
１４日，日本駐哈爾濱領事大橋從滿洲裏出發，繞道伯力，就中村事件向蘇俄遠東當局請求諒解。
１７日，大阪《朝日新聞》以“此後能直接交涉，受軍部最高指示歸奉之士肥原大佐談話”為標題，發表了土肥原１６日就中村事件發表的談話。
土肥原說，中村事件不能簡單地加以解決，“我們早已定下種種方案，但是此刻還不能公開。唯有一點，我們須十分明白，那就是中村事件不能簡單地說成是陸軍單方麵的事情，而應該是全日本的重大事件，決不能采取姑息手段，一定要徹底的幹淨的解決才行。”
日本帝國主義極力渲染中村事件，大肆進行反華叫囂，表明日本帝國主義者已經在東北大地上布滿了幹柴，隻等時機一成熟，日本軍國主義者就會毫不猶豫地點上一把火，把戰爭的烈焰燒遍整個東北。
１９３１年７月２日，日方駐長春領事館武裝警察３０多人，擅自闖進長春東北６５公裏的萬寶山村，強占民房，向中國百姓開槍射擊，並逮捕中國人民。
萬寶山事件的直接起因，是日本駐長春領事田代重德唆使朝鮮人擅自在無權居住的長春縣境內毀壞中國農民良田、修建水渠、開墾水田。這種蔑視中國領土主權、直接侵犯中國農民利益的強盜行徑，激起了中國人民的強烈反對。
朝鮮人在日本人的默許下，在萬寶山附近挖溝占地，截流引水，對萬寶山附近農民危害極大。萬寶山村一年損失良田４０多坰，損失高達數千元。
萬寶山農民決定請求當地政府解決。於是全村每戶派出一名代表，組成２００多人的請願團，來到長春，向長春市政籌備處請願，並請市政籌備處向省政府轉達他們的申訴。
吉林省政府接到報告，十分氣憤，當即批複：“朝僑未經我地方當局批準，擅自進入該地農村，有背公約，令該縣公署派員會同公安警察前往勸阻，並令朝僑出境。”