元帶給世人驚奇的不僅有穩定的政治，而且還有它的思想與宗教的繁榮。
理學的發展
蒙古滅金後，北方雖然有很多儒士，但理學思想的廣為傳播還是趙複被俘到北方之後的事。趙複，字仁甫，德安（湖北安陸）人，人稱江漢先生，是朱熹門生謝夢先的學生。公元1234年，他被蒙古軍俘至燕（今北京），受到忽必烈的召見。後來在燕京設立了太極書院，專門請他講授程朱理學的書目、宗旨、師承關係，培養了一大批理學家。
許衡、劉因、吳澄被稱為元代三大理學家。許、劉主朱學，吳則調和朱、陸二派。三家雖互有矛盾，但基本觀點完全繼承宋代理學，並無多少創造。儒學作為維護封建統治的官方哲學，在元朝同樣受到最高統治者的稱頌。元武宗給孔子加上了“大成至聖文宣王”的頭銜。元朝統治者把儒學定為“國是”，從朝廷考試到州縣學校的教學，一律以程朱對孔孟理論的注釋為準，把朱熹的《四書集注》稱為“聖經章句”。
反理學的鬥士
盡管元朝統治者提倡理學和其他宗教思想，在元代思想界中仍然出現了一些反對理學的思想家。鄧牧是其中突出的一個。
鄧牧，字牧心，號文行，又自號“三教外人”，浙江錢塘人。南宋亡後，他隱居餘杭大滌山中的洞霄宮，不仕元朝，是個有民族氣節的思想家。他著有《伯矛琴》一書，猛烈抨擊暴君酷吏。
他指出，皇帝是最大的掠奪者和剝削者，大小官吏都是吃人的豺狼。他還描繪了一個理想國，在那裏有皇帝也有官吏，但都是民選出來為群眾辦事的人，而不是特權階級。在理想國裏無戰爭，人人勞動，自食其力。
鄧牧這種烏托邦思想，在當時是有積極意義的。由於時代和階級的局限，他隻能借用老聃的“小國寡民”的思想作為他的思想武器，終於陷入逃世的幻覺之中。
古代風景畫鑒賞宗教的興盛
從成吉思汗以來，蒙古統治者信奉傳統的薩蠻教，但對其他各種宗教，也都采取寬容態度，隻要不危及其統治，都予以保護和利用。
喇嘛教是佛教傳入西藏後與西藏原有的本教相互影響、融合而形成的一個教派，在11世紀至13世紀期間，由於吐蕃新興封建領主的支持，日漸興盛。
自元世祖起，元朝曆代皇帝後妃都尊喇嘛為帝師，並親自受戒。因此，喇嘛們受到特別的尊崇和優待。
佛教在內地的各宗派，在元代也都十分興盛。元代刻的佛教大藏經在佛教經典的傳布上是一件大事，後來的明藏、清藏，都是以此為基礎而修纂的。元代的道教，除了張天師的嫡係稱為正一教外，還有全真教、真大道教和太一教等流派。全真教勢力最大，教主丘處機（長春真人）曾應成吉思汗之召到過中亞等地，其弟子李誌常據實寫了一部《長春真人西遊記》，是研究中西交通史的珍貴史料。
不僅本國宗教得到了極大發展，外來的宗教也在元朝獲得了一席之地，這在中國曆史可謂少有。元代把基督教稱為也裏可溫，亦稱也立喬，意為信仰基督之人。元代中國的基督教有兩派。一派是聶士脫裏派，是隨著波斯商人由泉州、廣州各沿海城市傳入內地的；另一派是天主教的聖方濟各派，在公元1292年前後，教皇曾派遣意大利傳教士約翰·孟德高維奴來北京傳教，任第一任天主教總主教。元代基督教在全國各地都有信徒，在沿海城市和內地都有教堂。
伊斯蘭教在元代也是隨著阿拉伯人、波斯人和突厥人東來的。他們信奉伊斯蘭教，散處各地，元人稱之為“回回”。其傳教士在元代官文書中稱為答失蠻。此是波斯文音譯，意為學者。此外，摩尼教、婆羅門教、猶太教也都是在唐宋之際逐漸傳入，而在元代也有所傳播。摩尼教是波斯人摩尼在三世紀時創造的宗教，吸收祆教、基督教、佛教等思想資料而形成自己的教義，七世紀末傳入中國，也叫明教、末尼教、明尊教。
元代泉州一帶有摩尼教活動。婆羅門教在泉州曾建立寺院，俗稱番佛寺。猶太教亦稱為“一賜樂業教”（即以色列的音譯），在開封和大都都有他們的蹤跡。《馬可波羅行記》中就有關於猶太教徒的記載。