那麼，方臘起義軍的上述情況，到底是一般的鬼神迷信活動，還是用當時流行的摩尼教在組織起義呢？《宋會要輯稿·禁約》載，宣和年間，江浙一帶諸州村民多學妖法，自稱明教，又號吃菜事魔，各村建有齋堂或道場，其經文與道、佛諸教不同，人們夜聚曉散，時而結集社會，習以成風。這就是摩尼教，其敬摩尼為光明之神，或尊張角為教祖，提倡素食、戒酒、禁欲、裸葬等教規。如起義與此教有關，方臘就應該是摩尼教的首領。然而此點，宋代史籍記載相當含混，致使近代學者的看法也完全不同。
不少史學著作認為，方臘起義時盛傳的“妖術”、“左道”應與當時的摩尼教有關。首先，起義隊伍中不少將領都是摩尼教徒或首領，如教徒蘭溪朱言、剡縣仇道人裘日新、仙居呂師囊，還有鄭魔王、方七佛、八大王、俞道安等人。其次，史籍中關於摩尼教的“妖法”記載，常與方臘起義有關。《建炎以來係年要錄》載紹興四年五月，起居舍人王居正說：“伏見兩浙州縣有吃菜事魔之俗。方臘以前，法禁尚寬，而事魔之俗猶未至於甚熾。方臘之後，法禁愈嚴，而事魔之俗愈不可勝禁。”陸遊在《條對狀》中這樣說：“淮南謂之二檜之，兩浙謂之牟尼教，江東謂之四果，江西謂之金剛禪，福建謂之明教、揭諦齋之類，名號不一，明教尤甚……漢之張角、晉之孫恩、近歲之方臘，皆是類也。”《容齋逸史》說得最清楚：“睦州方臘之亂，其徒處處相煸而起。聞其法斷葷酒，不事神佛、祖先，不會賓客，死則袒葬。”莊綽《雞肋篇》中也有完全相同的記載。當時，睦州一帶確是吃菜事魔教秘密活動的重要地區，信教的人很多，所以方臘以宗教為掩護，組織起義隊伍，是完全可能的。因此有人認為方臘是青溪摩尼教首領，或稱其為睦州一帶的魔頭，或稱其是食菜事魔教的首領。
宋史專家朱瑞熙《論方臘起義與摩尼教的關係》一文提出異議，認為方臘不可能是摩尼教的首領，甚至不可能是教徒。首先，許多史籍隻是含糊其辭地說方臘“托左道以惑眾”，李燾的《續資治通鑒長編》素以治學嚴謹出名，也隻說方臘“善妖術”。如果方臘果真是摩尼教首領，史籍不載簡直是不可思議的。其次，方臘的身份職業也不允許他當摩尼教首領。按照教義，摩尼教徒不能積聚財產，且禁止結婚。如方臘為中產之家的漆園主，就不能為摩尼教首領。如方臘為一貧如洗的傭工，為了維持生活，須終歲勤勞，他也不可能有什麼閑暇時間去進行傳教活動。方臘有妻室、兒子，起義失敗時一同為宋軍俘獲。再次，摩尼教主張斷葷戒酒，而方臘起義伊始，就召集百餘名骨幹“椎牛釃酒”、“飲酒數行”，以發表著名的誓師演說，這些做法顯然與摩尼教教規格格不入。由此，方臘起義所采用的“妖術”、“左道”之類，應是當時農村中流行的一些“星雲神怪”、“役使鬼神”、“指揮陰兵”等迷信活動，或也利用了有關道教、佛教的一些活動。
當然如呂師囊、裘日新、鄭魔王、俞道安等人，根據史料分析應是摩尼教的僧侶或首領，他們率領部分摩尼教徒參加了方臘起義，接受方臘的領導，作為起義軍的幾個方麵軍與官軍進行著殊死的戰鬥。但他們不是方臘起義軍的主力，因此在整個戰場上不起決定性作用。而且這幾支隊伍參加起義軍都較晚而先後不一，也使他們沒能在對付官軍的鎮壓方麵，發揮出更大的威力。所以，方臘起義隻存在部分摩尼教徒參加的情況。
三是有無政治綱領及其口號的讀法。有學者認為，方臘起義沒有政治綱領，理由是在史料上沒有發現其起義過程中提出過什麼簡明口號類的綱領。而史學界一般認為，方臘起義是利用了佛教《金剛經》的經文“是法平等，無有高下”作為口號，表達了農民要求平等的願望，所以其政治綱領是“法平等”。
然而，史籍卻如此記載起義者對這句口號的讀法：《雞肋篇》載，食菜事魔教“亦誦《金剛經》，取‘以色見我’為‘邪道’，故不事神佛，但拜日月，以為真佛，其說經如：‘是法平等，無有高下’，則以‘無’字連上句，大抵多如此解釋。”就是說《金剛經》中的經文，教徒們讀作“是法平等無，有高下”。讀法一改，意思就相反了，即認為佛法所謂的“平等”是不存在的。《容齋逸史》中也有同樣的記載，隻是“其說經”，改為“其說不經”。而葉夢得《避暑錄話》還談到了如此讀經的原因：“近世江浙有事魔吃菜者，雲其原出於五鬥米，而誦《金剛經》，其說皆與今佛者之言異，故或謂之《金剛禪》。”就是說，吃菜事魔教徒不是照本誦讀佛經，而是往往按照自己的理解，去變動原意地誦讀。所以，這隻能說起義者在用佛經解釋現實世界，而談不上是什麼政治口號。
有學者如此進行辯解：教徒們這樣解釋佛經，正是因為他們認識到佛經上所謂的“平等”，不過是欺騙，從現實社會中他們深深感受到等級的森嚴，人世的極不平等。所以將《金剛經》的改讀，是對當時社會本質的揭露，也是對佛經的一種批判。起義農民在批判佛經的過程中，反映出他們向往一個真正“法平等”的社會，而這個社會正是他們奮鬥的目標。所以，盡管起義首領方臘沒有直接宣布“法平等”主張，但這一主張就從批判佛經的經文中折射出來，並指導著這次農民起義的實踐。