明洪武元年（1368），朱元璋在加強皇權的同時，為鞏固朱氏的統治地位，實行分封諸藩王的政策。洪武三年（1370）四月，冊封其子朱楔為秦王、朱桐為晉王、朱棣為燕王、朱棣為吳王、朱楨為楚王、朱樽為齊王、朱梓為潭王、朱杞為趙王、朱檀為魯王，重孫朱守謙為靖江王。共計冊封24個兒子，1個重孫，大多分封在北部邊境和各個要地。且規定，一經封王即要出京城就藩，使之“外鎮編圉，內控雄域”①，目的是要讓這些分封在外的兒孫們“夾輔王室”②。因此朱元璋賦予這些子孫們以極高的地位和軍事權力，規定諸王僅“下天子一等”③。諸王在各自的封地內，可以建立王府，設置官屬，封地所在的衛所均受諸王的監視與控製，“凡朝廷調兵，必關白親王乃發”④。諸王還可擁有供其指揮和調遣的護衛甲士，“少者三千，多者至萬九幹人”⑤。不僅如此，諸王還有權移文朝廷索取奸臣，甚至可以舉兵“清君側”。朱元璋分封諸王，使封國權力遠遠超過地方的行政權力。
朱元璋想以分封諸王的辦法起到拱衛朝廷的作用，然而封國權力過大，必將有礙於中央集權的加強。山西平遙訓導葉伯導曾為此上書，指出此舉恐“尾大不掉”，“禍患立生”。但朱元璋卻以“離間吾骨肉”⑥的罪名，將葉伯導囚死獄中。當然朱元璋也不是對此沒有考慮，在分封之中，他曾規定凡受封諸王必須離開京城，到封地就藩。不允許各親王之間相互往來。即使入朝，也不能同時前來，必須一王離京，另一王才可啟程。朱元璋此舉的目的在於避免諸王相互串聯，與中央相對抗。所以，諸王就藩，可以說是“生離死別”。但朱元璋的用心良苦，卻未能收到預期的後果。
洪武二十五年（1393）四月，皇太子朱標病故，朱元璋於九月，又立朱標次子朱允炆為皇太孫。朱允炆生性“穎慧好學，性至孝”，而深得朱元璋的喜愛，稱讚他：“而誠純孝，顧不忘我乎。”⑦不過，對於這位“仁柔少斷”的皇太孫將來繼任帝位，朱元璋並不十分滿意，曾一度打算更換太子，後因翰林學士劉三吾的勸諫，才沒有這樣做。盡管如此，朱元璋對朱允炆的繼位仍放心不下。洪武三十一年（1398）閏五月，朱元璋病故，廟號太祖，皇太孫朱允炆即位為帝。臨終前，朱元璋立下遺詔，“皇太孫允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內外文武臣僚同心輔政，以安吾民”。“諸王臨國中，毋至京師”。
朱允炆即位，是為明惠帝，改元建文。盡管有朱元璋的遺詔不許諸王“入臨、會葬”，但燕王朱棣仍直奔京城建康江蘇南京），朱允炆聞訊後，立刻派人持敕，令朱棣返回燕（今北京），對此朱棣十分不悅。
其時，鎮守北部邊疆的諸王已有很大的權勢，寧王朱權甲八萬，革車六千”⑨。燕王朱棣更握有“節製沿邊士馬”⑩的重權。朱允炆對這些皇叔們憂心忡忡。建文元年（1399）正月，朱允炆即位不久，燕王朱棣即遣長史葛誠放朝奏事。朱允炆遂向葛誠密問燕王府之事，葛誠如實秉告，且派他返回燕王府，作為內應。葛誠回到燕王府，朱棣見他神色不對，心中不免作疑。隨即朱棣親自人朝，他自恃皇叔身份，徑直走皇道入宮，登陛不拜。監察禦史曾風韶彈劾其不敬，戶部侍郎卓敬也密奏，以燕王“智慮絕人”，建議將他徙封至南昌，但都被朱允炆以“骨肉至親”，婉言拒絕。朱棣察覺到朝廷對自己懷有貳心，回燕王府後，便托辭患病，以觀事態的變化。
建文帝朱允炆以兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄同參軍國事。齊泰、黃子澄以諸王權勢過大，恐難駕馭為由，力主削藩。“帝欲先圖燕。子澄曰：‘不然。周、齊、湘、代、岷諸王，在先帝時尚多不法，削之有名。今欲問罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是削燕手足也。’”於是洪武三十一年八月，朱允炆下令廢周王楠為庶人。建文元年（1399）四月，湘王柏懼罪自焚死，代王桂有罪，廢為庶人。六月廢岷王十匣為庶人，徙漳州。朝廷削藩之舉，引起諸王的恐慌與不安，燕王朱棣更是心神不定。
不久，燕王府護衛百戶倪諒上奏朝廷，密告燕王府官校謀反。朱允炆為此下詔責問朱棣。朱棣聞訊，遂“佯狂稱疾”，以此掩蓋其野心。齊泰等人偵得朱棣有謀反之意，便請朱允炆下詔，逮捕燕王府官屬。齊泰等人還密令北平左布政使張咼、都指揮使謝貴占據燕王府，又約葛誠、指揮盧振為內應，且令北平都指揮張信捕捉朱棣。不料，張信將此事秉告朱棣，朱棣立刻令護衛指揮張玉、朱能等將領統800名壯士入衛燕王府。
七月，張咼、謝貴等指揮兵士圍攻燕王府，索要官屬，飛矢直人府內。朱棣與張玉、朱能等人商議，決定設計除掉張咼、謝貴。未幾，朱棣稱病愈，登東殿，而令壯士設伏於左右及端禮門內。遂派官持官屬名冊前往張咼軍中，約其入府。待張咼、謝貴入殿，乃持之斬殺。圍攻王府的張咼、謝貴所部聞訊，潰散而去。次日，燕王朱棣誓師，以“朝無正臣，內有奸惡，親王訓兵待命，天子密詔，諸王統領鎮兵討平之”的祖訓為據，以“清君側”為名，上書請誅齊泰、黃子澄。朱允炆見此上書，下詔削奪朱棣屬籍。朱棣遂舉兵，自置官屬，其軍號為“靖難”。