萬曆末年，圍繞著皇帝寶座的爭奪，紫禁城內連續發生了三件疑案，分別發生在三個皇帝在位期間，即萬曆皇帝和兒子光宗朱常洛以及他的孫子熹宗朱由校，這就是有名的“明末三案”——“梃擊案”、“紅丸案”和“移宮案”。這三案彼此牽連，影響重大，關係到明朝後期政治權力的爭鬥，一直被史學家們所重視。但由於這三案涉及的時間久，人物多，經緯複雜，因此其中真相一直撲朔迷離。
就在萬曆皇帝立太子不久後的萬曆四十三年（1615），皇宮內發生了一件怪事：這天，一個中年漢子手拿一根木棍跌跌撞撞地打入太子朱常洛居住的慈慶宮，並將把守宮門的太監擊傷，直到闖入前殿簷下，才被太子的內侍韓本用等人捉住。
說到這裏，就有必要先對萬曆皇帝的情況作一些介紹，因為“明末三案”的起因，都和萬曆皇帝對立太子的態度和其本人的行事有關。
萬曆皇帝是明朝在位時間最長的一個皇帝，名朱翊鈞，年號為萬曆，死後諡為神宗。他是明朝第十三個皇帝，在明朝十六帝中，他在位時間最久，從隆慶六年（1572）六月即位算起，至萬曆四十八年（1620）七月去世，身居帝位長達48年。他同時又是明朝最有爭議的皇帝，據史書記載，他貪財好色，懶散拖遝，多年倦於朝政，對國事漠不關心，曾經創下二十幾年不上早朝召見大臣的記錄。曾有海外學者提出，在明朝，內閣製度長期以來形成的中央國家機器的自我運轉，使得萬曆清醒地認識到作為皇帝，即使想有所為，也會受到各種掣肘，而無所行事，因此他便以不臨朝為抗爭。但比較客觀的事實是，萬曆登基時年僅10歲，還是個小孩，扶植他的一個是母親李太後，一個是太監馮保，另一個是內閣首輔張居正。這三個人互相利用、互相合作，萬曆就是在他們的管製下成長起來的，最高統治權旁落到這三人手中。長期的約束，使得萬曆在真正能夠行使自己手中的大權後，卻早已厭倦了朝廷的事情，反而是貪錢之心十分重，凡是朝中大臣有什麼請求，他一定要索取錢物等報酬，將朝廷的事視若商人之間的交易。在這樣的心態下，又碰到了在立太子問題上與朝廷大臣之間形成對立，這就更是給了萬曆皇帝借題發揮的機會。
說到底，“明末三案”的發生，都是萬曆皇帝在立太子一事上的拖延猶豫造成的。原來，萬曆皇帝的正宮娘娘王皇後雖然十分賢惠，卻一直沒有生育。讓人想不到的是，萬曆的長子朱常洛卻是他在一個偶然的機會和一個姓王的宮女生的，對此萬曆本人早就忘了個一幹二淨。這個王姓宮女原是在慈寧宮服侍太後的婢女，有一次萬曆去看望太後時，偶然興起就和她有了瓜葛，結果不久就懷上了孩子，所以當太後告訴萬曆這個宮女懷有他的孩子時，他矢口否認。但是皇宮中對皇帝的一言一行都十分重視，每天都會有專人作起居錄記錄皇帝今天幹了什麼事情。將當天的記錄拿出來，對證之下，萬曆皇帝不得不承認有這個事情，卻因為不喜歡這個宮女，也連帶著並不喜歡這個長子朱常洛。
但不管怎麼說，在母憑子貴的傳統觀念下，王宮女最終被封為恭妃。而按照傳統的皇位繼承法，雖然這個宮女出身不高，但皇位的繼承是立嫡立長，即皇後有子的話就以皇後的兒子為太子，如果皇後無子的話，就以妃嬪生育的庶子中的長子為皇位繼承人。因此，長子朱常洛就被視為皇位繼承人，得到了太後及群臣的認可。對此，萬曆本人起初也沒有反對，朱常洛的皇位繼承人身份在剛出生的頭幾年，也十分鞏固。
這種情況到了萬曆十四年皇三子朱常洵出世後，發生了變化。原來皇三子朱常洵的母親鄭貴妃是萬曆最寵愛的妃子，她因為生下了皇三子，被封為皇貴妃，地位比生下皇長子的王恭妃還高，這樣一來引起大臣們的不滿，他們認為這不符合禮法，鄭貴妃的地位不應該高於生下皇長子的王恭妃。大臣們不僅私下議論紛紛，還為此專門上奏折議論此事，要討個說法。恰巧在此時，宮中又傳出，皇帝與鄭貴妃有了秘密約定，許諾要將皇位傳給皇三子。這樣更引起了大臣們的擔心和議論，紛紛上疏要求早點將皇長子朱常洛的太子地位明確下來。對此，萬曆皇帝既想改立皇三子，但礙於大臣們的阻力太大，又不能不考慮，況且太後也反對。為了避免兩邊都不好交待，就將大臣的奏章統統“留中”，就是既不答複也不發還，想拖些時候再說。於是，在太後、大臣和皇帝與鄭貴妃之間就形成了長達十多年的建儲之爭，立太子的事就這麼拖了下來。時間一年年過去，萬曆皇帝已經40歲了，眾大臣鍥而不舍，要求立太子的奏章越來越多，眼看著再拖下去是說不過去了，萬曆皇帝隻好立朱常洛為東宮太子，這時朱常洛已經20歲了。