這就是曆史上著名的“焚書坑儒”事件。這次事件的原因，是由於討論是否分封的問題引起的，無論是主張分封還是反對分封的大臣，都是為了秦王朝的長治久安，他們並無根本利益上的對立。李斯借題發揮，終於釀成焚書坑儒的慘禍。另外，這也不是沒有其它的緣由。秦國自商鞅變法以來，一直以法家理論作為治國的指導思想。秦始皇一統天下之後，把主要精力放在建立中央專製政權方麵，劃定全國疆域，統一文字度量衡，修築長城等，對文化思想方麵很少注意。淳於越以儒家思想為秦始皇出謀劃策，不利於秦的中央集權統治。而善於領會秦始皇意圖的李斯，為了打擊儒家勢力，鞏固統一政權，不失時機地提出了焚書的主張，並很快發展到坑儒的嚴重局麵。
“焚書坑儒”事件，本來是一樁甚為簡單的曆史舊案。但古今人物對此卻議論紛紛。其實，這一事件的出發點在於實現思想統一，這本是所有統治階級鞏固統治的自然要求。尤其對於鞏固剛剛締造的多民族的統一國家有重要作用。但用誅殺知識分子，毀滅曆史和文化的專製主義來達到統一思想的目的，卻不能不說是政策上的重大失誤。這對中國古代文化是一次嚴重的摧殘，而且其危害遠遠超出意識形態領域鬥爭的範圍。企圖用高壓手段強製人們隻尊奉一種思想，顯然是達不到目的的，甚至適得其反。這種愚民政策可以愚民於一時，不能愚民於長久。它必將激起人民群眾更為激烈的反抗。焚書坑儒這種文化專製主義不但不能鞏固封建專製政權，反而成為加速秦王朝滅亡的一個重要原因。
勾心鬥角立秦二世
到秦始皇晚年，李斯已位居丞相高位。如果說，在做丞相之前，李斯的一切努力都是為著獵取富貴功名，那麼，位極人臣之後，他的一切努力又都是圍繞著保持這種權勢和富貴了。此時的秦始皇，對於李斯一味的阿諛奉承並不感謝。相反，他對李斯也時刻提防，頗多疑忌。
大概是怕人刺殺自己，始皇的行蹤不定，鮮為人知。一次，他去梁山宮時，從山頭上往下望，隻見丞相的車馬隨從甚盛，心中很不高興。有一侍從宦官把這事偷偷告訴李斯，李斯很害怕，馬上將車馬隨從大大減少。秦始皇得知後大發雷霆，認為是內侍把他的話泄露了出去。於是嚴刑逼供，但無人招認，在毫無結果的情況下，秦始皇把身邊的內侍統統殺掉。這時的李斯也是誠惶誠恐，日子自然也不好過。他非常清楚，秦始皇既可使他位極人臣，也可以使他血染黃泉。當時，李斯的長子李由為三川郡守，領兵在外，鎮撫一方。其他的兒子都娶了秦公主為妻，女兒們則盡嫁皇族公子。一次李由告假回家，李斯在家設宴。滿朝文武聞訊紛紛趕來“祝壽”，車水馬龍，絡繹不絕。此情此景，使李斯大發感慨：“荀卿常說‘物禁太盛’，任何事物發展到極點，就會向反麵轉化。我原是一介布衣，今天卻做了丞相，可以說是富貴到了極點。天下事是盛極而衰，我今後的前途吉凶未卜啊！”
統治階級內部的勾心鬥角，已在李斯身上逐漸露出悲劇氣氛了。從此以後，李斯在秦始皇跟前更加謹慎從事。因此，李斯在秦始皇時代一直寵信未衰。秦始皇幾度出巡全國，李斯總是不離左右。而且每到一地，無論是泰山封禪，或巡視隴右，據說所有刻石的書法文章都出自李斯之手。這不僅是因為李斯文采出眾，更重要的是顯示了他是秦始皇的寵臣。
秦始皇三十七年，秦始皇最後一次到東方巡遊。隨從秦始皇身邊的除丞相李斯外，還有中車府令趙高和秦始皇的少子胡亥。據說秦始皇有二十多個兒子，一直沒立太子。大兒子扶蘇因對父親“焚書坑儒”等政策犯顏直諫，被派到北方邊境上蒙恬的軍營去做監軍，其他兒子也都未能隨行。
十月，巡視隊伍從鹹陽出發了。在南方巡遊一大圈之後，又乘舟渡海到了琅琊（在今山東膠南縣境內），再折而西行。由於旅途勞頓，車駕在返回途中行至平原津（今山東平原縣）時，秦始皇突然身染重疾。隨行的大臣們眼見皇帝病情日漸加重，內心都為未定太子而惶惶不安。可是由於秦始皇平時最忌諱一個“死”字，所以大臣們都不敢提醒皇帝。次年七月，皇輿西還至沙丘（今河北廣宗縣西北），秦始皇病情惡化，生命垂危。這裏離秦都鹹陽尚有兩千裏之遙。此時，秦始皇才感到死神的逼近，自歎將要撒手人寰，隻得盡力支撐著虛弱的病體，命趙高代詔，賜公子扶蘇書信。其大意是：將邊事悉交蒙恬，速赴鹹陽料理喪葬。實際上是讓他回京主持喪禮，繼承皇位。但書信在趙高手中尚未發出，秦始皇就突然死去了，終年50歲。
開國帝王的暴死往往引起舉國慌亂，何況秦始皇死在巡遊途中，生前又未及確立太子。為防止意外事變，這一消息被嚴密封鎖，隻有李斯、趙高、胡亥和少數貼身侍從知道。李斯將秦始皇的屍體安置在一輛簾幕低垂的車中，表麵上一切如故。車內置一親信宦官作替身，在百官奏事時代為應答。回京路上，因為天氣酷熱，屍體腐爛發臭。李斯命令同車載上一些鮑魚，以腥亂臭，等回到京師鹹陽，方才正式發喪。但就在回京路上，爆發了一場曆史上罕見的宮廷政變。