四月十三日，清軍抵達遼河。明山海關總兵吳三桂遣人至清軍，報告農民軍攻陷北京的消息，並向清軍乞援，當此形勢突變之時，多爾袞顯示了驚人的應變能力。他沒有絲毫遲疑，而是立刻改變策略，接受了臨行前大學士範文程的建議，把農民軍當成主要敵人。他又征詢洪承疇的意見，洪承疇除同意範文程的建議之外，還著重指出，應派先遣官宣布，這次進軍的目的，就是為了掃除逆亂、消滅農民軍，有作內應及立大功者，將破格封賞。為了爭取時間，應計算裏程，精兵在前，輜重在後，限以時日，直趨北京。
十九日，清軍到達翁後，吳三桂再次派遣副將楊坤致書多爾袞。多爾袞正式複信吳三桂，表示對“崇禎帝慘亡，不勝發指”，聲稱這次出兵的目的是：“率仁義之師，沉舟破釜，誓必滅賊，出民水火。”並且一定要做到“唯底定中原，與民休息而已”，明確表示要統一中國才肯罷休。同時又拉攏吳三桂說：“伯（吳的爵位）思報主恩，與流賊不共戴天，誠忠臣之義，勿因向守遼東與我為敵，尚複懷疑。伯若率眾來歸，必封以故土，晉為藩王。國仇可報，身家可保，世世子孫，長享富貴。”儼然以全國最高統治者自居。以這封信為標誌，清政權徹底改變了打擊目標，由反明改為進攻李自成農民軍。
四月二十一日，清軍一晝夜行軍二百裏，至昏黑時在距山海關15裏處安營。當天，李自成親率二十餘萬大軍到達山海關，將吳三桂部包圍於關城之內，並開始了奪關激戰。吳三桂自知不敵，屢屢遣使向清軍告急。多爾袞與多鐸、阿濟格計議後，仍不敢輕信吳三桂，故當夜清軍“披甲戒嚴，夜半移陣”。李自成與吳三桂激戰的隆隆炮聲徹夜不止。
二十二日淩晨，清軍進迫吳門五裏許，吳三桂見清軍至，遂炮轟大順軍，率諸將十餘員直馳清營，拜見多爾袞。多爾袞在軍前將吳三桂晉爵為平西王，樹立了一個給明朝降將加官晉爵的樣板。多爾袞令吳三桂先行，開關迎降，多鐸與阿濟格分率勁兵馳入關門，多爾袞自統大軍繼入。複以吳三桂作右翼先發，出關敵李自成。李自成自知邊兵強勁，成敗在此一舉，揮軍與吳三桂死戰，但清軍卻蓄銳不發。及午，多爾袞見吳三桂不支，乃命三吹角，三呐喊，派多鐸、阿濟格率鐵騎數萬從三桂陣右出，直衝敵陣，發矢數巡後，但見刀光閃爍。是時狂風大作，一陣黃埃自近而遠，直撲大順軍陣，農民軍敗潰。僅一食之頃，戰場空虛，積屍相枕，彌滿大野。是役，劉宗敏負重傷，李自成收敗兵急忙退回北京。
在李自成大軍被擊潰之後，多爾袞下令關內軍民皆剃發。並諭令全軍，“今入關西征，勿殺無辜，勿掠財物，勿焚廬舍，不如約者罪之。”又在進軍途中四處張貼安民文告：“義兵之來為爾等複君父仇，非殺爾百姓，今所誅者唯闖賊。官來歸者，複其官；民來歸者，複其業。”這就完全改變了以往清軍數度入關到處燒殺搶掠的野蠻做法，使得關內的官兵百姓紛紛歸順。這樣，清兵每日奔行一百二三十裏，未遇任何抵抗，五月初一日便到了通州。在這前一天，李自成已滿載輜重，放棄北京，向西撤去。
五月二日，明朝的舊官出北京朝陽門外五裏，以帝王之禮迎接多爾袞。多爾袞升座武英殿，正式接受明朝降官降將的拜謁。
進入北京之後，多爾袞的同母兄阿濟格提出，“初得遼東，不行殺戮，故清人多被遼民所殺。今宜乘此兵威，大肆屠戮。”這個建議遭到了多爾袞的斷然拒絕。多爾袞繼續采納漢官範文程、洪承疇等人的建議，不失時機地采取了一係列籠絡明朝士人的措施，為崇禎帝發喪，以帝禮葬之。同時將周後、袁貴妃、熹宗張後、神宗劉貴妃等，“喪葬如製”。改變對明王室的態度，規定“故明諸王來歸者，不奪其爵”。有一個明廷宗室來投誠，受到歡迎，後來還讓他作了保定知府。表彰明朝“殉難”諸臣，照舊錄用故明各衙門官員，對一些有影響的人還加以重用，如馮銓、陳名夏等明朝降官，都任命為大學士或尚書，對降官穿戴明朝衣冠也暫不加限製。七月，山東巡撫朱朗嶸向他請示，新補官吏能不能仍以紗帽圓領的明朝官服“臨民蒞事”，多爾袞說，目前軍事方殷，衣冠禮樂未遑製定，近簡各官，姑依明式，對明陵采取保護措施。八月，派大學士馮銓“祭故明太祖及諸帝”，又“以故明太祖牌入曆代帝王廟”，還規定“明國諸陵，春秋致祭，仍用守陵員戶”。申嚴軍紀，取悅百姓。
當時，多爾袞把多數清軍留在城外，“凡軍兵出入城門者，有九王標旗方得出入”。規定“軍兵出入民家者，論以斬律”。對於清軍中一些違反禁令者，則“悉置重典”。所有這些做法，都是為了收買人心，即範文程說的：“治天下在得民心。士為秀民，士心得，則民心得矣。”事實證明，這些辦法確實起到了籠絡明朝士大夫和安定民心的作用。當時隨清軍入關的朝鮮人就指出，“九王入關之初，嚴禁殺掠，故中原人士無不悅服”。這對清朝統一中國有著很大的影響。
清軍入關後，對於清朝應否建都北京，要不要統一中國等問題，在滿洲貴族內部有著激烈的爭論。當時，由於到處是戰火，漕運不通，北京一帶“公私儲積，蕩然無餘，芻糧俱乏，人馬饑餒”。而這時的關外則是“禾稼頗登”。因此，八旗官兵“皆安土重遷”，對於立即移居北京多有怨苦者。在這內外交困的時候，五六月間又謠言四起，“有訛傳七八月間清兵東遷者”，“將縱東兵肆掠，盡殺老壯，止存孩赤”。在這種形勢下，多爾袞的同母兄八王阿濟格就主張，將諸王留下來鎮守北京，而大兵或者還守沈陽，或者退保山海關，這樣才無後患。對於這樣一個直接關係到清朝命運的戰略問題，多爾袞非常堅定，他駁斥說：既得北京，“當即徙都，以圖進取”中原，統一中國。特別是在目前人心未定的情況下，更不可棄而東還，動搖人心。他堅定表示：“燕京乃定鼎之地，何故不建都於此而又欲東移？”