三個月之後，李鴻章奉慈禧之命與日本簽訂了《馬關條約》。這項割地賠款的賣國條約，激起了全國圖存救亡的浪潮。這時，對珍妃的禁令已經解除，光緒帝又把她召到身邊共商大事。接著，光緒帝起用了康有為、譚嗣同等人，實行變法維新。以慈禧為首的頑固派被迫表麵讚同，背後卻大肆抵製破壞，隨時準備廢掉光緒帝。
後來，因為袁世凱的出賣，光緒帝擬對慈禧實行“兵諫”的計劃敗露。慈禧決定先捕殺康有為等主張變法的人。動手之前，她以陪她“遊園”為名把光緒帝、珍妃騙到頤和園軟禁起來，割斷他們同變法派的聯係。珍妃知情以後，建議光緒帝寫一密詔，叫康有為等火速離京避禍。但他們被慈禧拉著“遊園”，脫身不得。為了贏得行動的時間，慈禧在“遊園”之後，又留下光緒帝和珍妃在排雲殿“教他們雕葫蘆”。估計時間差不多了，慈禧遣散了其他人，單留下光緒帝和珍妃、李蓮英。
慈禧突然厲聲說道：“今有一人大逆不道，要毀我江山社稷，我要你立即革職拿辦！”
光緒帝一聽大驚，忙問：“誰呀？”
“康有為！”慈禧指著光緒帝說：“你馬上親寫一道密令，蓋上玉璽，叫部兵統領急速捉拿康有為，交我親自治罪！”
光緒帝不覺打了一個冷戰，但他見珍妃點了一下頭，便答應道：“是！”
慈禧拿到密令，吩咐光緒帝、珍妃在原地等候，她去辦件事就回來，光緒帝知道她是發令去了。
慈禧剛跨出門，珍妃要光緒帝把給康有為的密詔給她。她剛拿過藏好，李蓮英就回來了。珍妃迎上去微笑著說：“李總管，你看皇上的衣服全濕了，快去取件幹的來換換。”
“這個——”李蓮英想賴著不走。
“快去，你沒看見我冷得發抖嗎？”光緒帝喝道。
李蓮英鬥不過，隻得去找王商。李蓮英一出門，珍妃迅速用雕刀把葫蘆切開一個三角口，把密詔封好裝進去，再封好。這時王商跟著李蓮英進來。
“王商，皇上衣服濕了，快去玉瀾堂取幹衣服來換。”
王商轉身要走，珍妃又讓他把太後賜的葫蘆帶回，她回去要好好練雕葫蘆。王商接過葫蘆、刻刀出門，李蓮英想跟上去檢查，珍妃卻叫他去給皇上拿鮮藕。慈禧不在，他不敢公開對抗皇上，隻好去拿。
王商察覺到光緒表情很緊張，便琢磨著珍妃讓他帶葫蘆的含義。他仔細檢查了一遍，發現了三角口，於是揭開，取出密詔，立即送給在東宮門等候皇上接見的林旭。林旭知道事急，不及多問就馳回京城的南海會館。康有為得詔，馬上趕乘去天津的火車，第二天坐英國輪船重慶號去了上海，再由上海逃到了香港。等李鴻章奉了慈禧的密令趕到南海會館時，康有為、梁啟超都已經走了。
慈禧帶人從頤和園回到皇宮，一見光緒帝就破口大罵。侍立在一旁的珍妃看到事情已經發展到難以挽回的地步，毅然跪下說：“太後，皇上並無罪過，即使有，也懇求明白指出，不應任意辱罵。”
“閉嘴，沒有你說話的份兒：罵？我還要廢掉他！”
“皇上是天下人的君主，不是太後私有，豈能隨便廢黜！”
珍妃理直氣壯地頂撞，氣得慈禧暴跳起來，她撲向珍妃，揪住她的頭發，拳打腳踢，口裏罵道：“混帳東西，還沒有同你算賬，你倒教訓起老娘來了！”
珍妃直挺挺地跪在地上，任慈禧打罵，不動，不吭。
慈禧打罵累了，叫喊道：“把這妖精關進黑屋，嚴加看管。”
幾個衛士抓起珍妃就走，珍妃掙紮著，不斷回頭呼喊：“皇上，要保重……”
慈禧第三次垂簾聽政，光緒帝被囚禁在慈寧宮旁的偏殿裏，後來又囚在瀛台，維新派的人物遭到了殘酷鎮壓。
聯軍破城珍妃被殺
珍妃在景仁宮關了一段時間，慈禧想進一步親自折磨她，看著她在肉體、精神上受苦，便令珍妃去“伺候”她。每天給她端茶送水，鋪床疊被，抹桌擦地，如同奴仆，還不時斥責辱罵。為了保護光緒帝平安，這一切她都忍耐著，有時被太後打得昏死過去，也一聲不吭。
不久，珍妃被重新禁閉在“北五所”。這裏原來是藥房，長期棄置不用，破舊荒涼，院內蓬蒿叢生，鼠兔出沒，珍妃的住房陰暗潮濕，黴氣熏人；床上隻有單薄的被褥。她穿的是破爛衣裳，吃的是粗茶淡飯。李蓮英每天還奉慈禧的旨意來對著麵數落她的“罪行”，詈罵淩辱她。這一切她並不在意，她最揪心的是光緒帝和國家的安危。
囚在瀛台的光緒帝當然也在為珍妃擔心，但一水之阻，如在天涯。後來，他從王商口裏得知珍妃囚在“北五所”，就托王商以瑾妃的名義給珍妃送糖果。珍妃見糖果的商標是英文，知道這一定是皇上送來的。她打開糖盒，果然看見光緒寫的一封信：“朕住瀛台，一切均好，萬望愛妃保重！”珍妃頓時熱血沸騰，淚下如雨。看守珍妃的老太監同情珍妃的不幸遭遇，便同王商一起為他們暗通信息。