森喜朗麵對民眾的不信任，和內閣支持率的不斷下降，終於在2000年6月決定解散眾議院重新進行大選。但大選和眾議院不同，它體現的是民意，在民眾根本不信任森喜朗是正統的情況下貿然進行大選，結果可想而知。
結果自民黨議席大減，特別是在東京、大阪、愛和等大城市更可以說是慘敗。但是，由於眾議院的總席位由於政改也減少了，所以自民、公明和自由三黨議席還是維持了過半數，森政權得以為繼。
通過這次選舉，自民黨產生了危機感。首先他們很清楚，無黨派人士大多把票投給了民主黨，而自民黨仍大力展開一公共事業和政府補助金換取選票的拉攏方式展開競選，曆史證明這樣一味靠“魚餌”拉選票的方式已經是窮途末路了。
森喜朗內閣因此決定修改參院選舉製度，一方麵減少比例區議員的定額，並強行通過將以往在選票上隻填寫黨名的投票方式改為同時填寫黨名和候選人名字的“非拘束名簿方式”，這種做法對執政黨更有利。
但即便進行了這樣的強勢政改，可是森內閣還是很快出現了新的問題。
森內閣的官房長官中川秀直因為性醜聞案，不得不辭職，其後森內閣的支持率一下子跌到了百分之十幾。其後，自民黨內部也出現了內訌，反主流派成員們在在野黨提出對內閣不信任案表決的時候，竟然缺席，這嚴重動搖了森內閣的統治基礎。
為了加強中央集權，森喜朗在2001年1月1日，對日本中央省廳進行了整編，為了充分發揮首相的權力，還成立了內閣府，並在新內閣法中明確寫入了首相在內閣會議時的動議權。製定預算基本方針的大權也改由設在內閣府內的“經濟財政谘詢會議”掌握，首相擔任了這個會議的議長，成員包括了民間的財界人士和有識之士。作為官僚機構象征的大藏省被改名為財政省，權限被大幅縮小。同時，成立了國土交通省和總務省等規模巨大的省廳。還實現了任命政治家為各省廳的副大臣、政務官，試圖以政治主導政策的製定取代原來的官僚主導體製。
中央集權確實可以在執政效率上大大提高，但是前提是領導人必須遇到一個才能出眾，可以最大限度統帥全局的全能型政治家。如果這個國家的領導人是個小兒科，那麼中央集權的結果就是越管越亂。
森喜朗雖然建立了政治主導體製，卻在經濟方麵的結構性改革中停滯不前，國民看不到任何成果而感到失望。同樣沒有進步的還有教育改革，就連森喜朗最擅長的科教事業都沒有發展，可想而知民眾對森內閣會是一個什麼樣的態度。
作為日本經濟晴雨表的美國經濟突然出現下滑，致使剛剛回暖的日本經濟再次陷入低穀。而森內閣通過公共投資刺激經濟的政策卻造成了財政赤字的不斷擴大。森喜朗不懂經濟，隻好在如此窘境下又把財政大權交還給了財政省處理。
按說，這樣的窘態，換作其他的首相也早就辭職了，但是森喜朗堅持了，當然有一種堅持叫做一意孤行。
後邊的新聞幾乎都是負麵的。
外務省機要費問題和中小企業經營者福利事業團等相關醜聞曝光，自民黨在參院的龍頭老大參院議長村上正邦被捕，自民黨為了網絡黨員和企業實體間的金錢關係被暴露出來。
2月，在夏威夷海域發生了美國核潛艇撞沉日本漁業實習船“愛媛丸”事件，當森喜朗知道事故中有許多高中生失蹤時，他竟然繼續再打高爾夫球。
這件事成為了他最終下台的決定性事件，輿論批判森喜朗缺乏危機管理的意識，作為首相毫無同情心和責任感。
森內閣的支持率跌至10%以下，在2001年夏進行的參院選舉和東京都議會選舉中，自民黨地方組織及黨內，甚至聯合執政的公明黨一齊發難，提出了“如果再以森喜朗為總裁就無法進行選舉”的呼聲，這一次森內閣終於走到了盡頭，真可謂是萬事皆休。
然而森喜朗卻在下台前，做了他最後一件事，又是一件任性妄為的事。他不顧外務省反對，給“台灣”“前總統”李登輝發了簽證，讓他可以來日本避難，這也是森喜朗最後一次發揮它的元首指導力了。