奪得王位
賈漢吉爾去世的時候，沙·賈漢正在德幹地區。雖然在他的兄弟中，胡斯勞和巴爾維茲已經去世了，但是他還有一個兄弟沙爾亞爾王子，當時這位王子正在北方，而且受到了其嶽母努爾·賈漢皇後的支持，因而在爭奪王位時處於有利的地位。
果然，賈漢吉爾一去世，沙爾亞爾王子就立即在努爾·賈漢的幫助下，在拉合爾稱帝了。但是沙·賈漢這邊也毫不示弱，他這裏有妻子穆姆塔茲·馬哈勒的父親阿薩夫汗的得力相助。阿薩夫汗在關鍵的時候使用了一個很巧妙的計謀，他一方麵給沙·賈漢送信，要他馬上北上。同時，為了攪亂局麵，不讓沙爾亞爾稱帝成為既成事實，他就把達瓦爾·巴赫什王子推上了王位，這位臨時用於攪局的達瓦爾·巴赫什王子就是已故的胡斯勞王子的兒子。阿薩夫汗把這一切安排完之後，又爭取到了王朝軍事統率伊拉達特汗的支持，這位軍事統率站到自己陣營一邊之後，阿薩夫汗就率軍向拉合爾進攻，並且一舉打敗了沙爾亞爾的軍隊。
阿薩夫汗把沙爾亞爾抓住後，就殘忍地把他的眼睛弄瞎了，讓他永遠失去了做皇帝的能力。當沙·賈漢從南印度德幹地區匆匆趕到阿格拉後，阿薩夫汗已經基本把事情給處理好了，於是，沙·賈漢就在1628年2月宣布成為皇帝。不久，就把達瓦爾·巴赫什王子送進了監獄，隨後又把他釋放並送往波斯，這位可憐的人隻好在波斯那裏，依靠著波斯王給予的養老金度日。
沙·賈漢的陣營中，阿薩夫汗和馬哈巴特汗都是非常受信任的大臣，因此，沙·賈漢即位後，他們就被授予了重要的職務。阿薩夫汗被任命為帝國的首相，馬哈巴特汗被任命為阿傑米爾的總督。
沙·賈漢即位之後，馬上就大顯身手，比較容易地平定了兩場叛亂。一次是即位的第一年，本德拉地區的酋長比爾·辛格·本德拉的兒子朱恰爾·辛格發動的叛亂，另外一次叛亂是德幹地區的前任副王，一個擁有很大權勢的名為汗·賈漢·洛迪的阿富汗人在即位的第二年發動的。
對付本德拉人的叛亂沒有費多大的力氣，他們很快就被王朝的軍隊打敗了，叛亂隊伍被打散後退入了山區。不過王朝的軍隊在山區的清剿行動卻極為費勁，本德拉人就依托山區多變的地形地勢與王朝的軍隊抗衡著，雖然後來終於還是被徹底打敗了，但也迫使莫臥兒人付出了很大的代價。
比起本德拉人更難對付的是汗·賈漢·洛迪的叛亂，他並不像本德拉人那樣勢力單薄，為了使自己更強大，更能抗擊莫臥兒人，他與艾哈邁德納加爾的尼紮姆王朝統治者尼紮姆-烏勒-穆勒克結成了聯盟，另外還爭取到了一些馬拉塔族和拉其普特族的支持。他們的努力就是要把莫臥兒王朝在當地的勢力清除出去，恢複以前阿富汗人在這裏的統治。沙·賈漢也看到了這一點，他決不讓汗·賈漢·洛迪在德幹地區把獨立之火點燃起來，立即派出一支精銳的部隊，由他非常信任的將軍率領前去鎮壓叛亂。
已經得到了許多方麵支持的汗·賈漢·洛迪信心十足，但是和莫臥兒王朝的軍隊一交戰，他才發現情況與預想的完全不是一回事，他所集結起來的完全是一群烏合之眾。在敵人的強大攻擊之下，他的親友陣亡了，他的盟友們背叛了，他本人也被王朝軍隊追得四處奔逃，在與對方進行了三年的殊死周旋之後，汗·賈漢·洛迪最終還是在卡林賈爾北部地區被消滅了，他和他的家人也一起被處死了。
對葡萄牙人的戰爭
1579年前後，西方來的葡萄牙人已經在孟加拉站穩了腳，並且很快在胡格利地區建立起巨大的城鎮，慢慢地鞏固了他們在印度的據點。但是葡萄牙人越來越不滿足於開展商業活動，他們的膽子越來越大，不但向印度商人勒索捐稅，使莫臥兒王朝的稅收受到重大損失，而且開始幹起了販賣奴隸的事情。他們還誘拐了很多印度教、伊斯蘭教兒童，讓他們改信基督教。放肆的葡萄牙人後來竟然抓走了皇後穆姆塔茲·馬哈勒的兩個女奴，這些消息傳送到沙·賈漢的王廷後，把這位莫臥兒皇帝深深地激怒了。於是，他任命卡西姆·阿利汗作為孟加拉總督，並責成他負責懲辦那些做壞事的葡萄牙人。
卡西姆·阿利汗對葡萄牙人也是非常反感，現在有了皇帝的授權他很高興，到孟加拉上任之後，他就調集軍隊，向胡格利的葡萄牙人發動了進攻。1632年6月24日，卡西姆·阿利汗的兒子率領了一支軍隊把葡萄牙人占據的胡格利給包圍了起來。在印度，葡萄牙人沒法得到援助，三個月以後胡格利就被印度人給攻下來了。胡格利的葡萄牙人大量地被殺死，被俘獲的大批葡萄牙人則作為俘虜被押送到阿格拉。
坎大哈回不來了
印度西北部邊境地區對於王朝的穩定是很重要的，而坎大哈在西北地區則是一個中心重鎮，如果失去了坎大哈，王朝西北邊境地區的狀況就不那麼穩固了。同時，在波斯人的眼中，坎大哈在經濟方麵和政治方麵的戲份也是很重的。出於這個原因，波斯人和莫臥兒人在坎大哈的所有權上進行了多次的爭奪，這個城市也數次易手。
現在坎大哈到了波斯人手裏，沙·賈漢就決定攻取坎大哈。首先，他通過談判，成功地誘使坎大哈的波斯總督阿利·馬爾丹汗承諾不再忠於波斯王，並且說服他把坎大哈交給印度人。為了金錢，阿利·馬爾丹把坎大哈交給了沙·賈漢，使莫臥兒王朝沒動兵馬就成功地實現了戰略目的。
雖然很巧妙地得到了坎大哈，但莫臥兒人卻沒有能長久地守住它。1648午8月，波斯的沙·阿拔斯二世準備在冬季發兵襲取坎大哈，波斯王的想法是因為冬季下雪，將會給莫臥兒從印度調兵增援時造成困難。而莫臥兒的大臣們分析的與正好與波斯王一致，但作出的結論卻是相反的，他們給沙·賈漢提出的建議是把反擊波斯人的戰鬥放到冬季過後進行，因為在冬季進攻會有許多不易克服的困難，這些困難不利於波斯人奪取坎大哈也不利於印度人增援坎大哈。
於是，印度人就沒作什麼準備，而波斯王卻克服了隆冬天氣帶來的缺乏給養等困難，在1648年12月16日向坎大哈發起了攻擊。
1649年2月11日，頂不住波斯軍隊攻勢也得不到救援的莫臥兒守軍投降了，坎大哈的印度總督道拉特汗獻出了這座城市。
沙·賈漢得知坎大哈失去的消息後很懊惱，但他聽從了大臣們的建議沒有立即發兵，而是待冬季過後，到了5月初的時候，才派奧朗則布王子與王朝首席大臣薩杜拉汗一起指揮收複坎大哈作戰。莫臥兒軍隊出兵雖晚，但軍隊規模卻不小，他們作了充分的準備後，向坎大哈發動了進攻。但是人家波斯軍隊事先也作好了更充分的部署，早就以逸待勞，加強了坎大哈城的防禦和機動反擊力量。果然，莫臥兒軍隊沒有攻下坎大哈，王子和首席大臣空手而歸了。
沙·賈漢當然知道坎大哈的重要性，所以不肯輕易放棄奪回坎大哈的計劃。又經過了三年的充分準備後，1652年，沙·賈漢再次派出了一支配備有重型攻城裝備的強大遠征軍，仍然由奧朗則布和薩杜拉汗二人率領，氣勢洶洶地殺向坎大哈。而沙·賈漢本人則坐鎮喀布爾，安排這場戰爭的後勤給養事宜。1652年5月2日，沙·賈漢的軍隊把坎大哈給團團圍住了。他們使用火炮猛轟坎大哈城，希望把波斯人的防禦陣地打開一個缺口。但是他們的大炮效能不高，集中火力猛攻也沒能打開缺口，而波斯人卻可以使用火力更強的炮火向他們反擊。見久攻不下，沙·賈漢隻好下令放棄攻勢，打道回府，這次莫臥兒軍隊又是一無所獲。
1653年，沙·賈漢派出他的大王子達拉·舒科第三次攻取坎大哈。沙·賈漢非常信任達拉·舒科，他還曾授予過達拉·舒科“命運高貴之王”的稱號。但達拉·舒科的這次進攻與他弟弟奧朗則布一樣倒黴，同樣是無功而返。
沙·賈漢在位期間為了收複坎大哈，組織了多次戰役，損失了許多士兵的性命，花費了相當於王朝半年的財政收入，卻一無所獲，還是永遠地丟掉了坎大哈。
沙·賈漢的中亞之夢
沙·賈漢也像他的父親賈漢吉爾和祖父阿克巴一樣，對祖先在中亞的老家總是念念不忘，在夢中也想奪回那裏的領土。到了沙·賈漢這一代仍然試著繼續在中亞的冒險，不過很遺憾還是以失敗而告終了。
實際上，動員起一支龐大的軍隊穿越巍峨的興都庫什山，其困難是相當大的。而且這樣風險很大的計劃，對於莫臥兒帝國除了故土情懷，還能帶來多少收益呢？後世的學者說，沙·賈漢之所以想進攻中亞巴布爾起家之地，是因為“他統治時期的繁榮昌盛以及手下大臣的阿諛餡媚，衝昏了他的頭腦”。
1646年，由於奧克蘇斯河地區的統治家族內部爆發了衝突，看上去在形勢上對於向那裏發動軍事進攻很有利，沙·賈漢就讓穆拉德王子和阿利·馬爾丹將軍率軍，攻占了被包圍在興都庫什山與奧克蘇斯河之間的把力黑、八答黑商兩個地區。位於中亞的這兩個地區占領容易，可是要鞏固這兩個地區就需要克服不少的困難才行。這裏的條件可比不上印度舒服，穆拉德王子就是由於厭惡中亞的氣候和其他困難，才違背了沙·賈漢的意願返回印度的，為此他失去了沙·賈漢的信任。
後來，薩杜拉汗被沙·賈漢派到把力黑，薩杜拉汗到達後加強了那裏的防禦，使局麵得以好轉。第二年，沙·賈漢又派遣了奧朗則布王子率領另一支軍隊去把力黑，加強王朝在那裏的軍事力量。但是，那裏的烏茲別克人不願意生活在莫臥兒人的占領之下，為了自由，他們組織起一場全民抵抗運動，發誓要趕走印度人。
奧朗則布王子沒想到當地民眾這麼不給麵子，他隻好布置軍隊，想以強大的武力壓服那些反抗者，可是王子的努力沒有收到效果，相反他和他的軍隊卻被搞得焦頭爛額，被當地人給折騰得疲憊不堪後，不得不撤回印度。
沙·賈漢在中亞的幾次戰役，沒有得到什麼好處，反而讓莫臥兒王朝遭受到了巨大的損失。在戰場上，沙·賈漢在兩年之內花費了4000萬盧比，卻隻從被征服地區獲得到225萬盧比的收入。最後沒有占領到一星半點兒的領土，也沒有在占領區培養出來一個同盟者。
針對德幹諸國的戰爭
沙·賈漢所指揮的在坎大哈和中亞方麵的戰役，是一無所獲的，但王朝在南方德幹地區的攻勢還是比較有成效的。沙·賈漢的政策是繼續了他的祖輩在南方的擴張征服活動。阿克巴時代，王朝的軍隊隻是征服了坎德什和貝拉爾的一部分，而賈漢吉爾的征服卻被艾哈邁德納加爾給挫敗了，比賈普爾和高康達一直也是獨立著。沙·賈漢即位之後就著手準備發動對德幹地區的征討，他要讓莫臥兒王朝在南印半島上取得完全的勝利。
南方地區艾哈邁德納加爾王國由於與莫臥兒的南部邊界相鄰，所以也就經常直接麵對著莫臥兒人的武力威脅。在賈漢吉爾時代使艾哈邁德納加爾免受莫臥兒占領的救星是馬利克·阿姆巴爾，但是這位能人已經於1626年去世了，他去世之後這個王國就處在了瀕臨滅亡的境地。其原因就是王國的蘇丹與大臣法特汗發生了糾紛，而這個法特汗就是馬利克·阿姆巴爾的兒子。老子是英雄兒子卻是混蛋，法特汗沒有像他的父親一樣力挽狂瀾，而是在莫臥兒大軍壓境的情況下，把王國搞得烏煙瘴氣。就這樣，沒有幾年的時間沙·賈漢的軍隊就控製了艾哈邁德納加爾王國。
帕倫達屬於艾哈邁德納加爾王國，是一個非常堅固的要塞，還沒有被莫臥兒軍隊攻下來。1630年，莫臥兒人繼續對這裏發動進攻。處於國家即將滅亡的情況下，法特汗還在與尼紮姆-烏勒-穆勒克蘇丹爭執，到後來他幹脆出賣了他的國家，私下與莫臥兒將軍開展談判，為了保護自己，他答應了對方的要求，秘密地除掉了他的主子，然後他把蘇丹十歲的兒子胡賽因沙扶上了王位。