1926年，方玉遭聖欽法師驅逐，昌圓法師來大慈寺主持八個月寺務。
1927年，宗理複任大慈寺方丈。
1932年，川軍師長馬德齋部占領大慈寺，甚至侵占大慈寺在和尚街的寺產，對大慈寺有不少破壞。寶光寺無窮和尚代理大慈寺主持，並任四川省佛教會整理大慈寺委員會主任委員。
1933年，鑒於大慈寺被馬部占領的危情，大家公推聖欽繼無窮和尚於臘月初八（1933年1月3日）升任大慈寺方丈，妥善地解決了與馬部的糾紛，至1944年十年間重修大慈寺諸多寺觀。
1936年，果澈法師任大慈寺方丈。
1939年，常恩法師任大慈寺方丈。
1942年，冬，日軍在南京出土玄奘法師頂骨。
1943年，2月，日軍將玄奘頂骨歸還中國，五台山壽治法師和四川人白隆平居士到從北平到南京分得三份。
1944年，5月，遍能法師於大慈寺為周濤所繪《玄奘法師像》題款書讚。
1946年，普彬法師繼任方丈。
1949年，3月，四川西充人白隆平居士撰《唐三藏法師玄奘靈骨隱顯轉移之跡》。12月初，白隆平將玄奘頂骨一份及《唐三藏法師玄奘靈骨隱顯轉移之跡》手稿交給著名學者、四川大學教授蒙文通。
1950年，聖欽法師複任大慈寺方丈。
1951年，是年秋天，藏匿於近慈寺的玄奘頂骨被當做浮財沒收。後經學者蒙文通告知川西文教廳廳長張秀熟，才將玄奘頂骨藏於川西博物館。
1953年，聖欽法師受聘任四川省文史館館員、擔任成都市佛教協會學習委員會副主任。
1957年，8月3至8月26日，成都市佛協學習24天，其中佛協右派分子張淨侯、牛次封兩名。12月16日至1958年2月10日，文殊院41人（本廟37人，成都市佛協會長1人，工作人員3人）學習55天，大字報數目353張，意見數目730件，其中有該寺右派分子宏奎、圓照、澄濟、解空四人。
是年於大慈寺成立四川省佛教協會籌備處，聖欽法師任籌委會主任。
1958年，8月31日，成都市佛教協會第一次理事會第四次擴大會議召開，參加者除宗教事務處的王處長外，有廣隆、廣榮、能真、福田、德厚、濟正、覺度（以上昭覺寺）；真悟、永建、宏暢、隆全、寂鑫（以上大慈寺）；光性、永觀、學理、萬智、宗鏡、定超、聖諦、隆澤、能潛、能靜、永淨、仁勳、陳述堯、熊子寧（以上文殊院、愛道堂、佛協及其他諸寺）。會長慈青、秘書長寬霖。此次理事擴大會議的內容是響應政府號召全民辦廠。
本年度參加社會主義教育學習名單如下：文殊院5人（僧4人、居士1人）：學理、本靜、宏悟、聖凡、熊子寧；大慈寺4人：永建、真觀、隆福、演如。開辟東風路，大慈寺後殿被占而毀，唐物接引佛不知所終。
1959年，10月2日，各寺和尚名單及歲數調查，大慈寺一共23人，住寺者14人，在廠者9人；文殊院一共34人，住寺者25人，在廠者9人。
1960年，2月16日下午，市佛協辦公室召開建設“文慈石灰廠”的會議，參加者有寬霖、永建、李震宇、熊子寧。會議內容：礦石問題、鋼材問題、車子問題、經濟問題（由大慈寺撥款1000元、文殊院出2000元，總共3000元作為啟動資金），石灰廠地點定在文殊院。人事方麵：文殊院參加者有寬霖（負責外勤）、德明（負責外勤）、本靜、道正、常林、寂元、常品（負責技術）、慈惠。大慈寺有永建（負責業務）、真觀（學技術）、宏清、通知。準備2月18日開工，一星期投入生產。2月29日午後2至6點，由市宗教局王處長在市佛協召開會議，參加者：能靜、純寶、德厚、真觀、隆詮、元清、定超、能真、寬霖、熊子寧。主要內容為反對以化水為名，借佛斂財，反對亂收皈依弟子等。5月6日，大慈寺召開赴京漢洛陽三門峽等地參觀的傳達報告。發言者有真觀、宏暢、維鈞、清修、寂心等發言。內容為讚揚大躍進等新中國十年的成就。同日，“四川省宗教界參觀團在北京武漢河南等地參觀情況的傳達報告”，由大慈寺永建傳達，愛道堂潛能、文殊院學理補充、“王處長親臨還作了指示”。5月7日，一養場收條：“收到大慈寺肥豬2頭，重331斤，掉換一養場架豬2頭，重131斤，差重200斤，每斤0.4465元，共合幣捌拾玖元叁角正。”大慈寺經手人釋真觀、一養場經手人張世遠。