南宋恭帝及太後宗室的出降，標誌著存在了320多年的宋朝基本結束了，但南宋的遺孤遺臣依然在南方對元人進行著頑強的抵抗。
當時淮東、真州、揚州、泰州仍然被南宋的遺臣李庭芝、薑才、苗再成等人堅守。從臨安逃出的張世傑、陳宜中、陸秀夫、文天祥等人則很快在福州擁立益王趙昰為帝。就在這個時候，伯顏回到了蒙古，因為元朝內部又出現了叛亂，蒙哥汗之子昔裏吉起兵。元朝人於是把主要的注意力北移，給了南宋的遺老遺少們一定的喘息時間。
在這段時間裏，真正做到有效抵抗的隻有李庭芝與薑才協守的揚州。留在南方的元將阿術對揚州屢攻不下，正好臨安已經投降，伯顏將太皇太後謝氏諭降李庭芝的手詔送到阿術軍前。阿術立即命人在城下宣詔。李庭芝聽完宣讀後說道：“我隻知奉詔守城，沒聽到有詔諭命令我歸降。”阿術沒辦法，隻好繼續攻城，依舊不克。後來李庭芝聽說南宋皇室被虜北上，痛哭流涕，盡散家財勞軍，令薑才率四萬人截擊瓜洲，想要奪回兩宮。薑才率軍出戰，與元軍血戰6個多小時，元兵為防有失，劫持南宋皇室後撤。薑才緊追不放，邊追邊打，到浦子市，正遇到前來支援的元軍。阿術親自督戰，前後夾擊薑才，薑才自知兵少久戰，難以取勝，隻好撤退。阿術愛惜薑才勇猛，令人招降。薑才慨然回答：“我寧可死，這麼可能作降將呢？”同時守衛真州的南宋遺臣苗再成，也出兵奪駕，但都沒有成功。
這次戰役結束後，阿術又多次以太後謝氏的名義諭降李庭芝。李庭芝不答，命士兵發弩射死諭使。阿術於是遣兵守高郵、寶應，斷絕揚州糧道，跟著又用諭旨招降李庭芝。李庭芝再次殺死諭使。這時淮安、盱眙、泗州均因糧盡出降，隻有李庭芝力戰不屈，糧盡就將鎧甲上的牛皮煮了吃。這一時候，揚州城內出現了兵民易子相食的悲慘景象，李庭芝仍守城不降。恰在這一時刻，張世傑、陳宜中、陸秀夫等人在福州擁立益王趙昰稱帝，召李庭芝為右相。李庭芝接詔，令製置副使朱煥守揚州，與薑才率兵七千趕往泰州。沒想到李庭芝剛出城，朱煥就獻城出降了。李庭芝馬上受到了元軍的追擊，隻好逃入泰州，泰州裨將孫貴、胡惟孝也偷偷打開泰州北門接應元兵，李庭芝和薑才被俘，先後被殺。
李庭芝和薑才死後，南宋遺臣們的抵抗意誌更加脆弱。
1277年元人穩定了北方局勢後，重新集中力量平定中國南部地區。就在這一年，元將唆都依次占領了福州、泉州和廣東，1278年占潮州。同樣是在1278年，兩淮、四川的抗元勢力也先後失敗。在5 月8 日，不到10歲，剛擁立不久的宋帝趙昰在心驚膽戰中死去。他的弟趙昺又被推到了這一時代的風口浪尖上，登上“皇位”，成為南宋殘餘勢力新的心理寄托。但很快，這一寄托也隨著洶湧的波濤消失在了大海之上。張世傑等人以雷州半島附近的硇洲島為基地，不久，元軍的持續進攻迫使他們再次逃亡，從廣州渡海到達崖山島。
元軍迅速對崖山進行了封鎖，並展開了進攻。這是曆史上罕見的大海戰，它將南宋最後的一頁展現為淒慘悲壯的畫麵。
1279年2月，元軍都元帥張弘範會同副帥李恒，兵分水陸進攻崖山。張世傑率軍進行決戰，集結一千多艘艦船，四周加固戰柵，構成海上堅城。元軍的數次進攻，均告失敗。但張世傑的這種做法無疑將戰船的機動性抹殺了，不能有效地進攻，隻能進行防禦，麵對這種被動挨打的局麵，戰敗也就隻是時間問題。元軍先威迫被俘的南宋丞相文天祥寫信招降，遭到了文天祥的拒絕，於是又利用張世傑的外甥去勸降，結果也被張世傑罵走。於是元人采用斷絕補給，長期圍攻的辦法，占領了崖山外圍，隨即截斷了南宋的糧、水補給線。南宋官兵吃幹糧飲鹹水，嘔吐疲乏，仍堅持戰鬥，毫無降意。二月初六，天色晦暗，風雨交加，元軍把握住了戰機，趁早、午海潮漲退的機會，大舉圍攻崖山。3月19日，張世傑決定突圍，在經過苦戰後，南宋船隊最終崩潰。混戰中張世傑領少數戰船，乘霧突圍成功。但少帝趙昺和丞相陸秀夫被困崖山。無奈之下，陸秀夫殺死妻子，懷揣玉璽，抱著尚不明白發生了什麼的少帝投海殉國，“後宮諸臣，從死者眾”。
戰鬥曆時20多天，雙方共投入兵力50餘萬，動用戰船2千餘艘，戰鬥結束時南宋軍隊幾乎全軍覆沒，海上浮屍達10萬之多，七天不盡。
幾天以後，張世傑回來尋找帝室，知道少帝已死，隻好帶領船隊再度出海。三個月後，航至海陵島一帶遇颶風溺死海中，全軍覆沒。另外還有一部分南宋遺臣逃到了占城，也就是今天的越南，希望在那裏實現他們的恢複宋朝的夢想。不過，當元軍開始準備對占城用兵時，這群南宋最後的“忠臣們”也退出了曆史舞台。南宋成為了一去不複返的曆史。
點評
麵對曆史，我們最好做一個冷眼的旁觀者，盡量不要把情感摻雜在裏麵。因為那樣的話我們就不是在閱讀曆史，而是在用自己的情感去感受、甚至是在改動著曆史。就曆史本身而言是客觀的，但當曆史轉化成文字形式出現時，就從來沒有絕對客觀過。因為書寫曆史的人是有目的、有感情的。