忽必烈改“元”之後，就對吐蕃地區加強了中央的管轄。在元朝，對吐蕃地區的管理，采取了設立宣政院，宗王分鎮與帝師的統領，完善地方機構和設立驛站，統計戶籍等措施。由於吐蕃地區封建製的確立與藏教的形成相輔而行，在經濟上也出現了二者同步發展的局麵，因此元朝在吐蕃地區的管理也多采用政教合一的方式。其中最重要的一點就是用具有政教合一身份的帝師對吐蕃地區進行管理。
帝師其實是元代皇帝授予藏教僧人的最高神職。元代的第一位帝師是八思巴，可以說在中央與吐蕃的關係中，八思巴起了重要作用。
八思巴生於1235年，是藏教薩迦派高僧薩班的弟子，同時也是他的侄子。“八思巴”在藏語中的意思是“聖童”，是藏民給他的美稱，因為八思巴7歲時就能熟讀佛經，知道經文的大意了。1247年，薩班到涼州與闊端談議吐蕃歸附蒙古的事項，年僅8歲的八思巴也一同隨行。薩班走後，八思巴作為人質留在了涼州。這樣，他童年的大多數時間就多是在蒙古人的宮廷中生活，所以八思巴受蒙古文化的影響很大。薩班去世後，15歲的八思巴作為薩班的繼承人，到六盤山拜見了忽必烈。忽必烈一見到他就非常喜愛，把他留在了身邊。
八思巴19歲的一天，他給元帝忽必烈講授《喜金剛·大灌頂》時對忽必烈說：“藏教是從天竺傳來的。佛法的宗旨是要救度一切眾生，引導眾生到達涅槃的境界，過極樂世界的生活。要達到這個境界，必須嚴格遵守三藏經典中所闡述的戒律而修行。假如一個人違背了三藏中的戒律，他將轉生在阿鼻地獄中受苦……”可見八思巴是位虔誠的藏教高僧。
1260年，忽必烈搶在阿裏不哥前宣布繼承大汗，出於政治上的考慮，他封八思巴為“帝師”，賜玉印。1264年，忽必烈設立了專門管理全國佛教事務和西藏地方軍政事務的機構——總製院，也就是宣政院的前身，命剛剛29歲的八思巴掌管，到後來，由帝師管理宣政院也就成為了一種慣例。有了宗教勢力的幫助，元政府對吐蕃的工作就容易展開了。不久，元政府就開始在西藏設立起地方行政機構和驛站，根據吐蕃的物產分布情況，重新劃分了行政區域。元政府還對吐蕃地區進行了人口普查，在前藏和後藏分別設立了13個萬戶，各萬戶兼管軍事民政，皆由八思巴領導。這樣一來，八思巴既是西藏的宗教領袖，同時也成為行政首腦，一個“政教合一”的新政體在西藏出現了。
政教合一的政體對吐蕃地區經濟的發展起到了積極作用。元政府賜給帝師莊園土地，使帝師成為了吐蕃地方的大封建主。這些是按照聖旨賜給八思巴的土地，不負擔府庫及驛站等漢地、吐蕃的任何稅賦差役。而由於帝師的特殊身份，他領導下的烏思藏宣慰使司及下轄的諸萬戶、千戶，吐蕃等處、路宣慰使、司、都元帥府及安撫司、招討司、元帥府等長、使，也因擁有一定數量的莊園而成為大小不等的農奴主。這就使吐蕃的經濟形式具有了封建性質，促進了當地的經濟發展。
吐蕃的政局穩定，社會安定，在農牧業穩定發展的基礎上，在元朝多民族統治的龐大帝國中，手工業與商業也有了一定的發展。吐蕃的手工業多以家庭為生產加工單位。犛牛尾製作的帳篷以及羊毛織成的各種織物，種類繁多，質量精美，“毛布”、“花毯子”、“藏地嗶嘰”、“氆氌”等，都廣受人們喜愛。烏思藏的細氆氌尤為馳名，是上貢的佳品。至於金、銀、象牙、珍珠、銀珠的加工品，和吐蕃當地的特產藏紅花、木香、牛黃、虎、豹、水獺皮張、麝香等，既是貢品，也有一部分進入市場成為了貿易商品。