理學在元代的北傳並取得正統地位，是元朝統治下的漢族儒士，在失去了崇高的政治地位和對國家政治的影響力後，對本民族文化的傳承表現。
在金朝，理學就已經在北方的局部地區流傳。金章宗時，信安人杜時升隱居嵩洛山中，以程學授徒，他是在北方傳播“伊洛之學”的第一人。貞事占南遷後，理學著作開始在金境流傳開來。最早在金境公開刊行、造成廣泛影響的，是張九成作解的理學著作選集《道學發源》。
蒙古滅金後，與南宋之間的戰爭展開。1235年，蒙軍攻陷湖北安陸後，俘虜了“鄉貢進士”理學家趙複。趙複被俘後很快得到了元朝的重用，當時元朝行中書省事楊惟中及僚屬姚樞等受命在俘虜中搜求儒、道、醫、卜以及工匠藝人，知道趙複是南宋名儒後，立即護送他北上。趙複被護送到燕京後，在太極書院講學，向他學習理學的人有上百人之多。其中北方儒士姚樞、劉因、竇默、郝經也在其內。在太極書院講學期間，趙複也刊行了自己的著作《伊洛發揮》。後趙複又持此書遍遊河北、山東，宣講程朱理學，將理學思想較為係統地介紹到北方。所以《元史》認為“北方知有程朱之學”是從趙複開始的。
但由於趙複不願做官，不久就在真定隱居了，所以他並沒有直接促使理學成為官學。許衡則將理學變成了官學。忽必烈經理漢地時，重用儒士，讓姚樞擔任勸農使、許衡做京兆提學。許衡所在州縣都建起了學校。1262年，忽必烈設諸路提舉學校官。許衡在1265年接受忽必烈召見時，提出了采用漢法的五條建議，其中第四條就是：“自各城市州縣都要設立學校，讓皇子以下的普通百姓子弟都能上學，以懂得父子君臣的綱常倫理。”忽必烈接受了這一建議，並逐步實施。後來又在京師設立了蒙古國子學，許衡作為國子祭酒主持國子學事務，在元朝的蒙古人、漢人官吏和貴族的子弟中招收學生入學讀書。國子學的學製體係都是許衡按照朱熹的教育思想確立的。1287年，元朝正式建立國子監學，由許衡的學生耶律有尚任祭酒，一切也都遵從許衡的體係進行教學。1291年，元朝又在江南諸路學及各縣學內設立了小學，自此從京師到郡縣，元朝統治的各地都設立了學校。
在元代，地方有自由建學的權力，因此書院的數量遠遠超過宋朝，北及大漠，南到雲南，都有地方辦學。書院的山長由政府任命，掌錢穀的直學則由郡守及憲府（廉訪司）考試選補。自京學到州縣學以及書院的學生，經守令的薦舉和台憲官的考核，合格者可出任教官或做吏員。雖然通過這一途徑不能讓讀書人做到省台的要員，但在科舉停辦的時代，仍然給讀書人指出了一條出路。而程朱理學就是在這樣的大環境下得到傳播發展的。
程朱理學在全國的廣泛傳播，為元仁宗在1313年恢複科舉考試創造了必要的客觀條件。元代科舉鄉試的程序為，蒙古、色目人為一科，試二場。第一場經問五條，第二場策一道。至正時改為經問三條，增本經義一道。經問隻在《四書》內出題，經義須從五經中明選一經為本經出題考試。漢人、南人為一科，試三場。第一場明經、經疑二問，於《四書》內出題，經義一道，從五經中出題，各治一經。
元朝的科舉考試已經和明朝的科舉製度十分相近了。當時的考生在答題時，《四書》用朱熹的《四書章句集注》，《詩》用朱注，《尚書》以朱熹弟子蔡沈的《書集傳》為主，《周易》以程頤的《伊川易傳》和朱熹的《周易本義》為主，以上三經兼用古注疏，程頤、胡安國的《春秋傳》、《禮記》用古注疏。
這樣一來，讀書人認識到，如果不讀《四書五經》，不學程朱理學，就沒有出頭的一天，所以《四書五經》就成了世人奉為經典的書，理學思想也在這一時刻被確立。這以後，文廟從祀諸賢的坐次在元代也已依照理學的道統觀加以排定。1313年6月，仁宗以先儒周敦頤、程顥、程頤、張載、邵雍、司馬光、朱熹、張拭、呂祖謙和許衡從祀孔廟。1316年7月，“詔春秋釋奠於先聖，以顏子、曾子、子思、孟子配享”。這樣，全國的文廟製度被統一起來，道學的正統地位及其所宣揚的道統說在這時正式得到了朝廷的批準。
理學正統地位的確立對元後的明清影響巨大。盡管理學到明末清初時已經徹底沒落，可由於它是官方的正統學說，加上有科舉製的支撐，也就成為中國文化的枷鎖，存在了300多年。