繼承父兄基業
獻帝建安五年（200年），孫策臨死時，令長弟孫權作為自己的繼承人，囑托張昭等曰：“中國方亂，夫以吳、越之眾，三江之固，足以觀成敗，公等善相吾弟。”呼權，佩以印綬，謂曰：“舉江東之眾，決機於兩陣之間，與天下爭衡，卿不如我；舉賢任能，各盡其心，以保江東，我不如卿。”
孫策去世後，年僅十九歲的孫權統領了他的舊部，執掌了大權。長史張昭對孫權說：“孝廉此寧哭時邪？且周公立法而伯禽不師，非欲違父，時不得行也。況今奸宄競逐，豺狼滿道，乃欲哀親戚，顧禮製，是猶開門而揖盜，未可以為仁也。”然後，令人將孫權的喪服脫去，換上官服，扶上馬，讓他巡視各軍。曹操則根據張繡的勸告，集中力量去征服河北，對孫權采取懷柔政策，維持原有的同盟，表孫權為討虜將軍、會稽太守。當然，孫權所統治的不止會稽一郡，所以他以江南三角洲的中心吳郡之吳縣（今江蘇省蘇州市）為大本營，常年屯駐在那裏。
孫策死亡的噩耗傳出，周瑜立即率兵奔喪，留在吳中鎮守，以中護軍的身份與長史張昭共掌眾事。呂範、程普也率軍奔喪，留在吳中，與吳郡太守朱治一道助張昭輔佐孫權。由會稽功曹出為富春長的虞翻得知孫策去世，對諸長吏說：“恐鄰縣山民或有奸變，遠委城郭，必致不虞。”遂留在原地製服行喪，諸縣皆效仿之，鹹以安寧。孫策的堂兄、孫靜的長子定武中郎將孫禺，原屯駐於烏程。
孫權率軍來到會稽郡城外，虞翻組織民眾登城而守，並派人告諭孫禺：“討逆明府，不競天年。今攝事統業，宜在孝廉，翻已與一郡吏士嬰城固守，必欲出一旦之命，為孝廉除害，惟執事圖之。”孫禺遂退回原防。這表明，父兄餘烈尚存，危難之際忠心保江東大有人在。
當然，孫權所麵臨的困難是非常明顯的。他雖擁有揚州絕大多數郡國，但深險之地猶未盡從，外邊又到處都是跨州連郡的梟雄，時刻覬覦江東，就連屬下的賓旅寄寓之士，亦以安危去就為意，未有君臣之固。曹操在官渡表天子征華歆、王朗到許都，孫權不打算放人。華歆對孫權說：“將軍奉王命，始交好曹公，分義未固，使仆得為將軍效心，豈不有益乎？今空留仆，是為養無用之物，非將軍之良計也。”孫權不得已，放華歆赴許。王朗則從曲阿輾轉江海，積年乃至許都。
建安七年（202年），曹操打敗袁紹後，進一步擴張勢力，便寫信給孫權，要求他送子弟做“質任”。孫權召集群臣共商對策，張昭、秦鬆等人猶豫不決，周瑜堅決反對送人質。他說：“將軍現在繼承父兄的基業，擁有六郡的土地和人力，兵精糧足，將士聽命，鑄山為銅，煮海為鹽，境內富饒，人民安康，有何必要去送人質呢？若送人質，定要受製於曹操，最好的待遇也不過是封侯，區區十幾個仆從，幾輛車，幾匹馬，哪能與割地稱王相比呢？我建議不要急於送人質，從容地觀察一下形勢再說。”孫權的母親吳夫人當時也在場，她很讚賞周瑜的意見，並且讓孫權把周瑜當做兄長。孫權采納了周瑜的建議，沒有向曹操送人質。
整訓軍隊，擇賢任能
孫堅以軍功聞達於世，孫策以武力開基，因而江東多精兵良將。孫權繼承父兄餘烈，時天下仍舊大亂，他自然要多有征伐，以此樹立威信。
孫權繼命後的第一件事是整頓軍隊。他要通過視察，把統兵官年齡小、無力帶兵的部隊合並給有能力帶兵的軍官。除了重用原來孫策時的文武要員張昭、張紘、周瑜、呂範、董襲、程普、朱治、太史慈等人外，還“招延俊秀，聘求名士”。渡江南下的士人如魯肅、諸葛瑾、步騭、嚴畯等都受到優待，委以重任。
孫策時的老臣，如董襲，董襲字元代，揚州會稽郡餘姚縣人，身長八尺，武力過人。孫策入會稽，董襲迎於高遷亭。孫策見而偉之，即署門下賊曹。從孫策平定山陰宿賊，身斬其渠帥黃龍羅、周勃，還拜別部司馬，授兵一千人，旋遷揚武都尉。
孫權意識到招攬人才的重要，開始廣招俊秀，聘求名士。孫權的姐夫（即孫策的妹夫）弘谘向孫權推薦諸葛瑾。諸葛瑾字子瑜，祖上原籍徐州琅琊郡諸野縣（諸野之葛氏漸成諸葛氏），後世遷至陽都縣，他本人少時遊學京都，治《毛詩》《尚書》《左氏春秋》等，遭母憂返回家鄉，事繼母恭謹，因避戰亂帶眷屬來到江東。孫權以諸葛瑾為長史。步騭也在此時入孫權幕府，任主記。步騭字子山，徐州下邳國淮陰縣人，單身避亂江東，種瓜自給，夜誦經傳，刻苦自學，得以成才。諸葛瑾、步騭後來都成為吳國的重臣，諸葛瑾位至大將軍，步騭成為丞相。