賞罰分明，任人唯賢
劉備去世後，諸葛亮臨危受命，他麵對的是一個經濟破敗的國家。夷陵大敗後，蜀漢勢力明顯受挫，蜀國的一些強權地主也借機興兵叛變，雲貴地區的“南蠻”更是躍躍欲試，想要侵犯蜀地。而在關中的曹魏勢力積蓄了大量兵馬，內部安定的孫權勢力也極有可能逆江西上。蜀漢這個三國中實力最弱的政權危機四伏，處於風雨飄搖之中。
麵對這一切，諸葛亮憂心忡忡，卻鎮靜自若。他自輔佐朝政以來，就把“法治”作為管理國家的關鍵。為了鞏固朝政，諸葛亮還相繼公布了一係列成文的法規，如《科令》《蜀科》等。他素來賞罰嚴明，非常重視選拔廉吏，力爭從源頭上避免“賞罰不明，無功得賞，權貴免責”等現象的出現。
諸葛亮對待豪強的政策，主要是賞罰分明，用罰限製他們的為惡，用賞來給他們開辟政治上的出路。隻要他們肯忠心地為蜀漢政權服務，便可以獲得官爵祿位。因此諸葛亮的法治政策，不但收到了限製豪強的效果，也取得了利用豪強的成績。同時也使蜀漢在政治上呈現了某種程度的清明。陳壽稱諸葛亮之治蜀：“科教嚴明，賞罰必信。無惡不懲，無善不顯。至於吏不容奸，人懷自厲。道不拾遺，強不侵弱，風化肅然也。”
劉璋時代，對益州地方豪強無法控製，隻得縱容。諸葛亮輔政，則厲行法治，他說：“劉璋暗弱，自焉以來，有累世之恩，文法羈縻，互相承奉，德政不舉，威刑不肅，蜀土人士，專權自恣，君臣之道，漸以陵替。寵之以位，位極則殘；順之以恩，恩竭則禮慢，所以致弊，實由於此。今吾威之以法，法行則知恩；限之以爵，爵加則知榮；榮恩並濟，上下有節。為治之要，於斯而著。”
諸葛亮所施行的裁減官職、簡化機構的措施，對於減輕人民的負擔來說，也有些好處。
諸葛亮治蜀是刑法和德化並用。他能夠以身作則，他的品質作風同他的能力一樣受到人們的尊重和敬仰。
除了以法律治理蜀地外，諸葛亮也建議皇帝廣開言路，積極聽取文武百官的提議和忠言。在處理軍政大事時，諸葛亮也十分注重采納各位大臣的建議。首次北伐慘敗而後，他特意寫了一篇文章，名叫《勸將士勤攻己闕教》。在這篇文章中，他首先指出是由於自己部署不對而導致了失敗，並希望所有的將士都能夠隨時指出自己的毛病和過失，這樣才能“集思廣益”。人們很敬佩他這種虛懷若穀、嚴於律己的品行。
此外，諸葛亮主張興修水利，鼓勵發展農業、商業。這些舉措使得原本虧空的國庫逐漸充實起來。由於諸葛亮品德和才能俱佳，因此治理蜀國成效卓著，使得蜀漢在很長一段時間裏呈現出朝政穩固、社會安定的局麵。
諸葛亮的用人，還是以其本人及蜀漢政權為中心，而不容許部下有結黨成派之事。土著地主在本地總是容易養成黨派勢力，為此，諸葛亮對土著地主雖注意擢用，但對他本人的繼承者始終隻從外來地主中培養。不僅籍隸荊楚的蔣琬、費禕因他的授意而相繼輔政，就是降將兗州人薑維，也因為受到他的培植而成為蜀漢政權的最後支撐者。這一方麵因他們有相當的才幹，同時也因他們是外來人，在益州沒有什麼親黨關係的緣故。不過，諸葛亮對益州土著地主的團結和重用，還是超過了以前的統治者。從兩漢以來，在政治上一直受著歧視的益州人，對於諸葛亮向他們開放政權是樂於擁護的。諸葛亮連年北伐，向益州征兵要糧，未見有土著地主的反對，在軍事前線，還得到他們的積極參加，這是與諸葛亮籠絡土著地主、緩和客主矛盾政策的成功分不開的。
蜀漢的政治，在諸葛亮的統治下，不但較劉璋時代大有起色，就是與同時的魏、吳兩國相比較，也要好一些。正因為如此，所以吳臣張溫使蜀回去以後，曾讚美蜀政，以至於引起了孫權的忌恨。當時魏國有才智的大臣劉曄、賈詡也說諸葛亮善治國。陳壽在《三國誌·諸葛亮傳》中反複稱頌諸葛亮治蜀的政績，說得好似盡善盡妥，而陳壽對魏、吳兩國的統治者則未有若此稱述。諸葛亮死後，蜀漢的人民思念他，幾十年不曾稍減。可見諸葛亮之受人歌頌，在當時已經達到如此高度，若不是諸葛亮的政治措施能夠符合人們的某些願望和利益，豈能如此？
總之，諸葛亮德才兼備，其治蜀政績是曆史上罕見的。他的為政行事，對蜀國人民有一定程度的益處，有些地方還可供後世借鑒。所以我們說：諸葛亮確實是我國古代一位卓越的政治家。
聯吳與南征
劉備死後，南中諸郡又皆反叛。諸葛亮為了讓民休養生息，醫治戰敗創傷，暫時撇開南中問題，首先從整頓內政和改善對吳關係著手。
諸葛亮始終是主張聯吳的。他知道以弱小的蜀與強大的魏為敵，非先聯吳不可。把吳國聯絡好以後，它縱然不能協同攻魏，蜀亦可無東顧之憂，而得全力對魏；魏則不能不以相當大的一部分兵力防吳。因此，諸葛亮於輔政之初，即派鄧芝使吳，重申舊好。孫權這時還沒有與魏斷絕來往，遲遲不肯接見鄧芝。鄧芝給孫權上表說：“臣今來，亦欲為吳，非但為蜀也。”孫權才接見了他，談話中仍以蜀弱魏強為慮。鄧芝向孫權解釋說：“吳蜀二國，四州之地，大王當世之英，諸葛亮亦一時之傑也。蜀有重險之固，吳有三江之阻，合此二長，共為唇齒，進可並兼天下，退可鼎足而立，此理之自然也。大王今若委質於魏，魏必上望大王之入朝，下求太子之內侍。若不從命，則奉辭伐叛，蜀必順流，見可而進。如此，江南之地，非複大王之有也。”
孫權覺得鄧芝的話確實有道理，於是便與魏斷絕關係，與蜀聯合。從此蜀吳盟好，不但諸葛亮伐魏之師得以大舉，就是終蜀之世，兩國和好關係亦始終維持，說明諸葛亮的外交政策確實是正確的。
蜀漢南部的益州（郡城在今雲南晉寧縣東）、永昌（郡城在今雲南保山市）、牂柯（郡城在今貴州福泉縣）、越巂（郡城在今四川西昌市東南）四郡，自秦代以來，就是少數民族與漢族雜居之地。這裏的人民因為不能忍受當地官府的榨取，經常進行反抗。當地的豪強和少數民族上層人物則趁機進行叛亂活動。劉備在時，益州大姓雍闓已經開始反蜀活動，殺益州太守正昂，繼位太守張裔也被縛送到吳。雍闓接受孫權永昌太守的封號，並派郡人孟獲煽動各族上層分子反蜀。牂柯太守朱褒、越巂叟帥高定一齊響應。諸葛亮因為蜀漢被吳擊敗不久，元氣大傷；且劉備剛死，蜀人有些不安的情緒，故未用兵鎮壓。一方麵派人到吳與孫權重新建立起盟好關係；一方麵務農植穀，閉關息民。等到後主劉禪建興三年（225年）三月，諸葛亮親自率兵南征，參軍馬謖送之數十裏，諸葛亮對馬謖曰：“雖共謀之曆年，今可更惠良規。”