戶部員外郎錢灃覺得這樣會嚴重影響戶部的公務，就給皇帝上疏，指出他們不合作的危害和後果。皇帝批準了錢灃的意見，並責成錢灃督辦這件事情。可是和珅不但沒有把錢灃看在眼裏，而且還很忌恨他。錢灃要求他到軍機處上班，他根本就不理睬。就在這時，錢灃卻突然得急病死了。人們懷疑錢灃的死可能是和珅加害的結果。
乾隆六十年（公元1795年），和珅又任殿試讀卷官、教習庶吉士。“庶吉士”是官名，當上這種官，就無異於被選為宰相。由此可見和珅的地位之高了。但是和珅自知在“文”的方麵差得太遠，就想在“武”的方麵露兩手。所以，他就建議進行武試。乾隆皇帝說：“你查一查大清曆朝實錄，看看大清曆史上有沒有先例？”和珅哪裏懂得什麼曆史，就瞎說了一通。可是乾隆皇帝的學問不淺，一聽就聽出來他是胡說八道，就對他說：“你這個人怎麼胡說起來，這是在掩飾你的無知。衝你今天的表現，朕免去你殿試讀卷官的職務。”
這時的乾隆皇帝已經八十多歲了。這一年，他退位，把帝位讓給了兒子顒琰（ｙóｎｇｙǎｎ），史稱仁宗，年號嘉慶。而乾隆皇帝則當了太上皇。嘉慶皇帝對和珅的惡行是頗有了解的，但考慮到他是父皇的寵臣，也就暫時沒把他怎麼樣。可他的心裏明白，和珅結黨營私，對於他反對的人，他設法激怒父皇，從而使人家受到重處；而對於他的同黨，即使皇帝要重處，他也拖延不辦，等皇帝消氣了，他再為之解脫。那時鹽實行專賣，是一項利益很高的買賣。和珅就勾結四川等產鹽省的官員，盤剝鹽民，甚至由此激起了四川、湖北等地的農民起義。
嘉慶二年（公元1797年），阿桂去世了。從這以後和珅便到軍機處上班了，並且獨斷專行，排擠和壓製其他幾位軍機大臣。一些重要文件隻簽署他一個人的名字。報送給皇帝的文件，也要先把副本送到軍機處，他看過後再呈給皇帝。有些人對和珅敢怒不敢言，這些事，嘉慶帝都看在眼中，記在心裏。
嘉慶四年（公元1799年）正月，乾隆皇帝去世。這時四川、湖北的農民起義愈演愈烈。吏科給事中王念孫上疏，陳述剿匪（就是鎮壓農民起義）的六條策略，其中的第一條，就是要求懲辦和珅。嘉慶皇帝立即宣布逮捕和珅，進行審訊。和珅見大勢已去，無法挽回，並且他本來就沒有什麼大能耐，因此審訊開始不久，他就承認了大家對他的指控。審訊完畢，嘉慶皇帝宣布了和珅的二十條罪狀後說：“和珅罪大惡極，當以大逆罪論斬。大臣們紛紛上疏控告他的罪行。但朕念及和珅任宰相多年，不忍心將他在街市上斬首，決定賜死。”“賜死”就是讓他自殺。
與此同時，嘉慶皇帝下令抄沒和珅家產。和珅的房屋，很多都用隻有皇宮才能使用的名貴的楠木建成，在形式上，有的仿照寧壽宮，有的模仿圓明園。他家修的墳墓也依照皇家陵園的形式，還建有隧道，被周圍百姓稱為“和陵”。從他家抄出的手串有兩百多串，是皇宮收藏量的幾倍。他家的大珍珠，比皇冠上的還大。連皇宮裏也沒有的大寶石，他家都有幾十塊。庫內的銀子和衣服折合銀子共有千萬兩以上。在他家的夾壁中藏有黃金兩萬六千多兩，私庫藏銀六千多兩，地窖裏埋藏白銀三百多萬兩。他在各地的當鋪、錢莊資本十餘萬兩。僅他的家奴劉全的家產就有二十多萬兩。有人統計，和珅的這些家產加到一起，有十億兩白銀，全部被沒收充公。當時有民謠說：“和珅跌倒，嘉慶吃飽。”